شهيد مصطفي خميني‌ در 21 آذر 1309 ه‍ ش برابر با 21 رجب 1349 ه‍ ق در محله الونديه شهرستان قم در منزل اجاره‌اي متولد شد. به مناسبت نام پدر بزرگ پدري‌اش «شهيد سيدمصطفي موسوي‌» او را نيز مصطفي ناميدند. شهيد مصطفي خميني قبل از شروع نهضت امام خميني (ره‌) تا حدودي با جريانهاي سياسي جامعه آشنايي داشت و نسبت به جريانهاي مذهبي همفكري و گرايش داشت يكي از مؤثرترين تشكلهاي سياسي و مذهبي‌، جمعيت فداييان اسلام بود كه با تكيه بر مباني فكري ديني به مبارزات دامنه‌داري از سال 1320 تا 1334 دست زد. سيد مصطفي با رهبر اين جمعيت‌؛ يعني شهيد سيدمجتبي نواب صفوي آشنا بود و در جلسات آن شركت مي‌كرد. با نفر دوم اين جمعيت نيز كه شهيد عبدالحسين واحدي بود، ارتباط دوستانه و نزديكي داشت‌. آيت‌الله سيدمصطفي خميني‌، پس از دوراني پر از رنج‌، تلاش و مبارزه در سحرگاه يكشنبه اول آبان ماه 1356 (برابر با نهم ذي‌قعده 1397 ه‍ ق‌) در سن 47 سالگي در نجف به‌طور ناگهاني و مرموز در خانه خود درگذشت‌.