در سال 1292 شمسی دولت‌ایران به منظور سر و سامان دادن به وضع شهربانی کشور (نظمیه) عده‌ای مستشار سوئدی استخدام کرد. مستشاران سوئدی ابتدا نظام نامه محابس را تهیه کردند که در سال 1298 شمسی به تصویب هیات دولت رسید و‌این اولین آیین نامه و مقررات زندان‌ها شد.

زندان قبل از اسلام نیز در‌ایران استفاده می‌شده است با‌این تفاوت که زندان‌ها در ابتدا به عنوان محلی برای از بین بردن افراد یا رجالی که به نوعی باید در فراموشی مطلق از بین می‌رفتند به وجود آمد.
پس از ورود اسلام نیز در‌ایران‌این بازداشتگاه‌ها به دست خلفای عباسی احداث شد و کم کم به روزهای قبل از ورود اسلام و محبوس کردن برای از بین بردن افراد تبدیل شد.
برای اولین بار در‌ایران در دوران قاجاریه امیر‌کبیر در سال 1266ه.ق. با صدور فرمانی اقدام به لغو شکنجه و سرو سامان دادن به اوضاع زندان‌ها و زندانیان کرد ولی به خاطر عزل وی‌این اقدامات چندان دوامی‌نداشت با‌این همه در دوران قاجار باز هم تشویق برخی افراد نظیر میرزا حسین خان سپهسالار اقداماتی برای انسانی کردن زندان‌ها صورت پذیرفت. در میان‌این اقدامات کنت دومون فورت اولین رئیس پلیس تهران توانست اقدامات عمده‌ای را در دوران پس از وقوع انقلاب مشروطه به وجود آورد.
در‌ایران معاصر و پس از برقراری حکومت قاجار قدیمی‌ترین زندان بزرگ در تهران زندانی به نام انبارشاهی بود که زیر نقاره خانه ارک یعنی محل فعلی بانک ملی بازار قرار داشت و زیر نظر حاجب الدوله (رئیس تشریفات) اداره می‌شد. در‌این زندان وضع به صورتی بود که زندانیان برای غذای خود نیز باید از نذوراتی که مردم به آنها می‌دادند استفاده می‌کردند.
در سال 1292 شمسی دولت‌ایران به منظور سر و سامان دادن به وضع شهربانی کشور (نظمیه) عده‌ای مستشار سوئدی استخدام کرد. مستشاران سوئدی ابتدا نظام نامه محابس را تهیه کردند که در سال 1298 شمسی به تصویب هیات دولت رسید و‌این اولین آیین نامه و مقررات زندان‌ها شد.
در‌این آیین‌نامه زجر بدنی و زنجیر کردن زندانیان ممنوع شد. در دوران سرتیپ درگاهی رئیس شهربانی وقت، نظام نامه تشکیلات محابس و توقیفگاه‌ها و وظایف ماموران و مستخدمان آن‌ها تهیه و در 31 شهریور سال 1307 شمسی به تصویب رسید و در همان سال نظام نامه اجرای حکم اعدام نیز تصویب و به مورد اجرا گذاشته شد. در سال 1308 شمسی اولین زندان زنان (زندان قصر) به منظور نگهداری 600 نفر محکوم اختصاص یافت پس از شهریور 1330 تحت تاثیر علل ناشی از جنگ جهانی دوم به تعداد بزهکاران‌ایران مانند بیشتر کشورهای جهان افزوده شد و زندان‌ها را با کمبود جا مواجه کرد. در 21 مهر ماه سال 1347 اولین آیین نامه زندان‌ها با توجه به اصول علم زندانی‌ها نسبت به کانون اصلاح و تربیت به تصویب رسید و در سال 1354 آیین نامه مذکور اصلاح شد و به سایر زندان‌ها تعمیم داده شد اما به علت نبود امکانات بیشتر مفادشان اجرا نشد.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی‌در سال 1357 قوانین در‌این حوزه نیز دچار تحولاتی شد و در 7/2/61 آیین نامه اجرایی زندان‌ها بعد از پیروزی انقلاب اسلامی‌مشتمل بر 396 ماده و 65 تبصره به تصویب شورای عالی قضایی رسید. در پی آن و در تاریخ 19/11/67 آیین نامه اجرایی دوم، بعد از انقلاب و نخستین آیین نامه پس از تشکیل سازمان زندان‌ها حاوی 10 فصل و 24 بخش مشتمل بر 180 ماده و 44 تبصره در تاریخ 29/3/68 مورد تصویب ریاست دیوان عالی کشور قرار گرفت.
پنج سال بعد، به تاریخ 15/1/72 آیین نامه اجرایی چهارم سازمان زندان‌ها نیز متضمن 254 ماده و 96 تبصره توسط ریاست وقت قوه قضاییه تصویب شد. این آیین نامه نیز 8 سال بیشتر دوام نیاورد و آیین‌نامه پنجم شامل 232 ماده و 84 تبصره به دستور رئیس قوه قضاییه در تاریخ 26/4/80 تصویب و به اجرا درآمد. سرانجام بعد از گذشت 4 سال از زمان تصویب و اصلاح آخرین آیین نامه سازمان زندان‌ها، آیین ‌نامه اجرایی جدید سازمان زندان‌ها، در اجرای ماده 9 قانون تبدیل شورای سرپرستی زندان‌ها و اقدامات تامینی و تربیتی کشور مصوب 6/11/1364 با قالب و محتوایی نسبتاً تازه مشتمل بر 247 ماده و 108 تبصره در تاریخ 20/9/1384 مورد تصویب و تایید رئیس قوه قضاییه قرار گرفت و با اعلام نسخ صریح آیین نامه سابق (مصوب 26/4/1380) و سایر آیین نامه‌های مغایر، قدم در وادی اجرا گذاشت.