«چیستان قاجار» در دو بخش تنظیم شده که نگارنده در بخش نخست مساله هویت و نوشتار تاریخی را نقد و بررسی کرده است. وی در بخش دوم به پیرایش و نمایش بارزه‌های هویت در مکتوبات تاریخی عصر قاجار تحت یازده عنوانی که انتخاب کرده پرداخته است.

«چیستان قاجار» عنوان کتابی است که در دو بخش به ریشه‌شناسی و تبار‌شناسی گزارش‌های تاریخی در عصر قاجار می‌پردازد. به زعم نگارنده «بی‌گمان این نکته پذیرفتنی است که تاریخ جهان از رویدادهای بسیار تشکیل شده اما میان رویدادهای معطوف و رویدادهای به شمار نیامده و مورد توجه قرار نگرفته، تفاوت بسیار است.این حکم حتی درباره رویدادهای جاری نیز صادق است». 


اگر بپذیریم که تجدد و نوگرایی و شناخت خود، در تعاملی مستقیم با یکدیگرند، در آن صورت یافتن زبان و ذهنیتی ایرانی که متناسب با تجربه تاریخی در ایران باشد شرط مقدماتی تجدد خواهد بود. پس نوشتن گزارش‌هایی از متن تاریخ که چون داستان‌گویی از اتفاقات و تجربیات تاریخی است روایتگر هویت تاریخی آن سرزمین خواهد بود. همان‌طور که نگارنده نیز متذکر می‌شود شاید این انتظار از تاریخ‌نگاران عهد قاجار گزاف و بیهوده‌ باشد که آن‌ها بتوانند با نگاه و‌ شناختی مسلط از غرب و تجدد دست به نگارش گزارش‌های تاریخی‌ بزنند.


محسن خلیلی کوشیده است تا از میان گزارش‌های تاریخی عصر قاجار، یازده موضوع را نقد و بررسی کند. البته برخی نسخه‌های خطی کتاب‌های منتشر نشده از دوران قاجار نظیر «زینه التواریخ» عبدالکریم بن علیرضا اشتهاردی و محمدرضا منشی الممالک، «تاریخ ایل قاجاریه» اثر امامقلی میرزای قاجار، «تاریخ قاجاریه» نوشته میرزا محمدابراهیم بدایع‌نگار و میرزا محمدصادق همای مروزی مورد بررسی قرار نگرفته‌اند. 


خلیلی در این کتاب در تلاش است تا با محک و معیار «هویت» که می‌تواند برساخته‌ای بکر و دست نخورده‌ از گزارش‌های تاریخی عهد قاجار باشد سراغ نقد و بررسی تاریخ آن دوران برود؛ چراکه به زعم وی «مورخان قاجاری هویت‌پرداز و هویت‌ساز نیستند، بلکه به صورت مستتر و با سنگ محکی ویژه، خویش- سخنگو شده و متن صامت او با سنجه‌ای مصنوع، گویا می‌شود». 



«چیستان قاجار» در دو بخش تنظیم شده که نگارنده در بخش نخست مساله هویت و نوشتار تاریخی را نقد و بررسی کرده است. وی در بخش دوم به پیرایش و نمایش بارزه‌های هویت در مکتوبات تاریخی عصر قاجار تحت یازده عنوانی که انتخاب کرده پرداخته است. 


این یازده عنوان عبارتند از: «تاریخ محمدی» نوشته محمد فتح‌الله بن تقی ساروی، «مآثر سلطانیه» اثر عبدالرزاق بیگ مفتون دنبلی، «تاریخ ذوالقرنین» نوشته میرزا فضل‌الله شیرازی خاوری، «اکسیرالتواریخ» اثر علی قلی میرزا اعتضاد السلطنه، «ناسخ التواریخ» نوشته محمدتقی لسان الملک سپهر، «تاریخ نو» اثر جهانگیر میرزا قاجار، «فهرس التواریخ» اثر رضا قلی خان هدایت، «حقایق الاخبار» نوشته سید محمدجعفر خان حسینی خورموجی، «تاریخ عضدی» نوشته احمد میرزا عضدالدوله، «افضل التواریخ» اثر میرزا غلام حسین خان افضل الملک و «منتخب التواریخ» نوشته میرزا ابراهیم خان شیبانی صدیق الممالک.