ایشان در طول اقامت ده ساله در قم از محضر آیات عظام گلپایگانی و حاج سید محمد حجت کوه کمره ای نیز دروس فقه ، اصول ، درایه و رجال را فراگرفت و به مدت پنج سال از محضر آیت الله صدر هم بهره مند شد. سال 1369 هـ .ق آغاز هجرت شهید قاضی طباطبایی به نجف برای بهره گیری از محضر علمای بزرگ این دیار است.

 شهید قاضی طباطبایی منسوب به خاندان سادات عبدالوهابیه است که به دو نام "قاضی طباطبایی" و "شیخ الاسلامی" شهرت داشتند. آیت‌الله سیدمحمدعلی قاضی‌طباطبائی که در 6جمادی الاول 1331 هجری قمری(1293 شمسی) متولد شد از سادات حسنی است که با 33 واسطه به حسن مثنی فرزند امام حسن مجتبی(ع) نسب می رساند.
در پی مخالفت برخی روحانیون تبریز از جمله میرزا باقر قاضی( پدر سیدمحمدعلی) با سیاست های اسلام ستیز رضاشاه پهلوی، سیدمحمدعلی 16ساله به همراه پدر به تهران و سپس مشهد مقدس تبعید می شود. 12 سال بعد یعنی سال 1359 هـ .ق برای تکمیل مبانی علمی و دینی راهی شهر مقدس قم شد. وی پس از ورود به شهر قم با امام خمینی (ره) و چگونگی برگزاری جلسات درس ایشان آشنا و از همان ابتدا شیفته شخصیت برجسته امام خمینی(ره) شد . مؤلف کتاب «نهضت امام خمینی » دراین باره می نویسد: "بعضی از شاگردان بودند که از جمیع جهات از محضر امام (ره ) استفاده کردند و به درجه عالی نائل شدند که یکی از آنها حضرت آیت الله قاضی طباطبائی تبریزی است."
ایشان در طول اقامت ده ساله در قم از محضر آیات عظام گلپایگانی و حاج سید محمد حجت کوه کمره ای نیز دروس فقه ، اصول ، درایه و رجال را فراگرفت و به مدت پنج سال از محضر آیت الله صدر هم بهره مند شد. سال 1369 هـ .ق آغاز هجرت شهید قاضی طباطبایی به نجف برای بهره گیری از محضر علمای بزرگ این دیار است. ایشان در حوزه نجف نیز به محضر بزرگانی چون آیات عظام سید محسن حکیم، سید ابوالقاسم خویی و محمد حسین کاشف الغطاء مشرف شد و در محضر آنان تلمذ کرد. وی پس از سه سال اقامت درنجف به درجات عالی فقاهت رسید و از مراجع بزرگی همچون آیت الله حکیم و آیت الله کاشف الغطاء و دیگران به اخذ اجازه اجتهاد نایل شد. ایشان سپس در اواخر سال 1372 هـ .ق (1331شمسی ) به سبب پاره ای مشکلات و به رغم میل باطنی به تبریز مراجعت کرد.
ایشان پس از ورود به تبریز ضمن ادامه کارهای تحقیقاتی که از سالیان پیش شروع کرده بود، با همتی والا و اخلاصی کم نظیر قدم در عرصه ارشاد و تبلیغ نهاد. ثمره بیش از سی سال تلاش برای کسب معارف و علوم اسلامی، انتشار آثار و تحقیقات ژرفی از جمله 40 کتاب و دهها مقاله و رساله علمی است. کار تحقیقاتی و نویسندگی شهید قاضی طباطبائی از دو جهت حائز اهمیت و قابل توجه و تأمل است : یکی نوشتن کتابهای مستقل در رشته های مختلف و دیگر اینکه ایشان با تلاش خالصانه و گرانقدر خود ، افکار نوآورانه دیگر دانشمندان بزرگ را که شاید در اثر گذشت زمان به فراموشی سپرده می شد و از بین می رفت ، احیا کرده است .
با آغاز دوره جدید مبارزات ملت مسلمان ایران به رهبری حضرت امام خمینی (ره ) در سال1342 شمسی ، شهید قاضی نیز به عنوان یکی از ارکان مبارزه ، رهبری مردم غیور آذربایجان را در آن سالها به عهده گرفت . وی در آن دوران که حتی ذکر نام امام خمینی (ره ) جرم محسوب می شد ، در منابر و سخنرانی های خود از امام یاد و علناً از رژیم انتقاد می کرد . به دنبال سخنرانی های آتشین و افشاگرانه ایشان ، ساواک در تاریخ13 آذر 1342ایشان را دستگیر و به همراه برخی علمای تبریز راهی زندان قزل قلعه می کند . پس از دو ماه و پانزده روز ماندن در زندان، در روز اول و یا دوم ماه مبارک رمضان ایشان را از زندان قزل قلعه به سلطنت آباد تهران برده و بعد از چند روز با ضمانت برادرشان مبنی بر عدم خروج از حوزه قضایی تهران آزاد می شود . پس از چهارماه به ساواک خبر می رسد که آیت الله قاضی به شهر مقدس قم رفته و با امام خمینی (ره) دیدار کرده است. ایشان پس از دیدار با امام برای زیارت حضرت رضا (ع) به شهر مقدس مشهد مشرف شد و بعد از آن به رغم اینکه در تبعید بود ، بدون اجازه رژیم ، تهران را ترک و به تبریز بازگشت . با انتشار خبر مراجعت ایشان به تبریز هزاران نفر از مردم از راه آهن تا محل زندگی شهید قاضی منتظر ایستاده و چنان استقبالی از ایشان به عمل آوردند که در تاریخ تبریز به یادگار مانده است . مشاهده چنین استقبال باشکوهی رژیم را به وحشت می اندازد لذا در موضع انفعالی قرار گرفت و نیمه شب همان روز ایشان را مجدداً دستگیر و به یکی از خانه های امن ساواک در سلطنت آباد تهران (پاسداران کنونی) منتقل کرد .
در اثر فعالیت و نامه حضرت آیت الله حاج سید محمد هادی میلانی، شهید قاضی طباطبائی بعد از چهل روز حصر در سلطنت آباد، به قید عدم خروج از حوزه قضایی تهران ، مرخص شد و به منزل عموزاده اش در تهران رفت . ایشان پس از چهار ماه مجدداً به تبریز مراجعت کرد و پس از ورود ، طی سخنانی ضمن بیان وضعیت خود در زندان ساواک و مطلع کردن مردم از جنایات رژیم نسبت به خود و دیگر علما، به انتقاد از وضعیت موجود پرداخت.
ساواک که تاب تحمل سخنان این سید جلیل القدر را نداشت ، برای بار سوم وی را در تاریخ29 مرداد 1343دستگیر و به تهران منتقل کرد . ایشان در تهران به علت صدمات وارده در زندان ساواک بیمار و در بیمارستان «مهر»زیر نظر و مراقبت شدید ساواک به مدت 6 ماه بستری شد و تحت عمل جراحی قرار گرفت. ایشان پس از شش ماه از بیمارستان مرخص شد و در حالیکه آثار کسالت جسمی و جراحت روحی در وجودش کاملاً مشهود بود ،  آیت الله قاضی طباطبائی در سی ام آذر ماه سال 1347شمسی مصادف با عید سعید فطر در خلال سخنزانی خود به جنایات اسرائیل غاصب اشاره کرد و پرده از روابط مخفی شاه و رژیم صهیونیستی برداشت . به دنبال این سخنرانی آتشین ، مزدوران رژیم طی یک نشست فرمایشی ، مجاهد نستوه را محکوم به شش ماه تبعید در بافت کرمان کردند . مدت اقامت ایشان در بافت نیز در زمینه افشای رژیم پهلوی بسیار مؤثر بود . ایشان همچنین نسبت به انعکاس مقابل به خارج از کشور نیز تلاش های فراوانی مبذول داشت. مقالات متعدد ایشان که به وسیله پیک های مخفی ارسال می شد، در جراید کشورهای لبنان، سوریه و عراق به چاپ می رسید و طی آنها آیت الله قاضی با بیان شیوای عربی ، فجایع رژیم را برمی شمرد و روحانیون خود فروخته را که در تحکیم حکومت های ظالم تلاش می کردند ، محکوم می کرد.
حضرت آیت الله قاضی طباطبائی در تاریخ7 تیر 1348پس از تحمل 6 ماه تبعید در بافت کرمان، به زنجان تبعید شد ، اما ایشان بدون توجه به دستور ساواک و با شهامت و شجاعت خاص خود به سوی تبریز حرکت کرد . هنگامی که ایشان به بستان آباد ، 60کیلومتری تبریز رسید ، ساواک از موضوع مطلع شد و بلافاصله دستور داد از ورود ایشان به تبریز جلوگیری شود و ایشان را به زنجان راهی کنند . آیت الله قاضی بیش از چهار ماه در زنجان به حالت تبعید به سر برد تا با وساطت آیت الله سید احمد خوانساری از تبعید رها شد و در تاریخ29آبان 1348 به تهران رفت و پس از آن در تاریخ 6 آذر 1348 به تبریز مراجعت فرمود .
شهید آیت الله قاضی با اوج گیری مبارزات امت بیدار و ظلم ستیز ایران که به واسطه شهادت حاج آقا مصطفی خمینی و مجالس منعقده برای آن فقید شهید پیش آمد در آذربایجان سنگری مستحکم برای دفاع از حریم اسلام و مبارزه با مظاهر طاغوت بنا نهاد. پس از واقعه 19 دی در قم ، منزل ایشان پناهگاه مبارزان مسلمان بود قیام قهرمانانه مردم تبریز در 29 بهمن سال1356 نیز با هدایت های این شخصیت عظیم صورت گرفت.  هنوز شش ماه از طلیعه انقلاب شکوهمند اسلامی نگذشته بود که ستاره درخشانی از آسمان پرفروغ علم و فقاهت غروب کرد . گروهک منحرف و مزدور فرقان ، ناجوانمردانه استاد بزرگ حوزه و دانشگاه ، آیت الله مرتضی مطهری را به شهادت رساند و با این جنایت خود دل همگان را داغدار کرد . وقتی خبر شهادت مظلومانه استاد مطهری ، به گوش آیت الله قاضی رسید ، بسیار متأثر و غمگین شد و همواره به اطرافیان خود می فرمود : « کاش بنده هم مثل استاد مطهری روزی به فیض شهادت برسم.»
آرزوی این شهید بزرگوار حدود 6ماه بعد محقق می شود. طلایه دار شهدای محراب انقلاب اسلامی در دهم آبان 1358 شمسی، مصادف با عید قربان، نماز عید را اقامه کرد و در همان شب در راه مراجعت به منزل توسط گروهک افراطی فرقان مورد اصابت سه گلوله قرار گرفت و به فیض شهادت نایل می‌شود.