به نوشته آقابزرگ تهرانی، نائینی نزدیک ترین مشاور آخوند خراسانی در جریان جنبش مشروطه بود. با توجه به این روابط نزدیک و اعتماد ویژه و نیز بینش سیاسی وی، احتمال زیاد دارد که متن تلگراف ها و بیانیه های سیاسی مراجع بزرگ مشروطه خواه نجف را او انشا کرده باشد.

 آیت الله حاج میرزا حسین نائینی از مراجع مجاهد، متفکر و نظریه پرداز سیاسی ایران در قرن سیزدهم و چهاردهم هجری در 17 ذیقعده 1276 یا 1277 ق در نائین در خانواده ای روحانی به دنیا آمد و تحت تربیت پدرش حاج میرزا عبدالرحیم پرورش یافت. دروس مقدمات را در نایین خواند و در 1294 ق در 17 سالگی برای ادامه تحصیل به اصفهان رفت و هفت سال در آن شهر اقامت کرد. او در اصفهان اصول، فلسفه و کلام و فقه را خواند سپس در 1303 ق برای ادامه تحصیلات عازم عتبات شد و پس از توقف کوتاهی در نجف اشرف به سامره رفت. این شهر از 1291 ق و پس از سکونت میرزای شیرازی در آن، به صورت مهمترین حوزه علمی شیعه درآمده بود. نائینی تا 1312 ق نزد میرزای شیرازی و سید اسماعیل صدر و سید محمد فشارکی اصفهانی درس خواند و از شاگردان فاضل و مقرب میرزا بود. پس از درگذشت میرزا، نائینی درس خود را نزد سید اسماعیل صدر ادامه داد و در 1314 ق به همراه او به کربلا رفت و تا 1316 ق در آنجا ماند و سپس به نجف بازگشت. نائینی در آنجا به جمع اصحاب خاص آخوند خراسانی پیوست که در آن زمان از مراجع بزرگ شیعه به شمار می رفت. به نوشته آقابزرگ تهرانی، نائینی نزدیک ترین مشاور آخوند خراسانی در جریان جنبش مشروطه بود. با توجه به این روابط نزدیک و اعتماد ویژه و نیز بینش سیاسی وی، احتمال زیاد دارد که متن تلگراف ها و بیانیه های سیاسی مراجع بزرگ مشروطه خواه نجف را او انشا کرده باشد. این امتیازات سبب ایجاد دشمنی رقیبان علمی و سیاسی نائینی با وی شد و البته این جریانها و رویدادها تاثیر فوری بر روش نائینی نسبت به جنبش مشروطه نداشت و در پشتیبانی علمای طراز اول از نائینی خللی وارد نساخت. بلکه برعکس در خلال همین دوران بود که نائینی کتاب مهم و معروف خود یعنی «تنبیه الامه و تنزیه المله» را در باره مشروعیت مشروطه نوشت و آخوند خراسانی و شیخ عبدالله مازندرانی دیدگاههای او را با نامه های تقریظ به طور کامل تایید و تصویب کردند.

هنگامی نائینی تصمیم به نگارش این کتاب، در باره لزوم برقراری یک رژیم پارلمانی گرفت که حکومت استبدادی محمدعلی شاه بر سر کار بود و 10 ماه از تعطیلی موقت مشروطیت و بستن مجلس می گذشت و 4 ماه به فتح تهران و بازگشت مشروطه مانده بود. در آن زمان مبارزات قلمی برضد رژیم نوپای مشروطه به اوج خود رسیده بود. علمای ضد مشروطه – که نائینی آن را «شعبه استبداد دینی» می نامید – پی در پی اعلامیه ها و رساله هایی برضد مشروطه نزد مراجع نجف می فرستادند. بنابراین نائینی احساس کرد که نیاز فوری و حتمی به نوشتن کتابی در باره اصول مشروطیت به زبان ساده ولی قابل فهم برای عموم وجود دارد. به نوشته نائینی علمای مخالف مشروطه به نام مذهب، به حکومت استبدادی کمک می کردند و حقایق را وارونه جلوه می دادند و «....از آلوده ساختن شرع قویم به چنین لکه ننگ و عار عظیم هیچ پروا نمی کردند.» بنابراین با استناد به همان مآخذ و استدلالهای علمای مخالف، دست به نوشتن کتاب خود زد. این کتاب مهمترین اثری است که به قلم یک مجتهد شیعه در باره مشروعیت مشروطیت نوشته شده است.
در این کتاب پس از سخنانی به عنوان پیش درآمد، «مقدمه» ای آمده که در آن دو گونه حکومت – استبدادی و مشروطه – مورد بحث قرار گرفته است. در خلال همان مقدمه پیرامون مفاهیم آزادی، برابری، قانون اساسی و مجلس شورای ملی سخن رفته است.

در فصل اول کتاب این بحث مطرح شده است که در اسلام و دیگر ادیان و حتی در نظر فیلسوفان و مردانی که پیرو هیچ مذهبی نیستند، استبداد مردود و محکوم شناخته شده و یک حکومت معتدل و محدود متکی بر قانون سفارش گردیده است. در فصل دوم آمده است که در دوره غیبت کبرای امام دوازدهم، این ناممکن است که حکومتی کاملاً درست و آرمانی تشکیل داد و بنابر این مردم باید دست کم نظامی حکومتی به وجود آورند که بر پایه استبداد، شالوده ریزی نشده باشد. فصل سوم پیرامون نظام مشروطه ای است که ریشه غربی دارد و به باور نائینی می تواند بهترین نوع حکومت به شمار آید. در فصل چهارم کتاب به ذکر جمله ای از وسوسه ها و شبهات القائیه می پردازد. در باره«مغلطه راجع به اصل طاهر مساوات» سخن می راند. در فصل پنجم کتاب، نائینی شرایطی را پیشنهاد می کند که برطبق آنها نمایندگان مردم می توانند قبول مسئولیت کنند و اداره حکومت را برعهده بگیرند. سرانجام کتاب با یک «خاتمه» پایان می گیرد که در آن مولف در باره استبدادگری و استبدادگرایی و راه درمان این بیماری خطرناک اجتماعی توضیحات بیشتری می دهد.

آنچه «تنبیه الامه» را در میان سایر کتابهای منتشر شده راجع به مشروطیت ممتاز می سازد، این است که بحث های کتاب بسیار دقیق، منظم و جامع بوده و مطالبش دارای پیوندهای منطقی است. نائینی بحث خود را بر اساس «عقل» و «نقل» یعنی هم استدلالهای منطقی و هم احادیث و روایات اسلامی استوار کرده است. آنچه در«تنبیه الامه» آمده نه تنها بیان کننده دیدگاههای نائینی است بلکه نشان دهنده موضع سیاسی خراسانی و مازندرانی – که رهبر و سخنگوی مشروطه خواهان بودند – نیز هست.

پس از فتح تهران به دست مشروطه خواهان و بی اعتنایی آنان به رهبران روحانی مشروطه و شهادت چهره هایی چون شیخ فضل الله نوری و سید عبدالله بهبهانی و ... افکار عمومی ملت ایران برضد مشروطه خواهان برانگیخته شد و چنان که مشهور است آیت الله نائینی اقدام به جمع آوری باقی مانده کتاب خود کرد و دیگر حتی نام مشروطه را بر زبان نیاورد و به هیچ گفت و گویی که مربوط به مشروطه بود گوش نداد و به عبارت دیگر از سیاست کناره جست و به فعالیت علمی پرداخت ولی این دوری از سیاست به درازا نکشید. هنگامی که قوای روسیه و انگلستان به دنبال اتمام حجت به ایران وارد شمال و جنوب کشور شدند، نائینی تصمیم گرفت تا به همراه آخوند خراسانی و گروه کثیری از علما و طلاب و فضلای شیعه عراق به کاظمین بیاید تا از آنجا رهسپار ایران شود. اما مرگ نابهنگام خراسانی این سفر را ناکام ساخت و علما در کاظمین متوقف شدند و 13 نفر را از میان خود برگزیدند و هیاتی را تشکیل دادند تا کارهای لازم را انجام دهد. یکی از اعضای این هیات نائینی بود. آنان سوگند یاد کردند که در اجرای هدف جنبش علما بر ضد بیگانگان، وفادار و امین باشند. این هیات مسئول ارتباطات و تلگرافهای مبادله شده و محرمانه نگاه داشتن محتوای آنها بود.

هیات تلگرافهای بسیاری به دولت ایران فرستاد تا از روس ها بخواهد که هرچه زودتر خاک ایران را ترک کنند و تهدید کرد که در غیر این صورت علما به سوی ایران حرکت خواهند کرد. با وجود جنایات روسها در خراسان و آذربایجان و کشتار جمعی آزادیخواهان بی گناه از جمله روحانی آزاده ثقه الاسلام تبریزی، آنان موفق نشدند که به ایران مهاجرت نمایند.

در جریان مبارزات استقلال طلبانه و ضد استعماری مردم عراق نائینی همراه با سید ابوالحسن اصفهانی – مرجع اعلای شیعیان – در برابر دولت موقت و انتصاب ملک فیصل، موضعگیری کردند. آنها به منظور تحقق استقلال کامل و تشکیل حکومت مقید به مجلس و مستقل از بیگانگان با کاندیداتوری فیصل یا هر کاندیدای دیگری که تحت نفوذ انگلیس عمل می کرد مخالف بودند. همچنین آنها پس از حمله وهابیهای حجاز به جنوب عراق تلگرافی به شیخ محمد مهدی خالصی که در کاظمین می زیست، فرستادند و او را برای تبادل نظر و مشورت به کربلا دعوت کردند. انگلیسی ها پس از مدتی برای فلج کردن مبارزه، دست به ترویج اندیشه تشکیل حکومت توسط علما زدند که با درایت سید ابوالحسن اصفهانی، نائینی و شیخ محمد مهدی خالصی و مخالفت آنها این توطئه ناکام ماند.

در 1340 ق ملک فیصل با کمک انگلیسی ها پادشاه عراق شد و سال بعد قرارداد اتحادی با انگلستان امضا کرد و متعاقب آن کابینه خود را تشکیل داد و انتخابات عمومی اعلام نمود تا با ایجاد مجلس موسسان قرارداد مزبور را به صورت قانونی درآورد. همزمان با این اقدامات، شایعه تحریم انتخابات منتشر گردید و هنگامی که از علما استفتا شد که آیا آنان به راستی شرکت در انتخابات را تحریم کرده اند یا خیر؟ نائینی نوشت : «آری ما انتخابات و شرکت مردم عراق در آن را تحریم کرده ایم و کسی که در انتخابات شرکت جوید و یا کمترین کمکی به آن نماید دستور خدا و پیامبر و اولیاء دین را زیر پا گذارده است.

علما حاضر به هیچگونه توافقی با مقامهای انگلیسی و فیصل نشدند. به دنبال رویارویی انگلیس با ترکیه در مارس 1923 حکومت وقت عراق به زمینه سازی افکار عمومی برای تایید حکومت و به کار گیری فشار علیه ترکیه به بهانه در خطر بودن عراق دست زد. علمای نجف و کاظمین در پس این هیاهو نفع انگلیس برقیمومت عراق را می دیدند. بنابر این به منظور از بین بردن ارتباط السعدون (نخست وزیر عراق) و انگلیسیها، اصفهانی و نائینی و خالصی در 12 آوریل 1923 فتوایی شرعی را صادر نمودند که مفاد آن این بود : چنانکه ترک ها به عراق حمله کنند، مسلمانان مجاز نیستند که با آنان وارد جنگ شوند. از این رو دو نفر از علمای مبارز یعنی شیخ محمد خالصی زاده پسر شیخ محمد مهدی خالصی، و سید محمد صدر از عراق به ایران تبعید گردیدند.(ذیقعده 1341 ق) اصفهانی و نائینی و چند تن دیگر از رهبران مذهبی کربلا و نجف به عنوان اعتراض به تبعید خالصی، از عراق به ایران مهاجرت کردند اما غالباً بر این باور بودند که آنها توسط انگلیسیها تبعید شده اند. آنها هنگام ورود به خاک ایران مورد استقبال وزیر خارجه وقت (دکتر مصدق) قرار گرفتند و او و احمد شاه تلگراف های خوش آمد برای آنان به کرمانشاه فرستادند. اصفهانی و نائینی نیز متقابلاً طی تلگرافی سپاسگزاری خود را از آن دو اعلام داشتند. اصفهانی و نائینی در کرمانشاه حاضر نشدند تا با کنسول روسیه دیدار و گفت و گو نمایند.

نائینی و دیگر علمای تبعیدی پس از یک سفر 45 روزه در 4 محرم 1342 ق وارد قم شدند و مورد استقبال گرم حاج شیخ عبدالکریم حائری رئیس حوزه علمیه قم قرار گرفتند. آنان به دعوت حائری در قم به تدریس پرداختند و گروه بسیاری از فضلا در درس آنها شرکت کردند. اما نائینی و دیگر علما مایل بودند تا هرچه زودتر به عراق بازگردند. ملک فیصل که از تمایل علمای مهاجر آگاه شد، در نامه ای به آنان صریحاً اعلام کرد که آنان در صورتی خواهند توانست به عراق بازگردند که تعهد کتبی بدهند که در امور عراق هیچگونه دخالتی نکنند. آنها نیز چنین کردند و مدتی بعد با موافقت ملک فیصل به عراق بازگشتند.

در هنگام توقف علمای مهاجر در قم، کشمکش سیاسی شدیدی میان احمدشاه و نخست وزیر(رضاخان سردارسپه) در جریان بود. هریک از آنان می کوشیدند تا با دلجویی از علمای تبعیدی و مهاجر، نظر آنان را به خود جلب کنند. اما آنان روابط حسنه خود را با هر دو حفظ کردند و رضاخان ظاهراً به خواهش آنان از جمهوریخواهی صرفنظر نمود و سپس در 2 اردیبهشت 1303 به عراق بازگشتند و پس از ورود به نجف نائینی نامه تشکری به همراه یک هدیه (تمثال امیرالمومنین – ع) برای رضاخان فرستاد. ارسال این نامه و هدیه با واکنش منفی علمای تهران مواجه شد اما متقابلاً موجب تقویت و تبلیغات فراوان رضاخان به سود خود گردید.
عبدالهادی حائری در مورد نظر تایید آمیز نائینی نسبت به ملک فیصل و رضاخان براین عقیده است که «مرحله بعدی زندگی نائینی این اندیشه را نیرو می دهد که نامبرده شاید به این نتیجه رسیده بود که همکاری با صاحبان قدرت و به ویژه آنان که در هیات حاکمه ایران شرکت داشتند سودمندتر از جنگ با آنان بوده است.»

نائینی در 24 مرداد 1315 در 76 سالگی درگذشت و بدین مناسبت مجالس ختم بسیاری در عراق برپا گردید و مرثیه های متعددی در مرگ او سروده شد اما در ایران به سبب اختناق شدید رضاخانی و محدودیت های شدید مذهبی مراسم ختم چشمگیری برپا نشد.

نائینی دارای سلیقه و اندیشه ای علمی بود و دلبستگی زیادی به حفظ سلسله مراتب علمی در میان شاگردان خود داشت. این توجه ویژه به سنت های خودی شاید به جهت آن بود که فرصت ریاست عام و مطلق روحانی به سراغ او نیامد و در نتیجه می توانست توجه بیشتری به زندگی و سنت علمی داشته باشد. هریک از شاگردان نائینی به تناسب برجستگی و پیشینه علمی خود دارای حقوق ویژه و در حضور نائینی دارای محلی خاص بودند. بطور مثال آقا سید جمال گلپایگانی بر اثر برجستگی علمی خود نزد نائینی بسیار محترم بود و در سمت راست او می نشست. نائینی به یک مدرس و یا طلبه علوم دینی تهیدست ولی فاضل و عالم بیشتر احترام می گذاشت تا به یک بازرگان ثروتمند. رفتار نائینی در برابر دوستان دیرین که به همران آنان در انقلاب مشروطیت درگیر بود، بسیار تغییر یافت به طوری که ترجیح می داد آنان را هرگز نبیند. چنانکه به دیدن آقا شیخ حسین یزدی که از مجتهدان محترم و از نزدیکان آخوند خراسانی بود نرفت و هنگامی که در این مورد از وی پرسش شد پاسخ داد که اگر به دیدن شیخ حسین می رفت نامبرده باز داستان سیاست و مشروطیت را پیش می کشید. شاید به همین دلیل بود که هیچیک از شاعرانی که در مرگ نائینی مرثیه سرودند اشاره ای به فعالیتهای مشروطه خواهی او نکردند. از آثار او می توان از لباس مشکوک، رساله لاضرر، وسیله النجاه، تنبیه الامه و تنزیه المله نام برد.

منبع:محمد حسن رجبی، علمای مجاهد، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، پاییز 1382، ص 505 تا 508