آقا خان مقام امامت و رهبرى فرقهى اسماعیلیه را از پدر به ارث برد و روزبهروز بر مریدانش افزوده مىشد. وى در اواخر سال 1253 هجرى در بم قیام کرد و چون محمد شاه او را به پایتخت احضار نمود،وى در قلعهى بم متحصن شد و بعد از اندکى مقاومت تسلیم گردید و به شفاعت فرمانفرما والى فارس و حاجى میرزا آغاسى صدراعظم مورد عفو قرار گرفت.
جوان و تاریخ- کافه هنر
رهبرى فرقهى اسماعیلیه در زمان حکومت زندیه با سید ابو الحسن خان کهکى قمى بود که حکومت کرمان را داشت.وى پس از عزل از حکمرانى به محلات رفت و در آنجا ساکن شد و پس از فوت او فرزندش شاه خلیل اللّه(میرزا شاه خلیل اللّه)به مقام امامت و پیشوایى فرقهى اسماعیلیه رسید.مریدان او از اقصى نقاط ایران و هند و ترکستان براى زیارت او به محلات مىشتافتند و سهم امام و زکوت خود را به او تقدیم مىکردند و«اگر قدرت مسافرت و یا وسیلهى ارسال زکوت را نداشتند آن را به دریا مىریختند و معتقد بودند که به دست امام خواهد رسید. »شاه خلیل اللّه پس از مدتى اقامت در محلات به یزد رفت و چون رهبر فرقه و به قول مردم آن روز داراى دم و دستگاه مفصل بود،مورد حقد و کینهى بعضى از روحانیون قرار گرفت تا آنکه روزى بر اثر منازعه چند تن از مریدان امام با مردم بازارى به اغوا و تحریک ملا حسین یزدى به خانهى امام هجوم بردند و پس از پارهپاره کردن امام و چند تن از خواص او، خانهى وى را غارت کردند.میرزا محمد جعفر صدر الممالک از متنفذین یزد نیز،در تحریک مردم دخالت کرده بود؛به همین جهت حاجى محمد زمان خان حکمران یزد،ملا حسین و چند تن از مسببین آن فاجعه را بازداشت کرد و مراتب به تهران گزارش داد(1232 هجرى قمرى).به دستور فتحعلى شاه، مسببین فاجعه به تهران اعزام شدند. شاه در مورد صدر الممالک فقط به عتاب و تندى و سرزنش اکتفا کرد 1و ملا حسین یزدى را به زندان انداخت و دستور داد او را به چوب بستند و مقرر داشت که خونبهاى مقتول را از کلیهى مسببین حادثه وصول کنند.پس از کشته شدن شاه خلیل اللّه فتحعلى شاه پسر ارشد او را که آقا خان نام داشت،مورد عطوفت قرار داد و دختر بیست و سوم خود سروجهان را به ازدواج او درآورد. آقا خان مقام امامت و رهبرى فرقهى اسماعیلیه را از پدر به ارث برد و روزبهروز بر مریدانش افزوده مىشد. وى در اواخر سال 1253 هجرى در بم قیام کرد و چون محمد شاه او را به پایتخت احضار نمود،وى در قلعهى بم متحصن شد و بعد از اندکى مقاومت تسلیم گردید و به شفاعت فرمانفرما والى فارس و حاجى میرزا آغاسى صدراعظم مورد عفو قرار گرفت.هنگامى که محمد شاه عازم ولایات جنوبى بود و یکى از سرداران خود به نام بخشعلى خان یوزباشى را براى سرکوب کردن شاهزاده فرخ سید میرزا(حکمران همدان) مأمور نموده بود، آقا خان که با بستگان خود به عتبات مىرفت و در همدان با فرخ سید میرزا همدست شده بود،از مأموریت بخشعلى خان به هراس افتاد.وى همراهان خود را به عتبات فرستاد و نامهها و فرمانهاى جعلى دایر بر انتصاب خود به حکومت بم تهیه کرد و براى اعیان و متابعان خویش به کرمان ارسال داشت.جاسوسان انگلیسى نیز در کرمان و بلوچستان مریدان و جمعى از سواران سیستانى و افغانى را به هواخواهى آقا خان گرد آوردند و هنگامى که آقا خان به بم رسید،قریب به 4000 سرباز داوطلب گرد او جمع شدند(1255 هجرى)آقا خان به شهر بابک که مقر کهندل خان افغان بود حمله برد و برادر خود محمد باقر خان را نیز به سیرجان فرستاد.حاکم کرمان فضلعلى خان قراباغى که مردى دلیر و شجاع بود با چند سوار که همراه داشت به دفع شورش آقا خان همت گماشت و در محل زیدآباد محمد باقر خان را در محاصره انداخت.آقا خان به کمک برادر خود شتافت ولى در مقابل حملهى شدید و مردانهى فضلعلى خان تاب مقاومت نیاورد و به لار گریخت و همراهان و مریدان او که در شهر بابک مانده بودند،دست از محاصره آن شهر کشیدند و متفرق شدند.
آقا خان در لار مجددا جماعتى را گرد آورد و به جیرفت شتافت و قلعهى اسفندقه جیرفت را تصرف کرد ولى بار دیگر از فضعلى خان شکست خورد و به میناب گریخت و چون فصل زمستان دررسید در آن بندر باقى ماند.در بهار سال 1256 هجرى قمرى،آقا خان به کمک عمال انگلیسى مجددا سپاه فراوانى گرد آورد و چندین عراده توپ فراهم ساخت و راه کرمان را در پیش گرفت و دو دسته معدود از سپاه فضعلى خان را که به سردارى خود،اسفندیار خان و یکى دیگر از سرداران به نام عبد اللّه خان قراگزلو،به دفع او فرستاده بود،شکست داد.در حین جنگ اسفندیار خان کشته شد و آقا خان تا بردسیر در 36 کیلومترى جنوب کرمان پیش رفت.فضلعلى خان که از مرگ برادر خود سخت به خشم آمده بود،از کرمان خارج شد و به بردسیر حمله برد.همراهان آقا خان از حملهى مردانه سردار کرمان به هراس افتاده،رو به گریز نهادند و فضلعلى خان فراریان را تا بمپور تعقیب کرد و عدهى کثیرى را دستگیر نمود.آقا خان پس از آن شکست قطعى،راه قندهار را پیش گرفت و از آنجا به هندوستان رفت و به این ترتیب شورش کرمان که مدت 14 ماه،توجه شاه محمد را به خود جلب کرده بود،خاموش گردید.در اواخر دورهى سلطنت محمد شاه، برادر آقا خان ابو الحسن خان معروف به سردار بار دیگر به بلوچستان حمله کرد،ولى به زودى سرکوب شد.