تیمور زمانی که در خراسان بود دچار نوعی بیماری شد که پزشکان تشخیص دادند که این بیماری ناشی از گرمی مزاج است و تنها آب لیموی شیراز است که رفع این بیماری می‌کند. تیمور از این جهت نامه‌ای به شاه منصور از آل مظفر فرستاد و از او درخواست کرد که چندین ظرف بزرگ آب لیموی شیراز به سرعت به خراسان بفرستد. شاه منصور در جواب تیمور نوشت: «من دکان عطاری ندارم که تو مرا تحقیر می‌کنی و خیال می‌کنی که از نسل چنگیز هستی و من برای تو آب لیمو بفرستم. این کار خیال باطلی است. اگر هم آب لیموفروش بودم برای تو نمی‌فرستادم.» در آن زمان آل مظفر بر کرمان، شیراز، اصفهان و خوزستان فرمانروا بودند و مرکز حکومت آنان شیراز بود.

شهر اصفهان از نظر آبادی و صنعت و هنر در مرکز فلات ایران برای کلیه کسانی که به ایران هجوم می‌آوردند مورد توجه بود. تیمور زمانی که در خراسان بود دچار نوعی بیماری شد که پزشکان تشخیص دادند که این بیماری ناشی از گرمی مزاج است و تنها آب لیموی شیراز است که رفع این بیماری می‌کند. تیمور از این جهت نامه‌ای به شاه منصور از آل مظفر فرستاد و از او درخواست کرد که چندین ظرف بزرگ آب لیموی شیراز به سرعت به خراسان بفرستد. شاه منصور در جواب تیمور نوشت: «من دکان عطاری ندارم که تو مرا تحقیر می‌کنی و خیال می‌کنی که از نسل چنگیز هستی و من برای تو آب لیمو بفرستم. این کار خیال باطلی است. اگر هم آب لیموفروش بودم برای تو نمی‌فرستادم.» در آن زمان آل مظفر بر کرمان، شیراز، اصفهان و خوزستان فرمانروا بودند و مرکز حکومت آنان شیراز بود. حاکم اصفهان عموی سلطان زین‌العابدین پادشاه مظفر بود و نظر داشت که اگر تیمور به اصفهان حمله کند ما باید دروازه‌های شهر را روی او باز کنیم ولی شاه منصور مظفری اعتقاد داشت که باید در مقابل تیمور ایستادگی کرد. در آن موقع اصفهان دارای دیوار و برج و باروی محکمی بود که قطر آن، آن‌قدر پهن بود که یک گاری می‌توانست روی دیوار شهر حرکت کند. تیمور لنگ از راه همدان و گلپایگان خود را به سِده اصفهان رسانید و در آنجا پس از کسب اطلاعات وسیعی از وضعیت اصفهان شهر را از بهار سال ۷۸۹ محاصره کرد. علمای شهر به اتفاق حاکم شهر توافق کردند که از تیمور امان بخواهند و در عوض به او باج و خراج بدهند تا شهر دچار قتل و کشتار نشود. در این موقع امیرمنصور مظفری برای جمع‌آوری سپاه از طریق شیراز به خوزستان به ویژه دزفول رفت. امیر حمله خود را آغاز کرد و حدود هفتادهزار نفر را کشت ولی بچه‌های یتیم زیادی در شهر به جا ماندند. تیمور ابتدا مردم باقی‌مانده را وادار کرد که کشته شدگان تاتار را دفن کنند. در نزدیک مسجد جامع اصفهان در یک منطقه مرتفع تمام بچه‌های کشته شدگان توسط یکی از بزرگان شهر جمع‌آوری شدند. امیرتیمور وقتی که به سمت کودکان نظر کرد، پرسید که این نگون بختان خاک نشین کیستند؟ آن مرد بزرگ گفت: کودکان بینوا هستند که پدر و مادرشان به تیغ سربازان تو هلاک شده‌اند. تیمور چیزی نگفت و به آن سویی راند و چنان نمود که ایشان را ندیده‌است.