به دنبال این سخنرانى سحرگاه 13 آبان 1343 امام دستگیر و سپس به ترکیه تبعید مى‏شوند. بعد از چند مدت هم حاج آقا مصطفى دستگیر و ایشان نیز به ترکیه تبعید مى‏گردند.

با اعلام کاپیتولاسیون  امام دست به اقدام جدى زدند. گروه‏هایى از طلاب را با پیام‏هاى کتبى و شفاهى براى علماى بلاد و شهرهاى ایران و مردم نقاط مختلف گسیل داشتند و در ضمن اعلام کردند که در روز 4 آبان 1343 در این مورد در قم سخنرانى خواهند کرد.
شاه که از این امر مطلع و وحشت‏زده شده بود، پیامى براى امام مى‏فرستد و از ایشان مى‏خواهد که در سخنرانى خود به آمریکا و اسرائیل تندى نکنند.
علیرغم این پیام‏ها، امام سخنرانى معروف و کوبنده خود را ایراد کردند و در آن اعلام داشتند:
«رئیس جمهور آمریکا بداند... که منفورترین افراد دنیاست پیش ملت ما. امروز منفورترین افراد بشر است پیش ملت ما."
‏
به دنبال این سخنرانى سحرگاه 13 آبان 1343 امام دستگیر و سپس به ترکیه تبعید مى‏شوند. بعد از چند مدت هم حاج آقا مصطفى دستگیر و ایشان نیز به ترکیه تبعید مى‏گردند.
با تبعید امام به ترکیه، امام موسى صدر به واتیکان سفر مى‏کند و طى ملاقاتى طولانى و فشرده از پاپ اعظم مى‏خواهد که براى رهایى امام از تبعید اقدام کنند. در اروپا نیز بیانیه‏هاى متعددى توسط برادران انجمن اسلامى سازمان  U M S O در حمایت از امام و قیام روحانیت در ایران صادر مى‏گردد. در تهران و قم و مشهد، در بازار و دانشگاه نیز اعتراضات به تبعید امام ادامه یافت سرانجام امام و حاج آقا مصطفى در 13 مهر ماه 1344 از ترکیه به عراق تبعید مى‏گردند.
شاه خیال مى‏کرد، شرایط حوزه نجف امام را در خود تحلیل برده و حرکت ایشان به خاموشى خواهد گرایید.
گفتگوى ایشان با آیت‏الله حکیم در نجف در همان روزهاى اول ورودشان، روشنگر همه چیز هست الاّ سکوت و یا تصمیم به سکوت پیرامون حوادث ایران.
مطالب رد و بدل شده میان ایشان و آیت‏الله حکیم عیناً نقل مى‏گردد:
چند روز پس از تبعید امام از ترکیه به عراق، امام خمینى در شب 27 مهرماه 1344 در نجف اشرف به دیدار مراجع تقلید رفت. گفتگوى آن حضرت با آیت‏الله حکیم بیانگر عزم راسخ امام در انجام رسالت خویش در حوزه نجف و همچنین نشان‏دهنده تفکر و فضاى حاکم بر این حوزه است که عیناً نقل مى‏شود:
امام خمینى: «خوبست براى تغییر آب و هوا به ایران بروید و اوضاع آن‏جا را از نزدیک ببینید و مشاهده کنید که بر این ملت مسلمان چه مى‏گذرد. در زمان مرحوم بروجردى عدم اقدام ایشان را علیه دولت جابره حمل بر صحت مى‏کردم و مى‏گفتم مطالب را به ایشان نمى‏رسانند. نسبت به جناب‏عالى هم این‏طور معتقدم که فجایع حکومت ایران را به سمع شما نمى‏رسانند والا شما هم ساکت نمى‏ماندید.
در تهران به عنوان 25 سال سلطنت پهلوى جشن گرفتند و به زور چهارصد هزار دلار از این مردم فقیر براى مصارف جشن گرفتند، 800 دختر و 800 پسر را به عنوان دعا در محلى به جان هم انداختند. به عنوان دعا چه کرده‏اند! از گفتنش خجلم.
آیت‏الله حکیم: شما که این‏جا هستید، به من لطفى ندارد ایران بروم؛ وانگهى چه مى‏شود کرد، چه اثرى دارد؟
امام: قطعاً اثر دارد، ما با همین قیام تصمیمات خطرناک دولت را متوقف کردیم، چطور اثر ندارد؟ اگر علما اتحاد داشته باشند قطعاً مؤثر است.
آقاى حکیم: اگر احتمال عقلایى نیز داشته باشد و از طریق عقلایى اقدام شود خوبست.
امام: قطعاً تأثیر دارد، چنانچه اثر هم دیدیم و منظور ما از اقدام، اقدام عاقلانه است و اقدام غیرعاقلانه اصلاً مورد بحث نیست. مقصود، اقدام علما و عقلاء ملت است.
مرحوم حکیم: اقدام حاد کنیم مردم از ما تبعیت نمى‏کنند... براى دین سینه چاک نمى‏کنند.
امام: عرض کردم که مردم در پانزده خرداد جوانمردى و صداقت خود را نشان دادند.
مرحوم حکیم: اگر قیام کنیم و خونى از بینى کسى بریزد، سروصدایى بشود مردم به ما ناسزا مى‏گویند و سروصدا راه مى‏اندازند.
امام: ما که قیام کردیم از احدى بجز مزید احترام و سلام و دستبوسى ندیدیم و هر که کوتاهى کرد حرف سرد شنید و مورد بى‏ارادتى مردم واقع شد. در تبعید ترکیه به یکى از دهات ترکیه که اسمش یادم نیست رفتم. اهالى آن ده گفتند وقتى آتاتورک مشغول عملیات ضد دینى خود شد علماى ترکیه جمع شدند و به اتفاق مشغول فعالیت علیه تصمیمات آتاتورک شدند. آتاتورک ده را محاصره و چهل نفر از علماى ترکیه را به قتل رسانید.
من شرمنده شدم، پیش خود فکر کردم که آن‏ها سنى مى‏باشند. وقتى خطر را به دین اسلام نزدیک مى‏بینند، چهل نفر کشته مى‏دهند ولى علماى شیعه در این خطر عظیمى که بر دیانتمان وارد آمده خون از دماغمان نیامد (نه از دماغ من و نه شما و نه دیگرى). واقعاً جاى خجلت است.
آقاى حکیم: چه باید کرد بایستى احتمال اثر بدهیم، کشته دادن چه اثر دارد؟
امام: عملیات ضد دینى دو جور است. یکى مثل رضاخان، بى‏دینى مى‏کرد و مى‏گفت: من مى‏کنم و نسبت به شرع نمى‏داد. البته موضوع اقدام علیه او از باب نهى از منکر بود ولى شاه فعلى هر عمل ضد قرآن و مذهب مى‏کند و مى‏گوید: از دین است، نظر قرآن چنین است، من از قرآن کریم مى‏گویم. این بدعت عظیم که بر اساس دیانت لطمه وارد مى‏کند قابل تحمل نیست. باید جانبازى کرد، بگذارید تاریخ ثبت کند که وقتى دین مورد حمله واقع شد عده‏اى از علماى شیعه قیام کردند و دسته‏اى از آن‏ها کشته شدند.
مرحوم حکیم: تاریخ چه فایده‏اى دارد باید اثر داشته باشد.
امام: چطور فایده ندارد؟ مگر قیام حسین‏بن على علیهماالسلام به تاریخ خدمت مؤثرى نکرد؟ و چه بهره بزرگى از قیام آن حضرت مى‏گیریم؟
مرحوم حکیم: راجع به امام حسن چه مى‏فرمایید؟ ایشان که قیام نکردند.
امام: اگر امام حسن هم به اندازه شما مرید داشت قیام مى‏کرد. در اول امر قیام کرد، دید مریدها فروخته شده‏اند لذا فتح نکرد. اما شما در تمام ممالک اسلامى مقلد و مرید دارید.
مرحوم حکیم: من که نمى‏بینم کسى را داشته باشم که اگر اقدامى کردیم تبعیت نماید.
امام: شما اقدام و قیام نمایید من اولین کسى خواهم بود که از شما تبعیت خواهم کرد!
مرحوم حکیم: لبخند و سکوت...»
یکى از دلایل اساسى مشکلات ما در انتشار بیانیه‏هاى روحانیون و امام در آن زمان در اروپا، سکوت سایه افکنده بر حوزه نجف و بخش اعظم روحانیت و مراجع در ایران بود. حاکمیت ارتجاع بر اوضاع نجف به حدى بود که امام دوران اقامت خود را در نجف از تلخ‏ترین دوران حیات خود مى‏نامند.
خاطرات دکتر صادق طباطبائی ج1- ص 197- 200
پیش بینی انقلاب توسط استاد امام خمینی(ره)
آیت الله شاه آبادی(ره) استاد عرفان امام خمینی(ره) بودند که حضرت امام در کنار تحصیل علوم حوزوی بلا استثنا در تمام درسهای عرفانی ایشان شرکت کرده و همیشه از ایشان با کلمه "روحی فداه" تجلیل می کردند.آیت الله نصرالله شاه آبادی فرزند آقای شاه آبادی بزرگ، خاطره ای را در کتاب "عارف کامل" راجع به پیش بینی انقلاب اسلامی توسط پدرشان نقل کرده است که به نظرم در این ایام دهه فجر خواندنش خالی از لطف نباشه:                                   
از دورانی که در نجف در خدمت حضرت امام (قدس سره) بودم ، خاطره جالبی به یاد دارم . قبل از تشریف فرمایی امام به نجف ، شبی در خواب دیدم که در ایران ، آشوب و جنگ است ، به خصوص در خوزستان . سر تمام نخلهای خرما قطع شده یا سوخته بود و در این جنگ ، یکی از نزدیکان من شهید شده بود . این جنگ که خیلی طولانی شده بود و فرماندهی اش را هم سیدالشهداء (ع) بر عهده داشتند ، با پیروزی ایران تمام شد ...از خواب بیدار شدم .                                                     

پس از تشریف فرمایی امام به نجف ، این خواب را برای ایشان تعریف کردم . ایشان تبسمی کردند و فرمودند : " این جریان واقع خواهد شد" عرض کردم : چطور آقا ؟!  فرمودند : "بالاخره معلوم می شود" من دوباره اصرار کردم و سرانجام ایشان فرمودند: "من یک نکته به تو می گویم ، ولی باید تا زمانی که من زنده هستم جایی بیان نشود.زمانی که در قم در خدمت مرحوم والد شما بودم، بسیار به ایشان علاقه داشتم ، به طوری که تقریبا نزدیکترین فرد به ایشان بودم و ایشان هم مرا نامحرم نسبت به اسرار نمی دانستند . روزی ایشان ( آیت الله شاه آبادی ) برای من مسیر حرکت را بیان کردند و فرمودند : تو انقلاب خواهی کرد و پیروز هم می شوید و جنگی برایتان در خوزستان رخ می دهد که یکی از اقوام ما نیز در آن جنگ به شهادت نائل خواهد شد. سپس فرمودند: حالا البته زود است ، تا آن زمانی که این مسیر شروع شود زود است اما می رسد."
این حرف امام تا وقوع انقلاب و حتی تا جنگ ایران و عراق به یاد من نماند .، یعنی اصلا آن را فراموش کرده بودم . تا اینکه در یکی از سفرهایی که به جبهه رفتم ، ناگهان چشمم به نخلهایی افتاد که سرشان قطع شده یا سوخته بود . در آن زمان به یاد آن خواب افتادم . مجددا در اردیبهشت 1363 ، وقتی برادرم (آیت الله حاج شیخ مهدی شاه آبادی) به شهادت رسیدند ، دوباره یادم آمد که حضرت امام (ره) از قول مرحوم والد فرموده بودند که تمام جریانهای خواب من اتفاق خواهد افتاد.