در سال 1356 نامه ای محرمانه به امام خمینی در نجف می نویسند و طی آن، ضمن شرح وضعیت ایران و گروه های مختلف، تحلیلی هم از سازمان مجاهدین خلق ارائه می‌کنند.

یکی از ویژگی‌های ممتاز شهید مطهری، همراهی علم عمیق و بصیرت نافذ در ایشان بوده است که جلوه‌های فراوانی در آثار و اعمال ایشان از آن یافت می شود. مثلاً ایشان در سال 1356 نامه ای محرمانه به امام خمینی در نجف می نویسند و طی آن، ضمن شرح وضعیت ایران و گروه های مختلف، تحلیلی هم از سازمان مجاهدین خلق ارائه می‌کنند و با وجود آنکه خود از نزدیک با آنان مرتبط نبوده اند، این تحلیل، بسیار دقیق (و منطبق بر اسناد آشکار شده بعدی) است.
همچنین ایشان در این نامه (شاید برای اولین بار در ادبیات سیاسی ایران) آنان را «منافقین خلق» لقب می‌دهند. (نامه تاریخی استاد مطهری به امام خمینی، انتشارات صدرا، صفحه18)
تحلیل دقیق و بصیرانه ایشان (که سالها بعد و با تبدیل شدن آن گروهک به یک فرقه، بیش از پیش به حقیقت پیوست) انسان را شگفت‌زده می‌کند:

«در اینجا [ایران] جریان‌های پیچیده و گمراه کننده‌ای وجود دارد که توجه و آگاهی حضرتعالی ضرورت دارد: ... جریان دوم، جریان به اصطلاح گروه مسمّی به مجاهدین است. اینها در ابتدا یک گروه سیاسی بودند ولی تدریجاً به صورت یک انشعاب مذهبی دارند در می‌آیند، درست مانند خوارج که در ابتدا حرکتشان یک حرکت سیاسی بود، بعد به صورت یک مذهب با یک سلسله اصول و فروع درآمدند. کوچکترین بدعت اینها این است که به قول خودشان به «خودکفایی» رسیده‌اند و هر مقام روحانی و هر مرجع دینی را نفی می‌کنند. از همین جا می‌توان تا آخر خواند. دیگر اینکه در عین اظهار وفاداری به اسلام، کارل مارکس لااقل در حد امام جعفرصادق علیه‌السلام نزد اینها مقدس و محترم است. البته اینها آنهایی هستند که بر مسلک سابق خود باقی هستند [از قبیل مسعود رجوی و یارانش در زندان]، آنها که تغییر موضع [یعنی اعلام تغییر ایدئولوژی] کردند [از قبیل تقی شهرام وبهرام آرام و ...] تکلیفشان روشن است. بنده هم اطلاعاتم درباره آنها مع‌الواسطه است، ولی افراد متدین و فهیمی که سالها با آنها در زندان بوده‌اند، هستند و من معتقدم حضرتعالی از آنها -نه فقط از یک نفر آنها- جدا جدا بخواهید نظریات خود و مشهودات خود را بنویسند و خدمت‌تان ارسال دارند.
و عجیب این است که هنوز هستند برخی دوستان ما و ارادتمندان شما که کارهای اینها را توجیه و تأویل می‌کنند.»

نامه تاریخی استاد مطهری به امام خمینی، انتشارات صدرا، صفحات 16 تا 18