در سال ۱۲۶۶ هجری قمری میرزا تقی خان فراهانی (امیرکبیر) در گوشه‌ای از اراک شاهی بنای مدرسه‌ای را به سبک مدارس عالیه اروپا آغاز نمود و آن را دارالفنون نامید. ساختمان این مدرسه در سال ۱۲۶۷ به پایان رسید و در سال ۱۲۶۸ رسما افتتاح شد.

عواملی که زمینه ایجاد مدرسه دارالفنون را فراهم کرد از اوایل سلطنت قاجاریه و زمان پادشاهی فتحعلیشاه آغاز می‌شود، ولی مسافرت‌های امیر کبیر و دلبستگی آن رادمرد به جلب فرهنگ و معارف جدید وسایل افتتاح مدرسه را در اوایل سلطنت ناصرالدین شاه فراهم نمود.


در سال ۱۲۲۶ ق. عباس میرزا نایب السلطنه چند نفر را برای تحصیلات عالیه به فرنگ فرستاد و در زمان سلطنت محمد شاه نیز چند نفر دیگر به همان منظور اعزام شدند که اغلب آن‌‎ها برای تحصیل طب بود ولی یکی از آن‌ها به نام میرزا رضا مهندس باشی به تحصیل مهندسی پرداخت و پس از مراجعت، ساختمان دارالفنون زیر نظر او به پایان رسید.

اشخاصی که قبل از تاسیس دارالفنون برای تحصیل طب به خارج از کشور رفته و مراجعت کرده بودند نتوانستند در وضع طب وطبابت تغییرات زیادی بدهند و برای تحصیل طب روش خاصی وجود نداشت. قانون ابن سینا و شرح اسباب نفیسی عمده‌ترین کتاب‌های درسی پزشکی مجسوب می‌شد و شاگردان پس از طی مقدمات اولیه در مطب پزشکان قدیمی به فرا گرفتن حکمت و طبیعیات می‌پرداختند و همه کس می‌توانست پس از کسب اطلاعاتی مختصر خود را طبیب بداند و به درمان بیماران بپردازد.

ناصرالدین شاه به حکیم کلوکه طبیب مخصوص خود دستور داد که عده‌ای را در مطب خود پذیرفته، به آن‌ها علم طب بیاموزد و پس از امتحان جواز طبابت بدهد. در این هنگام که طب جدید اروپایی در ایران راه یافته بود، اطبای فرنگی و ایرانی که تحصیلات طبی خود را در خارج انجام داده بودند در ترویج روش‌های مداوا و تجویز داروهای جدید می‌کوشیدند ولی طرفداران طب قدیم با آن‌ها اختلاف نظر شدیدی داشتند و اغلب مابین این دو گروه اختلاف نظرهای شدیدی روی می‌داد که منجر به مشاجرات و مباحثات دامنه داری می‌شد.

پس از اتمام ساختمان دارالفنون، هفت معلم از کشور اتریش برای تدرسی رشته‌های محتلف علمی استخدام شدند. این معلمین چند روز پس از عزل امیر کبیر به تهران رسیده، به تدریس پرداختند. دو نفر از آنان برای تدریس طب و پنج نفر دیگر برای تدریس سایر رشته‌های علمی و نظامی در نظر گرفته شده بودند.

افتتاح رسمی دارالفنون در برج عقرب ۱۲۳۰ هجری شمسی با سی تن شاگرد انجام گرفت و در مدت ۴۴ سال که در زمان ناصرالدین شاه دایر بود، ۱۲ دوره شاگرد از آن فارغ‌التحصیل شد. مجموع فارغ‌التحصیل‌ها تا ۱۳۰۹ قمری قریب یک‌ هزار و یکصد نفر در رشته‌های مختلف بوده است. در دوره‌های بعد صد نفر شاگرد پذیرفته شدند که بیست نفر از آن‌ها مربوط به رشته طب بودند. اداره مدرسه دارالفنون جزء تشکیلات دربار بود و رئیس مدرسه مستقیما زیر نظر شاه، مدرسه را اداره می‌کرد. پس از عزل میرزا آقا خان نوری، علیقی میرزا اعتمادالسلطنه رئیس دارالفنون شخصا به مدرسه رسیدگی می‌کرد و مواقع لزوم از شاه دستور می‌گرفت. بعلاوه معلمین به فرمان شاه منصوب می‌شدند.

غالبا گواهی پایان تحصیلات و کم انتصاب آنها با هم در یک فرمان صادر می‌شد. ورود به مدرسه در سال‌‌های اولیه برای همه کس به آسانی میسّر نبود و تنها شاهزادگان و فرزندان اعیان و اشراف به آسانی پذیرفته می‌شدند و چون مقدمات تحصیلی آن‌ها کافی نبود، در فراگرفتن دروس مدرسه دچار اشکال فراوان می‌شدند و مجبور بودند چندین سال بیش از حد مقرر در مدرسه بمانند تا بتوانند مطالب لازم را فراگیرند. اتمام امتحانات آخر سال همیشه توسط نمایندگانی که از طرف شاه انتخاب می‌شدند مانند حاجی فرهاد میرزا معتمدالدوله (رجل سیاست و ادب دودمان قاجار که عموی ناصرالدین شاه و پسر عباس میرزا نایب‌السلطنه بود) و علیقی میرزا اعتضادالسلطنه و دکتر تولوزان، حکیم باشی دربار صورت می‌گرفت و قریب یک ماه طول می‌کشید.

شاگردان طب، قسمت‌های عملی را در مطب پزشکان معروف و معلمین مدرسه می‌دیدند و با آن‌ها به عیادت بیماران می‌رفتند. بعلاوه بعضی از دستگاه‌های آزمایشگاهی و نقشه‌های طبی و تشریحی و اسکلت انسانی و مجسمه‌های مختلف از اروپا برای شاگردان تهیه شده بود.


در سال ۱۸۵۴ میلادی نخستین کالبد شکافی توسط دکتر پولاک برروی جسد یک اروپایی انجام گرفت. در سال ۱۳۲۰ هجری قمری مریضخانه دولتی (بیمارستان سینای فعلی) افتتاح شد و مرحوم ناظم الاطباء (میرزا علی اکبر نفیسی) به ریاست آن انتخاب گردید.

فارغ‌التحصیل‌های طب دارالفنون حق استفاده از عنوان دکتر را نداشتند و این عنوان مخصوص کسانی بود که تحصیلات طبی خود را در فرنگستان انجام داده بودند.

سازمان دارالفنون در این دوره بسیار شبیه دانشگاه کنونی تهران و مرکب از هفت شعبه طب، ریاضیات، فلسفه، معدن، نظام، ادبیات و نقاشی بوده است. اگر بخواهیم سوابق هر یک از دانشکده‌های کنونی دانشگاه را بررسی کنیم به مدرسه دارالفنون خواهیم رسید. علاوه بر این چاپخانه مخصوصی در مدرسه دایر بود که بسیاری از کتب درسی و تالیفات معلمین را با چاپ سنگی منتشر می‌ساخت و نسخه‌‌های کمیاب آن فعلا جزء کتب نفیس است.

هر یک از شعبه‌ها دارای استادی بود که غالبا اروپایی بود و مترجم مخصوص آن استاد را که از فارغ التحصیل‌های آن مدرسه انتخاب می‌شد خلیفه می‌نامیدند (در حال حاضر دانشیار نامیده می‌شود.) اولین معلم اروپایی که برای تدریس طب استخدام شدند عموما اتریشی بودند. یکی از معروف‌ترین آنها دکتر پولاک (Polak) بود که پس از دکتر کلوله (Cloque) جانشین او شد و به تدریس جراحی پرداخت (۱۲۷۲) و اگرچه مترجم ایرانی داشت، خود زبان فارسی را فرا گرفت و کتاب تشریح او به کمک میرزا محمد حسین افشار انتشار یافت و بسیاری از اصطلاحات طبی معمول فعلی از کتاب او گرفته شده است. پس از او دکتر تولوزان به عنوان طبیب مخصوص شاه و دکتر شلیمر (Schlimer) هلندی برای تدریس طب استخدام شدند. دکتر تولوزان در مدرسه شغل رسمی نداشت، فقط گاهی سرکشی می‌کرد و دروس طبی بر عهده شلیمر بود.

دکتر شلیمر در سال ۱۸۵۱ میلادی شخصا به ایران آمد و پس از چند سال اقامت در رشت پس از دکتر پولاک به معلمی برگزیده شد. شلیمر مسافرت‌های تحقیقی بسیار در ایران کرد و متن قالب دروس خود را منتشر می‌ساخت. مهم‌ترین اثر او فرهنگ طبی شلیمر است که در سال ۱۸۷۴ با چاپ سنگی در تهران منتشر شد و نسخ اصلی آن در حال حاضر نایاب است. تا چندی نظر شاه نسبت به دارالفنون و مدرسه طب آن خوب بود ولی پس از مسافرت‌های فرنگ، نظرش برگشت و از فرنگ رفتگان می‌ترسید و به همین سبب توجهی به دارالفنون که کانون روشنفکران شده بود و برای شاه مستبد کانونی خطرناک محسوب می‌شد نداشت. به این دلیل مسافرت به فرنگ به هر عنوان تقریبا ممنوع شده بود و اگر کسانی هم گاهگاهی از ایران خارج می‌شدند بی اطلاع شاه و بدون اجازه و تقریبا به حالت فرار بود و هنگام مراجعت، موجبات مزاحمت برای آنان فراهم می‌شد.

نظر شاه نسبت به وضعیت مدرسه و شعبات آن روز به روز بدتر می‌شد، به قسمی که از آن‌ها نیز کاری ساخته نبود. این وضع تا پایان سلطنت ناصرالدین شاه ادامه داشت. مظفرالدین شاه چند سفر به فرنگ رفت و همراهانش کم و بیش به اوضاع جدید آشنایی یافتند. بعضی از آن‌‌ها چاره دردها را فقط مدرسه می‌دانستند و شاه را به ایجاد مدارس جدید و تکمیل آنچه از دارالفنون باقی مانده بود تشویق می‌کردند ولی در آن میان تنی چند بودند که اگرچه خود کم و بیش اطلاعاتی از اوضاع جهان داشتند ولی صلاح خود را در آن نمی‌دانستند که معارف جدید بسط و رونقی یابد و چون از نزدیکان شاه بودند، نفوذ کلامشان بیشتر بود و با وجود تمایل باطنی شاه وضع مدارس دارالفنون و چند مدرسه جدید دیگر بهتر از پیش نبود، بلکه حقوق‌های ناچیز معلمین نمی‌رسید و مخارج غذای مدرسه که به مقاطعه کار واگذار شده بود ماه‌ها به تاخیر می‌افتاد و مقاطعه کار ظاهرا هر روز از مجموعه‌هایی غذایی برای هر اتاق می‌فرستاد


ولی خدا می‌داند مواد اولیه آن غذاها از چه ترکیب شده بود. از بعضی از معلمین خود که شاگردان آن دوره بودند شنیدم که استخوان‌های قلم خورش قورمه سبزی را چندین روز در کاسه خورش خود مشاهده کرده بودند و حتی یکی از تفریحات آن‌ها در موقع غذا خوردن آن بود که وقتی استخوان در کاسه دیگری دیده می‌شد، هرکس در روزهای بعد آن را می‌یافت علامتی می‌گذاشت و دیگران را بی سر و صدا آگاه می‌ساخت که استخوان مقصود را یافته است و رفقا مجبور بودند که از قرار نفری صد دینار جمع کرده یکی دو قران فراهم کنند و به یابنده استخوان بدهند تا از آشپز مقاطعه کار غذای بهتری خریداری کند و بخورد. موضوع قلم استخوان قورمه سبزی چنان در میان شاگردان شهرت یافته بود که به گوش اولیاء مدرسه رسید و سر و صدایی به راه انداخت ولی این موضوع به جای آنکه وضع را بهتر کند، بدتر کرد و به علت نبودن پول و نرسیدن حقوق، یکباره حقوق و نهار شاگردان را قطع کردند. طلب مقاطعه کار و معلمین را به یکی از قراء خالصه حواله کردند و چون فیل طویله سلطنتی مرده بود جیره آن حیوان را بجای حقوق مدرسه برقرار نمودند. با این همه نه حقوقی رسید و نه ناهاری برقرار شد و وضع روز به روز خراب‌تر گردید و مدرسه تعطیل شد.

پس از سفر سوم مظفرالدین شاه به فرنگ در سال ۱۳۲۳ عده‌ای معلم فرانسوی برای معلّم خانه و طبقه طب استخدام شدند. یک نفر برای امراض داخلی و یکی برای جراحی، دیگری برای علوم و چهارمی برای شیمی. معلم طب داخلی به نام ژرژ و معلم جراحی به نام گاله مردمانی دانشمند بودند و شاگردانی را به کمک مترجمین ایرانی که در عین حال معاونین آن‌ها بودند تربیت کردند ولی پس از ۳ سال چون دوره قرارداد آن‌ها پایان یافت و از طرفی از وضع خود ناراضی بودند حاضر به تجدید قرارداد نشده، به وطن خود بازگشتند و به جای آن را چهار نفر دیگر مجددا از فرانسه استخدام شدند. اطلاعات معلمین دسته دوم به دسته اول نمی‌رسید و حتی دو معلم طبیعی و شیمی از نظر اخلاقی صلاحیت معلمی نداشتند و به علتی نوکر ایرانی خود را با شلاق چنان مضروب نمودند که به مرگ او منتهی شد و جلسه محاکمه‌ای تشکیل یافت و با وجود فشارهای سیاسی سفارت فرانسه آن دو نفر محکوم شدند و چون جنگ اول بین‌المللی شروع شده بود دسته دوم معلمین هم به وطن خود مراجعه کردند. با وجود استخدام معلمین خارجی و اهتمامی که به عمل آمده بود، بر اثر خرابی وضع سیاسی و اجتماعی ایران و انقلاب مشروطیت و از هم گسیختگی اوضاع کشور، مدرسه طب در حال انحطاط بود و روشنفکرانی که با نهایت کوشش سعی می‌کردند که سر و سامانی به مدرسه داده شود، در کار خود توفیق نیافتند زیرا اجرای پیشنهادات آن‌ها سالی هفت هزار تومان خرج بر می‌داشت و دولت و مجلس به جهت نداشتن اعتبار با آن موافقت ننمودند.

در سال ۱۲۹۰ هجری شمسی قانون اساسی معارف و قانون طبابت به تصویب رسید. این قانون که به همت عده‌ای از پزشکان تحصیل کرده و فرنگ رفته که جزء وکلای مجلس شورای ملی بودند تنظیم و تصویب شده بود، در سال ۱۲۹۳ مصادف با شروع جنگ بین‌الملل اول به مرحله اجرا درآمد و به موجب این قانون اشتغال به کلیه فنون طبی مستلزم داشتن اجازه نامه رسمی از وزارت معارف گردید و جز در مورد اطبا مجاز که حالتی استثنایی داشتند فقط تصدیق نامه‌های مدارس دولتی و خارجی رسمی شناخته شد و به دارندگان آن‌ها اجازه نامه طبابت داده شد و استخدام اطبا در دستگاه دولت مستلزم داشتن پروانه خاص بود.

طبیبان مجاز اغلب سواد کافی نداشتند ولی چون چند سالی در مطب طبیبان مشهور نسخه نویسی کرده بودند، در میان مردان شهرتی داشتند و نفوذشان زیاد بود و عموما خود را به جای طبیب مجاز، طبیب مزاج می‌نامیدند و به مشتریان خود می‌گفتند که مطبیب مزاجی یعنی طبیب امراض داخلی هستیم و کسانی که دیپلم دارند، طب عمومی خوانده‌اند و به پای ما نمی‌رسند.

در سال ۱۲۹۷ با اجرای تعلیمات ابتدایی در صدد رفع نواقص قسمت متوسطه دارالفنون و کلاس طب بر آمدند و شعبه طب مستقل شد. مرحوم لقمان الدوله رئیس الطباء مامور اداره دفتر حدید طب گردید. وی دو تن از دانشجویان طب را به همکاری خود برگزید که یکی از آنان علیقلی خان پسر مرحون صنیع‌آلدوله بود (سناتور علیقلی خان هدایت). دفتر کار مدرسه نه میزی داشت و نه صندلی و نه مستخدم و همه کارهای مدرسه را باید خود آنان انجام می‌دادند. کوشش‌های فراوان کردند بلکه اعتباری برای تهیه اثاثیه فراهم سازند ولی نتیجه‌ای نداد. بالاخره مرحوم دکتر لقمان الدوله دست به دامان شاه وقت شد و گویا یکی دو هزار تومان دست و پا کرد ولی چون این منبع برای تهیه اثاثیه کافی نبود جوانان همکارش در صدد تنظیم نمایشی برآمدند که از محل درآمد آن اثاثیه تهیه نمایند.

الحق که کوشش‌های آن‌ها تا حدی به ثمر رسید زیرا نمایشی که در سالن گراند هتل آن موقع ترتیب داده شد در حدود پنج هزار تومان پیدا شد و چند میز و نیمکت و صندلی و بعضی لوازم دیگر در اتاق‌های مرطوب و نیمه مخروبه قرار دادند و کلاس های پنجگانه طب تشکیل گردید.

وضع داخلی اتاق‌های مخروبه به حدی بد بود که مرحوم دکتر لقمان الدوله درس در هوای آزاد را بر آن ترجیح می‌داد. او شاگردان خود را بر روی یک ردیف پله‌‌های رو به شمال که به طبقه دوم اتاق‌های مخروبه می‌رفت نشانده و خود در پایین پله‌‌ها می‌ایستاد و درس می‌داد. شاید این هم یک آمفی تواتر بود که شاگردان طب در آن درس می‌خواندند. کوشش و جدیّت دکتر لقمان‌الدوله در سال ۱۲۹۸ بودجه مدرسه طب را به ۹۷۲۰ تومان رسانید. این بودجه در سال ۱۳۰۴ به ۱۶۵۰۰ تومان رسید.