بنی‌صدر در دوم اردیبهشت ماه 1359 به اتفاق دیگر اعضای شورای انقلاب در دانشگاه تهران حاضر شد. در پیام رادیویی به عنوان رئیس جمهور و از اقدام مردم و دانشجویان مسلمان در تعطیل نمودن دفاتر گروه‌ها در دانشگاه‌ها، حمایت کرد.

در کتاب «مجاهدین خلق پیدایی تا فرجام» درباره وضعیت دانشگا‌ها در کشور آمده است. در روزهای اول و دوم اردیبهشت‌ماه 1359 بنی‌صدر با صدور اطلاعیه و پیام رادیویی به‌عنوان رییس‌جمهور، مصوبه‌ شورای انقلاب را پی‌گیری کرد و با صراحت از اقدام مردم و دانش‌جویان مسلمان در تعطیل کردن دفاتر گروه‌ها در دانشگاه‌ها، حمایت کرد.

وضعیت عمومی دانشگاه‌ها و سرانجام درگیری‌ها، در فاصله صدور بیانیه اول شورای انقلاب تا روز سه‌شنبه دوم اردیبهشت ماه به طور اختصار از این قرار بود: پس از به دست‌گیری کنترل دانشگاه علم و صنعت توسط دانشجویان عضو انجمن اسلامی، دانشجویان مخالف به خصوص پیشگام (هواداران چریک های فدایی خلق) به اتفاق دیگر گروه های مخالف و به ویژه هواداران مجاهدین خلق، ساختمان 15 خرداد این دانشگاه را که قرارگاه گروه‌های سیاسی ضد نظام بود به محاصره خود در آورده از رفت و آمد به درون ساختمان به شدت جلوگیری کردند.

در دانشکده مهدی رضایی (مجتمع دانشگاهی علوم اداری و بازرگانی، دانشگاه علامه طباطبایی) نیمه شب اول اردیبهشت ماه 59، به دنبال تصمیم شورای انقلاب، انجمن اسلامی دانشجویان دفتر خود را برچید. ولی دانشجویان پیشگام (طرفداران گروه پیکار) و انجمن دانشجویان مسلمان (هواداران سازمان مجاهدین خلق) ستادهای خود را همچنان در این مرکز آموزشی در اختیار داشتند.

آنان اعلام داشتند که با تعطیلی دانشگاه مخالفند و دفاتر خود در این مرکز را از دست نخواهند داد. (11) گروه دانشجویان سازمان، پیشگام ،پیکار و دیگر گروه های مخالف، دفاتر خود را تا پایان روز اول اردیبهشت ماه 59 در دانشگاه ملی (شهید بهشتی) تخلیه نکردند.

این دانشجویان اعلام کردند که خواستار درگیری نیستند، ولی تا جایی که امکان داشته باشد از تخلیه ستادهای خود خودداری خواهند کرد.

در پی تجمع مردم و دانشجویان در مقابل دانشگاه تربیت معلم در روز اول اردیبهشت ماه 59، مسئولان کمیته انقلاب اسلامی، جهت جلوگیری از نا آرامی و درگیری در صحنه حاضر شدند. از بلندگوهای دانشگاه مرتب اعلام می‌شد که دانشجویان مسلمان از هر گونه برخورد و درگیری دوری جویند. ضمناً در ساعات میانی همین روز اعلام شد که دانشجویان طرفدار مجاهدین خلق حاضر به ترک دانشگاه شدند.

* 5 کشته  و 700 نفر  زخمی حاصل  درگیری مردم با گروه‌ک‌ها در دانشگاه تهران

اما در دانشگاه تهران به دلیل مرکزیت و حساسیت آن، جریان به شکل دیگری می‌گذشت. پس از مصوبه شورای انقلاب، دانشجویان دموکرات (طرفداران حزب توده)، انجمن دانشجویان مسلمان (مجاهدین خلق) و انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه تهران دفاتر خود را در آنجا تخلیه کردند.

سازمان دانشجویان پیشگام (چریک های فدایی) از همان نخست در اطلاعیه‌ای اعلام کردند که به هیچ وجه حاضر به رها کردن سنگر خود در دانشگاه نیستند. پس از این اطلاعیه هواداران دانشجویان پیشگام در ستاد خود در خیابان 16 آذر جمع شدند و حتی عبور و مرور را مختل کردند.

از عصر یکشنبه 31 فروردین گروه‌هایی از پاسداران کمیته‌ها به تدریج در خیابان 16 آذر و دیگر خیابان‌های اطراف دانشگاه حضور یافتند. در طول روز یکشنبه درگیری‌های پراکنده‌ای در اطراف دانشگاه تهران بین طرفداران جریان‌های مختلف واقع شد که عده ای مجروح داشت. ساعت 6/30 صبح دوشنبه اول اردیبهشت مجدداً درگیری آغاز شد که تعدادی زخمی از طرفین برجای گذاشت. این درگیری ها به صورت موضعی تا ساعت 30/ 13 ادامه یافت که حاصل این زد و خورد 7 ساعته، یک صد زخمی بود.

از ساعت 30 : 1 بعد از ظهر درگیری‌ها اوج گرفت و در مراحلی استفاده از سلاح گرم نیز مشاهده شد. تعداد زخمی ها به 300 نفر رسید، 2 نفر هم کشته شدند و زد و خورد تا 4 بامداد روز سه شنبه ادامه پیدا کرد. سرانجام در همان نیمه شب طرفداران چریک‌های فدایی خلق محل ساختمان مرکزی پیشگام واقع در خیابان 16 آذر را ترک و به شورای دانشجویان و دانشگاهیان دانشگاه تهران واگذار کردند.

در ساعت 8 صبح سه شنبه دوم اردیبهشت ماه 1359درگیری ها خاتمه یافت و دانشگاه تهران کلاً در اختیار نیروهای مسئول دانشگاه قرار گرفت. تعداد کشته شدگان واقعه دانشگاه تهران 5 نفر و تعداد زخمی ها 700 نفر اعلام شد. در روزهای اول و دوم اردیبهشت ماه 1359 بنی صدر با صدور اطلاعیه و پیام رادیویی به عنوان رئیس جمهور ، مصوبه شورای انقلاب را پیگیری کرد و با صراحت از اقدام مردم و دانشجویان مسلمان در تعطیل نمودن دفاتر گروه‌ها در دانشگاه‌ها، حمایت کرد.

در صبح سه شنبه دوم اردیبهشت ماه 1359 بنی صدر به اتفاق دیگر اعضای شورای انقلاب در کنار مردم در دانشگاه تهران حاضر شدند. بنی‌صدر در قسمتی از سخنرانی خود در دانشگاه که مستقیماً از صدای جمهوری اسلامی پخش می‌شد، گفت : «خواهران و برادران عزیزم درود بر شما ملت مسلمان که به این سرعت بسیج شدید و این اجتماع بزرگ تاریخی را تشکیل دادید. آن انقلاب بزرگ فرهنگی که قرآن به انسان وعده می‌دهد ، همین است که حاکمیت مردم جای حاکمیت طاغوتیان را بگیرد . امروز روز بزرگی در تاریخ ماست که حاکمیت شما از طریق شورای انقلاب به کرسی می نشیند ... »

منبع:فارس