در ماههای نخست سال 1342 که مخالفت علما و روحانیون با حکومت وارد مراحل بحرانی می‌شد، ساواک برای شناخت سلسله مراتب روحانیت شیعه و نوع تعامل آنان با جامعه، مردم و رویکردشان به حکومت و مسائل سیاسی، گزارش مبسوطی تهیه کرد که هدف نهایی آن یافتن راههایی کم‌هزینه‌تر برای کنترل روحانیت و جلوگیری از استقلال عمل آنها بود

این گزارش ضمن اشاره به ویژگیهای روحانیت شیعه اثنی‌عشری، درباره اجتهاد و مجتهدان و نیز چگونگی انتخاب مراجع تقلید و ویژگیهای آنان اطلاعاتی داده شده و تصریح شده بود که پس از رحلت آیت‌الله بروجردی، امام خمینی از مراجع تقلیدی است که نسبت به سایر مراجع، نفوذ و اعتبار قابل‌توجهی در میان شیعیان کسب کرده و به دلیل صراحت و جدیتی که در مخالفت با حکومت نشان می‌‌دهد، پیروان و طرفداران او همواره رو به فزونی‌اند. ساواک تصریح می‌کند که حمایت حکومت از برخی مراجع تقلید موجب روی‌گردانی مردم از آنان شده است. در ادامه این گزارش محرمانه، تأکید شده که در شرایط استقلال عمل حوزه‌های علمیه و عدم اتکای طلاب و روحانیت به منابع مالی و امکانات مختلف دولتی، حکومت توان چندانی برای کنترل و مراقبت از آنان در آینده نخواهد داشت. ساواک پیشنهاد می‌‌کند برای جلوگیری از این روند، حکومت با بهره‌گیری از علما و روحانیون طرفدار رژیم، به تدریج زمینه‌های استقلال اقتصادی ـ مالی، علمی و آموزشی طلاب و روحانیون را از میان بردارد و با تأسیس اداره‌ای با عنوان «تبلیغ و ترویج تعلیمات اسلامی»، آموزش، مدیریت و نهایتاً رفتار سیاسی روحانیون و طلاب را مستقیماً به کنترل درآورد. ساواک برای عملی شدن این پیشنهاد، طرح ده ‌ماده‌ای نیز ارائه داده بود که در آن «کلیه مدارس علوم دینی و مساجد کشور تحت نظر مستقیم اداره تبلیغ و ترویج تعلیمات دینی» اداره می‌شد. با این حال گسترش‌ بحران در اردیبهشت و خرداد مجالی برای اجرای این پیشنهاد ساواک باقی نگذاشت و مأموران و مدیران بسیار ساواک با همکاری گسترده نیروهای شهربانی و سایر دستگاههای امنیتی با تمام قوا آماده می‌شدند تا با آغاز ماه محرم در نخستین روزهای خرداد 1342، به مخالفت علما و روحانیون، با حکومت و انقلاب سفید، پایان دهند.

در این میان، امام خمینی بیش از دیگر علما و روحانیون مورد توجه ساواک بود. ساواک همواره دستور می‌داد از افزایش هواداران او جلوگیری کرده و طرحهایی برای پراکنده شدن طرفدارانش تهیه و اجرا کنند؛ نیز برای جلب همکاری روحانیون با حکومت و پشتیبانی از شخص شاه، از هیچ تلاشی فروگذار نشود. ساواک در 21 اردیبهشت 1342 پیشنهاد کرد برای جلوگیری از عمیق‌تر شدن اختلاف علما و حکومت، شاه به مناسبت عید غدیر از مذهب شیعه تجلیل کند. این پیشنهاد البته از طرف شاه اجرا شد، اما مورد توجه علما قرار نگرفت. امام خمینی در سخنانی ـ به طور تلویحی ـ اینگونه اقدامات شاه را تظاهر دانسته و او را مسئول سرکوبگری‌های ساواک و دیگر نیروهای امنیتی قلمداد کرد. بدین ترتیب آشکار بود که اختلاف بین حکومت و علما، به گونه‌ای مسالمت‌آمیز حل و فصل نخواهد شد. به همین دلیل طی بخشنامه‌ای که با هماهنگی ساواک، شهربانی و پلیس تهران (در 28 اردیبهشت 1342) صادر شد، تصمیم گرفته شد که در ماه محرم تمام مساجد، تکایا، دستجات مذهبی و اصناف تحت کنترل قرار گرفته و با هر سخن مخالفی به شدت برخورد شود. در حالی که از سوی امام، به علما و روحانیون توصیه شده بود در ماه محرم به انتقادات خود از حکومت بیافزایند، ساواک در بخشنامه‌ای از افراد خود در سراسر کشور خواست، وعاظ و علمای مخالف را تحت کنترل درآورده و آنها را با ابراز هرگونه سخن مخالفی، سریعاً دستگیر کنند. ساواک در 30 اردیبهشت 1342 گزارش داد که علما و روحانیون مخالف بر مخالفت خود با حکومت افزوده و دیگر صرفاً مخالفت با انقلاب سفید را مورد توجه قرار نمی‌‌دهند، بلکه عقیده دارند حکومت پهلوی درصدد نابودی اسلام است. ساواک دستور داد به علما و روحانیون موافق حکومت تفهیم شود که در سخنرانیهای ماه محرم، از شاه به عنوان پشتیبان مذهب شیعه اثنی عشری تجلیل کنند و از اختصاص بخشی از املاک سلطنتی به مصارف دینی سخن به میان ‌آورند و تصریح کنند که شاه در کنار کشورهای اسلامی از منافع اسلام و مسلمین دفاع می‌کند و انقلاب سفید شاه، مغایرتی با قوانین و مقررات اسلامی ندارد.

ساواک در تلاش بود از سخنرانی علمایی که احتمال مخالفت آنان با حکومت می‌رفت، جلوگیری شود. اقدامات ساواک از واپسین روزهای اردیبهشت و اوایل خرداد 1342 شدت گرفت، اما شواهد موجود حاکی از عدم توانایی ساواک در جلوگیری از مخالفتهای پیش رو بود.

ساواک که در انظار عمومی و بین مخالفان، چهره‌ای خشن و بدنام داشت، در آستانه محرم 1342 تصمیم گرفت تا حد ممکن اقدامات آشکار مانند دستگیری مخالفان، توسط پلیس و نیروهای شهربانی صورت گیرد و ساواک در درجه اول به فعالیتهای اطلاعاتی ـ جاسوسی و مراقبتهای پیدا و پنهان خود ادامه دهد. بدین ترتیب ساواک از یک سو تلاش داشت با تهدید مخالفان، از بیان سخنان ضدحکومتی جلوگیری کند و از سوی دیگر با پیشقدمی در برگزاری مراسم دینی ـ مذهبی، کنترل اوضاع را به دست گیرد. با این حال و به رغم تمهیدات گسترده، مأموران ساواک از افزایش محبوبیت امام خمینی در نزد افکار عمومی گزارش داده و از تأیید و پشتیبانی مردم از مخالفت ایشان با انقلاب سفید و سایر اقدامات حکومت خبر می‌دادند. پاکروان ـ رئیس ساواک ـ نیز به تدریج متوجه ‌شد که روشهای مسالمت‌آمیز برای جلوگیری از گسترش مخالفتهای علما و روحانیون به رهبری امام خمینی نتیجه مطلوبی به دنبال نخواهد داشت. به همین دلیل در 5 خرداد 1342 دستور داد افراد ساواک در جلوگیری از مخالفتها، اعمال خشونت‌ را نیز به طور جدی در دستور کار قرار دهند.

گزارشات ساواک نشان می‌دهد که در روزهای منتهی به تاسوعا و عاشورا، کنترل اوضاع در کشور برای ساواک مشکل می‌نمود. در روز 11 خرداد 1342، ریاست ساواک در بخشنامه‌ای از مأموران ساواک خواست در حد امکان طی روزهای تاسوعا و عاشورا از درگیری و اعمال خشونت نسبت به عزاداران اجتناب ورزیده و صرفاً عوامل اصلی مخالف را پس از پایان مجالس عزاداری دستگیر کنند.

گزارشات دیگر تصریح دارند که روحانیون و علما به رهبری امام خمینی خود را برای برخوردی قاطع با حکومت آماده می‌کردند. به همین دلیل در روز 11 خرداد 1342 کمیسیون فوق‌العاده‌ای با شرکت نمایندگان ساواک و سایر نیروهای امنیتی ـ انتظامی برای مقابله با بحران پیش رو تصمیماتی اتخاذ کرد و وظیفه هر یک از نیروهای اطلاعاتی ـ امنیتی و انتظامی را به هنگام درگیریهای احتمالی تشریح و تعیین کرد. از روز 11 خرداد 1342 در شهرهای تهران، قم و برخی شهرهای بزرگ، افراد ساواک با کمک دیگر نیروهای امنیتی و انتظامی در مساجد، تکایا و مراکز امنیتی و مذهبی حضور یافته و به حالت آماده باش درآمدند. گزارشات ارسالی مأموران ساواک نشان می‌داد که مردم عزادار، آشکارا شعارهایی در حمایت از امام خمینی سر می‌دهند و تصاویر و اعلامیه‌های ایشان را در میان جمعیت توزیع می‌کنند. ساواک در 11 خرداد 42 گزارش داد که آیت‌الله خمینی تصمیم دارند در عصر روز عاشورا در مدرسه فیضیه سخنرانی کنند. روز 12 خرداد 1342 (تاسوعا) ساواک که پیش‌بینی می‌کرد سخنرانی امام در روز عاشورا در مدرسه فیضیه، سمت و سوی سیاسی داشته و انتقادات شدید و بدون پرده‌ای متوجه حکومت شود، دستور داد نیروهای امنیتی ـ اطلاعاتی با همکاری نیروهای ارتش و شهربانی در شهر قم مانوری با سر و صدای زیاد انجام دهند. از صبح روز 13 خرداد 42 (روز عاشورا) در نقاط مختلف کشور مجالس عزاداری برپا بود و در بسیاری از شهرهای کوچک و بزرگ نیز وعاظ و روحانیون به رغم حضور ساواک در مخالفت با حکومت سخن می‌گفتند؛‌ در قم نیز برخی علمای سرشناس مجالس عزا و سخنرانی برپا کردند. در منزل امام نیز از صبح روز عاشورا مجلس عزا برقرار بود و مأموران ساواک نیز در آن حضور داشتند. یکی از مقامات ساواک به امام هشدار داد که اگر عصر آن روز در مدرسه فیضیه سخنرانی کند، نیروهای امنیتی و انتظامی با توسل به قوه قهریه مدرسه را به آتش کشیده و حمام خون به راه خواهند انداخت. اما ایشان به این تهدید وقعی ننهاد و اظهار داشت، اگر چنین اقدامی صورت گیرد، ما هم به کماندوهای خود دستور می‌‌دهیم فرستادگان اعلی‌حضرت را تأدیب نمایند. بدین ترتیب و در حالی که هر دو طرف خود را برای درگیری و برخوردی شدید آماده می‌کردند، امام در عصر روز موعود، منزل را به قصد مدرسه فیضیه ترک کرد و در میان ابراز احساسات شدید جمعیت انبوه که در بین آنها افراد ساواک و دیگر نیروهای امنیتی و انتظامی در آمد و شد بودند، در ساعت 5 بعد از ظهر سخنرانی تاریخی خود را ایراد کردند. از همان آغاز سخن، رژیم پهلوی با دستگاه ستمکار یزید هم‌آوا ارزیابی شد و حکومت وقت ایران دشمن دین اسلام معرفی گردید. ایشان از روابط نزدیک حکومت با اسرائیل انتقاد کرده و رفراندوم 6 بهمن 41 را عملی سخیف خواندند که با زور سرنیزه و به دست مشتی اراذل و اوباش اجرا شد.

سخنرانی امام خمینی که متن آن به سرعت در کشور منتشر شد، از یک سو مردم را در جریان تحولاتی که در قم و تهران می‌گذشت قرار داد و از سوی دیگر بر خشم و کینه حکومت و ساواک افزود و حکم بازداشت ایشان صادر شد. اما برای جلوگیری از غلیان احساسات عمومی و گسترش بیشتر بحران، پس از افزایش تدابیر امنیتی در قم در شامگاه 14 خرداد 1342، امام در صبحگاه 15 خرداد 42 دستگیر و به تهران اعزام شدند.

ساواک اعلام کرد ایشان را «به اتهام اقدام بر ضد امنیت داخلی مملکت دستگیر» و بازداشت کرده است. سرلشکر پاکروان رئیس ساواک در جوف همین خبر، شرح مبسوطی از مخالفتهای صریح و تند ایشان ضمیمه کرد و دلایل قضایی دستگیری را توجیه نمود. در پایان گزارش ساواک تصریح شده بود که آیت‌الله خمینی در بازجوییهای اولیه از پاسخ به سئوالات بازپرس خودداری کرده و از عدم استقلال قضایی ایران انتقاد کرده است.

با انتشار خبر دستگیری امام تحرکات گسترده‌ای در مخالفت با رژیم پهلوی شکل گرفت. در تهران و قم دامنه تظاهرات بسیار گسترده شد تا جایی که حتی ساواک و دیگر نیروهای انتظامی و امنیتی هم که از مدتها قبل خود را برای اقدامات خشن آماده کرده بودند، از دامنه گسترده مخالفتها دچار سردرگمی شدند.

گزارشات ساواک نشان می‌دهد که از همان نخستین ساعات روز 15 خرداد در تهران و قم مخالفت عمومی با حکومت به سرعت فراگیر شد و جمعیت عظیمی از گوشه و کنار شهر با سر دادن شعارهایی بر ضد حکومت با نیروهای اطلاعاتی ـ امنیتی و انتظامی درگیر شدند. احساس می‌شد رژیم با بحران غیرقابل پیش‌بینی روبرو شده و می‌‌توان به حیات آن پایان داد، در این حال نیروهای امنیتی ـ انتظامی به دستور مستقیم شاه و اسدالله علم ـ نخست‌وزیر ـ با تظاهرکنندگان در تهران، قم و سایر مناطق درگیر شدند که ساعتها ادامه داشت و طی آن افراد بسیاری به شهادت رسیده و یا مجروح شدند؛ در سرکوب قیام 15 خرداد 42، ساواک از رایزنیها و مشاوره‌های کارشناسان سیا و MI6 در تهران سود برد. پس از کشتار روز 15 خرداد، رژیم و حامیان خارجی آن که از گستره عظیم تظاهرات سخت نگران و غافلگیر شده بودند، عقب‌نشینی (هر چند مقطعی) مخالفان را به منزله نجات رژیم از سقوط حتمی ارزیابی کردند. با این احوال شاه در پایان روز 15 خرداد از سوء عملکرد ساواک و ضعفی که در پیش‌بینی و سپس پیشگیری حادثه و کنترل آن نشان داده بود، سخت ابراز نارضایتی کرده و قصد داشت پاکروان را برکنار کند، اما بر اساس خاطرات فردوست، موضوع با برکناری مصطفی امجدی، مدیرکل اداره سوم ساواک، به پایان رسید. تا چندین روز بعد در کشور حالت فوق‌العاده برقرار بود و ساواک با کمک اراذل و اوباش و سایر نیروهای امنیتی و اطلاعاتی رعب و وحشت بسیاری بر کشور حاکم کرده بود. از جمله مهمترین اقدامات ساواک پس از سرکوب قیام 15 خرداد، دستگیری علما، روحانیون و نیز مخالفان سیاسی و مذهبی در نقاط مختلف کشور بود. در تهران، قم، مشهد، شیراز و برخی شهرهای بزرگ کشور، دهها تن از روحانیون، علمای سرشناس و طلاب دستگیر و راهی زندان شده و پس از تحمل شکنجه و بازجوییهای مکرر به جرم اخلال در نظم عمومی و اقدام علیه امنیت داخلی کشور به حبس و تبعید محکوم شدند. در تمام مراحل بازداشت، بازجویی، شکنجه، تشکیل دادگاه و تعیین نوع و میزان محکومیت، ساواک نقش درجه‌ اول داشت. اسدالله علم، برای از اعتبار انداختن قیام علما و روحانیون شایع کرد که آنان مبالغی پول از تیمور بختیار دریافت کرده‌‌اند و سرلشکر حسن پاکروان نیز پس از قیام 15 خرداد 42 در یک مصاحبه مطبوعاتی حملات تند و ناروایی متوجه امام خمینی، علما و روحانیون مخالف حکومت کرد.

اسدالله علم ضمن اشاره به دستگیری امام و سایر علما تهدید کرد که در آینده‌ای نه چندان دور محکمه‌ای نظامی آنان را به اعدام محکوم خواهد کرد. شاه نیز طی سخنانی تند و زننده‌ از علما و روحانیون مخالف انتقاد کرد. به دنبال مصاحبه پاکروان و سخنان علم و شاه، در بسیاری از شهرها، علما و روحانیون و نیز مردم نسبت به این سخنان اعلام انزجار کردند و حکومت برای جلوگیری از هرگونه واکنش تند احتمالی، بار دیگر بر تدابیر امنیتی خود افزود.

بر اساس اسناد، ساواک ابتدا تصمیم گرفت امام را به سنندج تبعید کرده و در منزلی تحت‌الحفظ نگه دارد، اما نهایتاً‌ از این تصمیم منصرف شد و در حالی که امام تا 11 مرداد 1342 در بازداشت بودند، به منزلی در قیطریه (از منازل تحت کنترل ساواک) منتقل شدند.

در دوره حصر امام در قیطریه، پاکروان و برخی مقامات ساواک با ایشان ملاقات و گفتگوهایی داشتند. طی یکی از ملاقاتها با پاکروان، امام پیش‌بینی کرده بود در آینده‌ای نه چندان دور حکومت پهلوی سقوط خواهد کرد. جریان قیام 15 خرداد 1342 و ایستادگی قاطعانه امام در برابر حکومت، موجب افزایش محبوبیت ایشان نزد مردم شد، تا جایی که برخی نشریات منتشره، به طور ضمنی مطالبی در تمجید از ایشان چاپ کردند و شعرا در مدح و ستایش ایشان اشعاری سرودند.

از جمله وقایعی که پس از دستگیری امام خمینی روی داد، مهاجرت بسیاری از علما و روحانیون به تهران بود. در پی انتشار خبری مبنی بر اینکه رژیم قصد دارد ایشان را اعدام کند، بسیاری از علما راهی تهران شدند تا از عملی شدن این تصمیم جلوگیری کنند و موجبات آزادی ایشان را فراهم آورند. فشار ساواک برای جلوگیری از افزایش مهاجرت علما به تهران تمامی نداشت و علمای مهاجرت کرده برای بازگشت دوباره به شهرهای محل اقامت خود، تحت فشار ساواک بودند. بازگشت علما از تهران روندی تدریجی را طی کرد؛ تنها پس از آزادی امام از زندان و تحت‌الحفظ شدن ایشان در قیطریه که دیگر خطر جانی ایشان را تهدید نمی‌‌‌کرد، علما به خروج از تهران رضایت دادند.

پس از انتقال امام به قیطریه، تعدادی از علما و روحانیون با ایشان دیدار کردند. در برخی از شهرها مجالس جشن و چراغانی به مناسبت آزادی ایشان برپا شد. ساواک تصریح کرد که امام در ملاقات با علما از ادامه مبارزه با حکومت خبر داده است. ساواک از جنب و جوش دوباره مردم در طرفداری از امام نگران بود و از کسانی که پیشگام این‌گونه حمایت‌ها بودند، مراقبت می‌‌کرد. ساواک برای کاستن از موج حمایتهایی که از امام خمینی در حال شکل‌گیری بود، طی اعلامیه‌هایی چنین القا می‌‌کرد که ایشان و سایر علما (محلاتی ـ قمی و دستغیب) تنها پس از آنکه قول داده‌اند دیگر در امور سیاسی دخالت نخواهند کرد، آزادی خود را به دست آورده‌‌اند. این خبر به سرعت از سوی امام و سایر علما تکذیب شد و ایشان تصریح کرد که در مبارزه با حکومت پهلوی هرگز از پای نخواهد نشست. پیش از آن و در جریان قیام 15 خرداد 42، توسط پاکروان، علم و شاه شایع شد که ایشان و طرفدارانشان برای ایجاد ناآرامی در روز 15 خرداد، از بیگانگان (و به طور مشخص مصر) پول دریافت کرده‌اند تا در نزد افکار عمومی داخلی و خارجی موقعیت امام متزلزل شده و از اهمیت قیام کاسته شود. نتایج به دست آمده از این شایعه به ضرر حکومت تمام شد و ساواک چند روز بعد، در گزارشات خود اعلام کرد که پخش شایعه ارسال پول به ایران از سوی کشورهای خارجی (آن هم مبلغ ناچیز یک میلیون تومان) موجب سرشکستگی حکومت ایران شده است و چنین ارزیابی شده که حکومت ایران تا آن درجه ضعیف است که با مبلغ ناچیزی، امکان سرنگونی آن وجود دارد. نیز ساواک به زودی اعتراف کرد که شایعه پول گرفتن آیت‌الله خمینی از کشورهای خارجی هیچ‌گونه مقبولیتی در نزد افکار عمومی داخلی و خارجی پیدا نکرده است «زیرا اگر آیت‌الله خمینی می‌‌خواست پول بگیرد از ملت ایران می‌گرفت و به علاوه کسی که می‌تواند با یک سخنرانی هزار تومان پول جمع کند احتیاجی به پول خارجی ندارد.» بلافاصله پس از قیام 15 خرداد، ساواک تلاش کرد تا قیام را به طور دلخواه نزد افکار عمومی داخلی و خارجی انعکاس دهد. علاوه بر رسانه‌های داخلی، نمایندگیهای ساواک در کشورهای خارجی نیز دستور یافتند به رسانه‌ها و دولتهای خارجی چنین القا کنند که قیام 15 خرداد حرکتی ارتجاعی بود و با پشتیبانی برخی کشورهای خارجی و در تقابل با اقدامات اصلاحی حکومت به وقوع پیوست.

ساواک برای تخریب حرکت 15 خرداد به راههای دیگری نیز متوسل شد. از آغازین روزهای محرم 1342 اعلامیه‌های جعلی در حمایت از شاه و حکومت و در مخالفت با علما و روحانیون به رهبری امام خمینی، منتشر شد و تظاهرات (میتینگ) برگزار گردید. همچنین مقالاتی نیز با نامهای جعلی در حمایت از انقلاب سفید و انتقاد از علما و روحانیون مخالف در نشریات منتشر شد. ساواک تلگرافاتی در موافقت با انقلاب سفید و به نام اصناف خطاب به شاه ارسال می‌کرد؛ همچنین دستور می‌داد اشعار و سخنانی در تخریب علما در دیوارهای شهرهای بزرگ نوشته شود.

از جمله اقدامات ساواک پس از قیام 15 خرداد تشدید طرح اعزام طلاب و روحانیون (به ویژه مخالفان) به خدمت نظام وظیفه بود. از ماههای پایانی سال 1341 و سپس به دنبال واقعه فیضیه این طرح با نوساناتی چند به مورد اجرا گذاشته شد. اما پس از 15 خرداد این طرح با شدت بیشتری مورد توجه ساواک و حکومت قرار گرفته و تا واپسین ماههای سال 1342 به رغم مخالفتهایی که وجود داشت، بسیاری از طلاب و روحانیون به خدمت سربازی اعزام شدند. در جریان قیام 15 خرداد افراد بسیاری دستگیر و محاکمه شدند که از آن میان طیب حاج رضایی و حاج اسماعیل رضایی از میدان‌‌داران جنوب تهران به اعدام محکوم شدند.

از جمله مهمترین اقدامات ساواک پس از قیام 15 خرداد اخراج همه کارمندان، کارکنان دولتی و کارگران کارخانجات و غیره بود که در جریان این قیام از علما، روحانیون و امام پشتیبانی کرده بودند.

از جمله اقدامات دولت اسدالله علم در 26 شهریور 1342 برگزاری دوره 21 مجلس شورای ملی بود. این در حالی بود که به دنبال قیام 15 خرداد 42 و بحرانهای سیاسی متعاقب آن، بسیاری از مردم برای شرکت در انتخابات تمایل نداشتند. پاکروان، برای متقاعد کردن علما و روحانیون مبنی بر دعوت مردم به شرکت در انتخابات، بارها با علما و روحانیون سرشناس در تهران، قم و سایر شهرها ملاقات کرد، اما برخلاف انتظار رئیس ساواک، تقریباً همه روحانیون شرکت در انتخابات دوره 21 مجلس شورای ملی را تحریم کردند. آیت‌الله ابوالقاسم خویی، حاج سید محمدصادق روحانی، آیت‌الله میلانی، آیت‌‌‌‌الله شریعتمداری، آیت‌الله مرعشی نجفی، آیت‌‌‌الله قاضی طباطبایی و دهها تن از علما و روحانیون دیگر در سراسر کشور طی اعلامیه‌هایی شرکت در انتخابات دوره 21 مجلس شورای ملی را تحریم کردند.

در 26 شهریور 1342 ساواک حکومت را مطمئن ساخت که اجازه نخواهد داد آیت‌الله خمینی انتخابات دوره 21 مجلس شورای ملی را تحریم کند، اما همین سختگیری ساواک بر امام که در آن هنگام در منزلی تحت‌الحفظ به سر می‌بردند، موجب شد موج تحریم انتخابات گسترش یابد.

امام که از 11 مرداد 1342 در قیطریه تحت‌الحفظ بودند، در روز 7 آبان 1342 با موافقت ساواک اجازه یافتند در منزل دیگری در تهران سکنی گزینند. به همین دلیل با تلاش اطرافیان امام، منزل یکی از بازرگانان طرفدار ایشان به نام آقای روغنی برای سکونت انتخاب شد و امام تا هنگام آزادی نهایی در فروردین 1343 در منزل ایشان ساکن شدند و تحت مراقبتهای شدید ساواک به سر بردند.

منبع:موسسه مطالعات و پژوهشهای سیاسی