علت دستگیری‌ ابوالقاسم خزعلی این بود که به اتفاق آیت‌الله ربانی شیرازی از طریق سخنرانی یا امضای اعلامیه‌ها بر مرجعیت امام تأکید داشتند.

آیت‌الله ابوالقاسم خزعلی نیز از جمله روحانیون مبارز انقلاب اسلامی بودند که بارها به دلیل فعالیت‌های خود توسط ساواک، دستگیر، بازجویی و شکنجه شدند. ایشان همچنین، چند بار توسط ساواک روانه زندان شدند و یا مورد تبعید قرار گرفتند. شرح یکی از دستگیری‌های ایشان در سال 1354 توسط ساواک، این گونه آمده است:
«در زندان قزل قلعه ابوالقاسم با آغاز سال 1354 مرتبا به مسجد الجواد می‌رفت. بیشتر اوقات از قم به تهران می‌رفت و سخنرانی‌های متعددی برگزار می‌کرد. یک روز آقایی در مسجد الجواد از او خواست استخاره‌‌ای برایش بگیرد. از ابوالقاسم خواست پشت دیواری که رو به روی آن قرار گرفته بود این استخاره را انجام دهد. ابوالقاسم هم به خیال اینکه لازم است درخواست مؤمنی را به جا آورد به جایی که او درخواست کرده بود رفت. وقتی که به پشت دیوار رسید و آن مرد از ابوالقاسم خواست تا سوار ماشینی شود که در کنارش بود. در این موقع مردم منتظر بودند تا نماز مغرب و عشا را به امامت ابوالقاسم خزعلى ادا کنند اما یک راست او را به زندان قزل قلعه بردند. بعضی آن شب فکر کرده بودند شاید ابوالقاسم به خانه‌اش در قم بازگشته است. همان شب مأموران رژیم به خانه‌اش در قم ریختند. تمام اسباب و اثاثیه به خصوص کتابخانه‌اش را زیر و رو کرده بودند. آنها به عکسی از امام (ره) برخوردند. از همسرش پرسیدند: «این عکس اینجا چه می‌کند؟» همسر ابوالقاسم با شهامت جواب داد: «ما به این آقا اعتقاد داریم». این زن اصلا منكر اعتقاد به امام در برابر ساواکی‌ها نشد. ساواکی‌ها به تمسخر به همسرش گفتند: «خزعلی هرکجا هست الان ران مرغ می‌خورد.» خانواده ابوالقاسم فکر می‌کردند شاید میهمان یکی از دوستانش است اما صبح متوجه شدند که خبری از وی نیست، به همین خاطر فورا نزد مرحوم آقای خوانساری رفتند. با پادرمیانی ایشان، خانواده ابوالقاسم توانستند با وی تماس بگیرند وگرنه ملاقات حاصل‌ نمی‌شد. سرانجام ابوالقاسم را در یک اتاق دو در دو جا دادند و 4۸ روز در این سلول بود. علت دستگیری‌اش این بود که به اتفاق آیت‌الله ربانی شیرازی از طریق سخنرانی یا امضای اعلامیه‌ها بر مرجعیت امام تأکید داشتند..»


منبع: علی احمدمحرابی، مرید امام (زندگینامه آیت‌الله ابوالقاسم خزعلی)، تهران، موسسه فرهنگی هنری و انتشارات مرکز اسناد انقلاب اسلامی، 1397، صص 65- 66