امام خمینی در فلسفه تبحر خاصی داشتند و استاد فلسفه بودند و فلسفه درس می‌دادند. با ایشان مخالفت کردند اما ایشان حاضر نشد فلسفه را رها کند.

امام خمینی از لحاظ علمی، یکی از برترین علمای دوران خود محسوب می‌شدند. البته برخی از علما و یا مریدان آنها که به نوعی با ایشان رقابت داشتند، حاضر به پذیرش این واقعیت نبودند و یا تمایلی به تعامل علمی با امام نداشتند. اما علیرغم این شرایط، امام از نظر علمی، جایگاه خاصی پیدا کرده بود.
«آیت‌الله راستی کاشانی که از علمای حوزه علمیه قم است، زمانی که در نجف بود به درجه اجتهاد رسید و در هیچ درسی شرکت نمی‌کرد. در واقع احساس نیاز نمی‌کرد. تا اینکه حضرت امام تدریس خودشان را شروع کردند و ایشان به درس امام رفتند. متوجه شدند که درس امام قابل استفاده است لذا تا آخر در درس امام حاضر شدند. کسانی که در درس امام حاضر نشدند بر همان اعلمیت آقای خویی باقی ماندند. به نظر من اگر به درس حضرت امام حاضر می‌شدند آنها هم به اعلمیت امام و یا حداقل به تساوی شهادت می‌دادند. رژیم پهلوی با یک برنامه حساب شده حضرت امام را به ترکیه و سپس به عراق تبعید کرد. فکر کرد حضور امام در نجف باعث انزوای ایشان خواهد شد چرا که در نجف علما و مراجع و فحول زیادی حضور دارند و ایشان در میان بزرگان گم خواهد شد. ضمن اینکه بعضی از روحانیون درباری نیز در نجف حضور داشتند که نامه نوشتند و گفتند ما زیر درگاه و قبه حضرت امیر دعاگو هستیم. لذا بعضی‌ها سعی کردند دارودسته امام را بکوبند و نگذارند رشد کنند. اما وقتی که حضرت امام به نجف مشرف شدند و تدریس را شروع کردند کم کم وضعیت به نفع امام و اطرافیان ایشان تغییر کرد. امام خمینی در فلسفه هم تبحر خاصی داشتند و استاد فلسفه بودند و فلسفه درس می‌دادند. با ایشان مخالفت کردند اما ایشان حاضر نشد فلسفه را رها کند. امام وقتی فقه و اصول درس می داد آقای مطهری گفته بود که ایشان آینده درخشانی دارد.»


منبع: محمدرضا احمدی، خاطرات حجت‌الاسلام والمسلمین محمد افشاری، تهران، موسسه فرهنگی هنری و انتشارات مرکز اسناد انقلاب اسلامی، 1390، ص 44