مجاهدین خلق که اعتبار سیاسی خود را ناشی از حمایت علمای مذهبی به خاطر وجهه مذهبی اولیه خود داشت، بعد از موفقیت اولیه اسلام را مانع مبارزه دانست. بنابراین علمای زندانی که مجتهد و یا در حد اجتهاد بودند فتوایی مبنی بر نجاست کفار صادر کردند.

علمای ایران در دهه 1350 فتوایی را با عنوان فتوای نجاست کفار صادر کردند. ظاهرا این فتوا بعد از اطلاع علما از جو سیاسی زندان و تغییر گرایشات سیاسی برخی از گروه‌های سیاسی از جمله مجاهدین خلق و به طور کلی چپ‌ها شکل گرفت:
«مارکسیست‌ها حکومت سوسیالیستی می‌خواستند، اما مذهبی‌ها حکومت اسلامی و لازم بود تا از همان آغاز، خط مشی‌ها مشخص و راه‌ها از هم جدا شوند. در همان زمان بحث تغییر ایدئولوژی سازمان مجاهدین خلق از اسلام به آمده مارکسیسم نیز به وجود بود. این سازمان بیشتر اعتبار سیاسی خود را ناشی از حمایت علمای مذهبی به خاطر وجهه مذهبی اولیه خود داشت، اما اکنون اسلام را مانع مبارزه می‌دانست و وقت آن بود تا این حمایت از آنها نیز گرفته شود. بنابراین علمای زندانی که مجتهد و یا در حد اجتهاد بودند فتوایی مبنی بر نجاست کفار صادر کردند. متن فتوا این بود:
بسمه تعالی با توجه به زیان‌های ناشی از زندگی جمعی مسلمانان با مارکسیست‌ها و اعتبار اجتماعی که بدین وسیله آنها به دست می‌آورند و با در نظر گرفتن همه جهات شرعی و سیاسی و با توجه به حکم قطعی نجاست کفار از جمله مارکسیست‌ها، جدایی مسلمان‌ها از مارکسیست‌ها در زندان لازم و هرگونه مسامحه در این امر موجب زیان‌های جبران ناپذیر خواهد شد (خرداد ٥٥).»


منبع: مهدی قیصری، یار امام، یاور امام، زندگی و مبارزات آیت‌الله محمدرضا مهدوی کنی، تهران، موسسه فرهنگی هنری و انتشارات مرکز اسناد انقلاب اسلامی، 1395، صص 116- 117