شهادت حاج آقا مصطفی خمینی گرچه با هدف حذف ایشان صورت گرفت؛ اما جدا از این رژیم شاه اهداف دیگری را نیز دنبال می‌کرد.

شهادت حاج آقا مصطفی خمینی گرچه با هدف حذف ایشان صورت گرفت؛ اما جدا از این رژیم شاه اهداف دیگری را نیز دنبال می‌کرد. در واقع جدا از آنکه شخصیت حاج آقا مصطفی خمینی برای رژیم غیرقابل تحمل بود؛ اهداف دیگری نیز در بطن این ماجرا نهفته بود:
«رژیم شاه برای دست یابی به اهداف چندی، دست‌‌‌های خود را به این جنایت (به شهادت رساندن حاج آقا مصطفی رحمه‌الله ) آلود:
1.ضربه زدن به نهضت اسلامی.
2.ایجاد فشار روانی و لطمه روحی بر امام خمینی رحمه الله.
3.جلوگیری از سیاسی شدن حوزه علمیه نجف؛  زیرا این حوزه با اقدامات علمایی مانند حاج سید مصطفی خمینی رحمه الله، به کانون مخالفت جدّی با رژیم
شاه تبدیل شده بود.
4.ایحاد هراس و وحشت در بین مبارزان و مخالفان، تا آنان از ترس جانشان خاموش باشند و از ادامه مخالفت بر ضد شاه خودداری کنند.
5.گرفتن یار و یاور و مددکار نزدیک امام خمینی رحمه‌الله از وی.
6. پیش گیری از خطرهایی که در آینده ممکن بود از ناحیه فرزند امام خمینی رحمه‌الله برای رژیم به وجود آید و آسوده خاطر شدن از تبدیل شدن حاج آقا مصطفی رحمه‌الله به خمینی دیگری»


منبع: جواد ملایی‌پور، شهید مصطفی خمینی در نگاه تاریخ، قم، صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران، مرکز پژوهش‌‌‌‌‌های اسلامی، 1383، صص 118- 119