مدت کوتاهی پیش از شهادت مصطفی خمینی، دو فرد ایرانی، در گفت وگویی آهسته به وی هشدار داده بود که رژیم شاه برای پیش‌گیری از سقوط خود، درصدد است چند نفر را از میان بردارد.

مرگ مصطفی خمینی به طور غیرمنتظرانه و بسیار عجیب اتفاق افتاد. تا جایی که بسیاری آن را مرگی مشکوک دانستند. گذشته از آن پیش از شهادت ایشان، افرادی به او پیرامون توطئه شاه برای ترور شخصیت‌های اسلامی هشدار داده بودند:

«مدت کوتاهی پیش از شهادت او، دو فرد ایرانی شبی به دیدار او در نجف رفته بودند و یکی از آن دو در گفت وگویی آهسته به وی هشدار داده بود که رژیم شاه برای پیش‌گیری از سقوط خود، درصدد است چند نفر را از میان بردارد که یکی از آن‌‌ها شما هستید؛ پس مواظب خودتان باشید! حاج آقا مصطفی جریان این دیدار و خبر را فردای آن شب برای برخی از دوستانش بازگو کرده بود. روز پیش از شهادت، حاج آقا مصطفی مانند همیشه در جلسه درس امام خمینی رحمه الله شرکت کرد و در نماز جماعت ظهر و عصر مسجد شیخ انصاری رحمه الله حضور یافت. بعد از ظهر نیز در سلامتی کامل به تدریس درس اصول پرداخت و شب هم برای ادای نماز به مدرسه آیت‌الله بروجردی رحمه الله رفت. او پس از ادای نماز جماعت و دیدار با امام خمینی رحمه الله، در مجلس سوگواری و ختمی حاضر شد و سپس به خانه بازگشت.»


منبع: جواد ملایی‌پور، شهید مصطفی خمینی در نگاه تاریخ، قم، صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران، مرکز پژوهش‌‌های اسلامی، 1383، صص 90- 91