شاه‌ طهماسب از اسماعیل میرزا بیم داشت لذا دستور داد او را در قلعه قهقهه زندانی کنند؛ بـدینگونه او از شـاه طـهماسب و درواقع از تاج‌وتخت دور شد.

شاه طهماسب صفوی یازده پسر داشت. یکی از‌ آنان‌ سلطان‌ مـحمد‌ خـدابنده‌ (پدر‌ شاه عباس اول) بود که مشکل بینایی داشت. فرزند دومش اسماعیل میرزا بود کـه بـسیار شـجاع و جسور بود. شاه طهماسب اول به‌دلیل نگرانی بابت از دست دادن تاج‌وتخت و توطئه‌هایی که اسماعیل دوم بر ضد دولت عثمانی انجام می‌داد، تصمیم گرفت اسماعیل را به هرات بفرستد تا از دربار دور شود. با این تصمیم، اسماعیل دوم به حکومت هرات منصوب شد؛ اما دست از کارهای خود برنداشت. اسماعیل میرزا در هرات سپاهی را جمع‌آوری و به عثمانی لشکرکشی کرد. لشکرکشی اسماعیل دوم به عثمانی، منجر به پیروزی او شد. این موفقیت، سبب شهرت بسیاری برای اسماعیل میرزا شد؛ اما به‌دلیل اینکه در دوره شاه طهماسب ایران با عثمانی در صلح آماسیه به سر می‌برد، لشکرکشی‌های خودسرانه اسماعیل دوم به نفع شاه طهماسب نبود. شاه طهماسب از شهرت اسماعیل دوم و عیاشی‌های وی راضی نبود، ازاین‌رو تصمیم گرفت او را در زندان قهقهه حبس کند. بـدینگونه او از شـاه طـهماسب و درواقع از تاج‌وتخت دور شد.
در آن دوران‌ اعضای‌ خانواده سلطنتی به‌شدت از یکدیگر می‌هراسیدند زیرا نـمی‌توانستند از مـسند قدرت بویژه تاج‌وتخت پادشاهی چشم‌پوشی کنند. می‌گویند: «...شاه برای دلجویی وی چندین زن‌ زیبا‌ به آن دژ فرستاده اسـت‌ تـا‌ مگر همنشینی با آنان از دشواری‌های زندگی در زندان بکاهد اما اسماعیل میرزا هـرگز بـه همخوابگی با آن زنان راضی نشده است چـه مـی‌گوید‌ کـه‌ خودش دوران حبس را‌ با‌ شکیبایی تمام خواهد گـذرانید امـا طاقت آن ندارد که جگرگوشگانش را نیز زندانی ببیند.همچنین گفته است که آن کنیزکان شـایسته آن نـیستند که در زمره خانمهای درباری بـاشند.»  پس‌ از مرگ شـاه طـهماسب اول امـرا و ارکان دولت به‌شدت با یکدیگر درگیر شـدند و سـرانجام پس از زدوخورد و خونریزی اسماعیل میرزا به پادشاهی رسید. او با نام شاه اسماعیل دوم بـر‌ اریـکه‌ قدرت جلوس‌ کرد.وی مدت کوتاهی پادشـاه بود و وفات یافت پس از مـرگ او بـرادرش سلطان محمد خدابنده به‌ پادشـاهی رسـید.او پادشاهی خشکه‌مقدس و ضعیف النفس بود.میان امرا و ارکان‌ دولت‌ اختلاف‌ بوجود آمد و طـی مـاجراهایی سرانجام شاه عباس اول را به پادشـاهی رسـاندند و سـلطان محمد خدابنده از سـلطنت ‌‌خـلع‌ شد.


 منبع: ابونیا،فرحناز، زندان از ابتدا تا پایان دوره قاجاریه، صلاح و تربیت ، تیر 1385 ، شماره 52 ، ص42