حضرت امام خمینی (ره) در واکنش به شهادت «سید مصطفی خمینی» فرمودند: خداوند تبارک و تعالی الطافی دارد ظاهر و الطافی خفیه. یک الطاف خفیه‌ای خدای تبارک تعالی دارد که ما‌ها علم به آن نداریم از این جهت صبر نمی‌کنیم این برای نقصان معرفت ماست. اگر اطلاع بر آن مسائل داشتیم در این‌طور مسائل جزیی این‌قدر بی‌طاقت نبودیم.

شهادت مظلومانه‌ی «آیت‌الله حاج آقا سید مصطفی خمینی» بازوی توانای امام خمینی (ره) و اسلام، ناگوارترین موضوع در مبارزات مردمی در سال 1356 بود. شهید آیت‌الله سید مصطفی خمینی در هنگام شهادت 47 سال داشت و به گفته‌ی اطرافیان در سلامت کامل به سر می‌برد. این اسناد به این واقعه‌ی دردناک که سرآغاز حرکت‌های گسترده‌ی مردم بود اختصاص دارد. لازم به توضیح است که ساواک علت شهادت آیت‌الله سید مصطفی خمینی را ایست قلبی عنوان کرده و از این طریق سعی در سرپوش نهادن بر جنایاتش داشته است. این اسناد گویا بوده و بدون هیچ‌گونه توضیحی ارائه شده‌اند.
شهادت غیر منتظره مصطفی در حالی که هیچ‌گونه بیماری قبلی نداشت با شروع فعالیت‌های سیاسی جدید امام در نجف از نظر همه یاران و شاگردان ایشان نمی‌توانست بدون ارتباط باشد. دلیل آنان این بود که مصطفی از شروع نهضت در سال ۱۳۴۱ در کنار امام قرار داشت، دست راست ایشان محسوب می‌شد و یک چهره انقلابی بود که با روحانیون، روشنفکران، دانشجویان مسلمان و مبارز داخل و خارج کشور ارتباط داشت. از این رو ساواک با به قتل رساندن مصطفی کوشید یک مخالف جدی را از سر راه رژیم برداشته و امام را تنها بگذارد.