مظفر بقایی را باید یکی از مهمترین شخصیتهای تاریخ معاصر ایران و در عین حال مرموزترین آنها دانست. درباره رفتارهای دوپهلو و موذیانه این شخصیت تاریخی تاکنون مطالب متنوعی مطرح شده است. آبادیان در کتاب زندگینامه سیاسی مظفر بقایی درباره اهانت بقایی به آیت الله بروجردی مرجع عالیقدر جهان تشیع می نویسد . . .

سال 57 که نهضت انقلابی مردم ایران به اوج خود رسید گروهی از نظامیان بازنشسته شاهنشاهی برای تدبیر امور به فکر ایجاد اتاق فکری افتادند که البته این اقدام تیری در تاریکی بود و ثمری برای آنان و حکومت پهلوی نداشت.

رابطه بقایی با مصدق پس از بازگشت از سفر آمریکا رو به تیرگی نهاد و این تضاد در مقطع درخواست اختیارات یکساله اختیارات ازسوی مصدق و انحلال مجلس هفدهم به اوج خود رسید.

محمد‌علی بهمنی قاجار گفت: تحلیل مظفر بقایی از انقلاب بسیار سطحی بود و نامه‌هایی به بنیانگذار انقلاب اسلامی نوشت اما امام توجهی به نامه‌های او نکرد و در این سیاست شکست خورد.