این مدرسه عالی در ابتدا به مدرسه ی ناصریّه تهران موسوم بوده. اولین فعالیت های آموزشی مدرسه عالی در سال 1313 ق. و با حضور 50 طلبه، به همت میرزا ابوالفضل مجتهد کلانتر تهرانی آغاز شد. اما چندی نگذشت جریان به توپ بستن مجلس(1323ق) که در آن صدماتی نیز به بنای مدرسه عالی وارد شد، آن را به صورت تعطیل درآورد.

 یکی از مدارس عالی بزرگ و آباد که در قرون اخیر بنا گردیده ، مسجد و مدرسه  عالی سپهسالار است که در کنار مجلس شورای ملی سابق واقع شده و پس از پیروزی انقلاب اسلامی به مدرسه عالی شهید مطهری تغییر نام داده است. بنای مدرسه عالی شهید مطهری بوسیله  میرزا حسین خان سپهسالار در سال 1296 هـ . ق(1257 هـ . ش) بر اساس نهاد وقف، بنیان نهاده شده است و پس از مدتی وقفه در سال 1303 هـ . ق (1261 هـ . ش ) اتمام پذیرفت.
درباره ی مؤسس :حاج میرزا حسین خان سپهسالار در اواخر سال 1241 هـ . ق در قزوین به دنیا آمد. پدرش ، میرزا نبی خان ، از رجال دربار قاجاریه و فرزند ابوالقاسم خان مازندرانی بود که به قزوین آمد و در آنجا سکونت گزید و بعداً فرزندان او به قزوینی اشتهار یافته  اند .
 او که فرزند ارشد خانواده بوده تحصیلات ابتدائی خود را در قزوین به انجام رساند و به مدرسه ی دارالفنون تهران راه یافت و زبان فرانسه و علوم ریاضی را فرا گرفت و در سال 1255 هـ.ق با سمت منشی گری به میرزا باقر ملک الکتاب سپرده شد و بعد از چند سال نیز به استخدام وزارت خارجه در آمد.میرزا حسین خان نزد میرزا جعفر خان مشیرالدوله که یکی از پنج جوان اعزامی به لندن در سال 1230 هـ.ق بود علوم جدید را فرا گرفت و پس از مدتی همراه برادر کوچکش،یحیی، برای تحصیل عازم فرانسه گردید.
میرزا حسین خان سپهسالار منظور نظر میرزا تقی خان امیرکبیر بوده و تحت تربیت او قرار گرفته  است. با گذشت اندک زمانی جهت کفالت امور پدر به ایران مراجعت نمود؛ این بازگشت مقارن با نخست وزیری میرزا تقی خان امیرکبیر بود. وی از جانب ناصرالدین شاه و با صلاحدید امیرکبیر در سال 1267 هـ.ق به عنوان کارپرداز و نماینده ی ایران در شهر بمبئی هند مأمور و با سیاست و سیاستمداران انگلیسی آشنا گردید. این مأموریت سه سال طول کشید. وی پس از کشته شدن امیرکبیر و صدارت میرزا آقاخان به تهران بازگشت و در سال 1271 هـ.ق مأمور کنسولگری ایران در تفلیس شد که در طی این مأموریت 4ساله با موقعیت روسیه ی تزاری آشنا گردید. وزیرمختاری در دولت عثمانی مأموریت بعدی او بود که 12 سال به طول انجامید. او به انجام اصلاحات متناسب با جامعه  غرب متمایل بود و در زمان مأموریت در دولت عثمانی گزارش تحولات را برای دربار می فرستاد و اصلاحات را موجب نجات عنوان می کرد. وی در سال 1282 هـ.ق به لقب «مشیرالدوله» ملقب گردید. مشیرالدوله در سال 1285 هـ.ق از مقام وزیرمختاری به «سفارت کبرایی» ارتقا یافت.
تلاش او در زمان مأموریت بیشتر متوجه حل اختلاف دولت های ایران و عثمانی و ایجاد روابط حسنه و تأمین مصالح تجاری بود. در سال 1287 هـ.ق ناصرالدین شاه را در سفر به عراق و زیارت عتبات عالیات همراهی نمود و شاه به پاس خدماتش در این سفر او را به «وزارت عدلیه» و «وزارت اوقاف» منصوب نمود. مدتی از وزارت مشیرالدوله نگذشته بود که در سیزده رجب سال 1288 هـ.ق، شاه، با حفظ سمت های پیشین، او را به لقب «سپهسالار اعظم» ملقب و به ریاست کل قشون منصوب گردانید. سپهسالار با توجه به درخواست شاه اقداماتی را در جهت سازماندهی به انجام رسانید. چهل و هفت روز پس از انتصاب به ریاست کل قشون، سپهسالار به صدارت اعظمی دولت ایران منصوب گردید.
 صدارت اعظمی سپهسالار اخیارات فراوانی به او اعطا نمود؛ با استفاده از قدرت فراوان به تأسیس مدرسه، نشر روزنامه، تشکیل دارالترجمه و اصلاح برخی امور دربار اقدام کرد. برای آشنایی ناصرالدین شاه با تحولات اروپا و جلب نظر او در سازماندهی امور کشور ایران، بر اساس پیشرفت ها و مدنیت اروپا، شاه را به مسافرت به آنجا ترغیب کرد و در نتیجه در سال 1290 هـ.ق همراه شاه به اروپا مسافرت کرد که یکی از نکات البته مبهم و تاریک زمان صدارت اعظمی میرزا حسین خان سپهسالار در این سفر قرارداد معروف «رویتر» است که امتیازات فراوانی را به بیگانگان میداد که این موضوع موجب مخالفت جمعی از علما و روحانیون از جمله «ملاعلی کنی» گردید.به این ترتیب شاه ناچار به عزل سپهسالار و لغو امتیاز شد؛ ولی زمانی که اوضاع آرام گرفت، شاه او را به تهران طلبید و امتیازات اولش را به او بازگرداند. این بار وزارت خارجه به او سپرده شد و پس از یک ماه به ریاست کل منصوب گردید و لقب «سپهسالار» مجدداً به او اعطا گردید. سپهسالار در سال 1295 هـ.ق برای بار دوم شاه را به اروپا برد. از ثمرات این سفر می توان تصمیم شاه را در تنظیم امور وزارتخانه ها و تجدید وظایف آنان و تشکیل مجلس مشورتی از شاهزادگان و اشراف برشمرد. بدگویی های مخالفان و نارضایتی شاهزادگان از محدودیت های ایجاد شده در قدرت آنها، موجب عزل مجدد سپهسالار و فرستادن او به قزوین گردید.  شاه در فرمانی میرزا حسین خان را جهت تسلیت قتل الکساندر دوم؛ امپراطور روسیه، و تبریک جلوس الکساندر سوم به سرپرستی هیئتی به سن پطرزبورگ فرستاد. پس از بازگشت، تولیت آستان قدس رضوی و فرمانفرمایی ایالات خراسان و سیستان به او واگذار شد.  طرح پرچم سه رنگ با تصویر شیر و خورشید نیز از کارهای او بوده است.
 سرانجام او در 21 ذی الحجه 1298 هـ . ق در سن 57 سالگی بمرض دردپا و سوءمزاج در مشهد درگذشت. برخی معتقدند که او مسموم گردید. سپهسالار را در مقبره ی خودش در مشهد که قبلاً آنرا ساخته بود دفن کردند.
  سپهسالار بنای مدرسه عالی و مسجد را از دارایی شخصی و عواید املاک موروثی پدری ساخته و موقوفاتی برای مصارف و مخارج دائمی و حفظ رقبات آن بر طبق وقف نامه تعیین کرده است. میرزا حسین خان سپهسالار این وقف نامه را در هفتم شوال 1297 هـ . ق نوشت و در مجلسی با حضور روحانیون معروف زمان در خانه خویش که بعد از مشروطیت به مجلس شورای ملی تبدیل گردید ، صیغه ی وقف را جاری کرد. این مسجد ومدرسه عالی دو وقف نامه دارد ، یکی مختصر و دیگری مفصل. وقف نامه ی مختصر که در کتیبه صحن مدرسهعالی نوشته شده از قسمت بدنه  چپ آن ایوان شروع و به بدنه  راست آن ایوان منتهی می شود. اما وقف نامه تفصیلی که اصلِ نخستِ خطی آن مسجل و ممهور به مهر اسمی «سپهسالار حسین» است، به صورت کتابچه ای مشتمل بر 79 صفحه با خطی خوش و نثری شیوا و کاغذی مرغوب و همانطور که ذکر شد در سال 1297 هـ . ق به دستور حسین خان سپهسالار تنظیم گشته ، در کتابخانه خطی مدرسه  عالی نگهداری می شود. وقفنامه ی تفصیلی چهار فصل دارد که تبیین اعضاء، تعزیه داری و اطعام و امتحان دانش آموختگان و… فصلهای اول تا چهارم آنرا تشکیل می  دهند. در صفحه  آخر این وقف نامه سجلات و مهر مرحوم واقف همراه با مهرهای علما آمده است.
   در این وقف نامه شکل گیری یک مدرسه ی عالی و مسجد و کتابخانه پیش بینی شده است. تعداد و نقش متولی ، ناظر مطیع ، مدرسان و موضوع درس آنان شامل معقول ، منقول ، ریاضی ، مقدمات و ادبیات ، همچنین حکیم باشی، مستوفی، ضابط موقوفات ، کتابدار، خوشنویس ، واعظ ، قاری ، مکبر ، مؤذن ، چراغچی و دربان و خادم همه به دقت تعیین شده است.
بر اساس وقف نامه   مدرسه   عالی ، امر تولیت مادام الحیاة با خود سپهسالار بوده اما در عین حال وی برای آنکه تا زنده است از گزند درباریان در امان باشد، تولیت را در زمان حیات خود به شاهزاده اعتضادالسلطنه، وزیر علوم واگذار نمود. بعد از سپهسالار، حاکم عصر، متولی آن محسوب می شود که به پاس حفظ احترام حاکم، مقرر شده که حاکم عصر هرکه را که صلاح بداند از جانب خود به نیابت تولیت منصوب کند. اما از سال 1309 شمسی نیابت تولیت به وزیران فرهنگ وقت واگذار شد. بعد از تعطیلات شهریور 1320 شمسی امور مدرسه  ی عالی دچار رکود شد تا اینکه در سال 1328 شمسی دانشگاه اسلامی در این مدرسه تشکیل گردید. پس از شکل گیری نهادهای آموزش عالی در کشور، این مدرسه ی عالی به دانشکده ی معقول و منقول وابسته به دانشگاه تهران تحول یافت.
بعد از وفات سپهسالار، افراد زیر به ترتیب نیابت تولیت یا سرپرستی یافتند:
1. میرزا یحیی خان مشیر الدوله، برادر سپهسالار، تا سال 1309 هـ . ق متصدی کارفرما بود.
2. غلامعلی امین همایون، نخستین کسی که از طرف ناصرالدین شاه به نیابت تولیت معین شد.از 1309 تا 1313 هـ . ق.
3. میرزا ابوالفضل کلانتر تهرانی. از 1313 تا 1316 هـ . ق.
4. موثق الملک سید علی بن حسین لواسانی، وزیر صندوقخانه، 1346 هـ . ق.
5. حاج میرزا کاظم تبریزی، از علمای تبریز و داماد مظفرالدین شاه، از 1316 تا 1324 هـ . ق.
6. حاج سید جواد ظهیرالاسلام، از 1324 تا 1327 هـ . ق.
7. صدورالدوله، از 1327 تا 1329 هـ . ق.
8. عبدالحسین ظهیر همایون، پسر صدرالدوله، 1329 هـ . ق.
9. مشیر اکرم، فرزند میرزا موسی وزیر، رجب و شعبان 1329 هـ . ق.
10. عبدالعلی نجم الدوله، از 1329 تا 1330 هـ . ق
11. سید حسن مدرس، از 1330 تا 1332 هـ . ق.
12. موثق الملک لواسانی (برای بار دوم)، 1332 هـ . ق.
13. سید جواد ظهیر الاسلام (برای بار دوم)، از 1332 تا 1334 هـ . ق.
14. آقا میر محمد (محسن) صدر العلماء ، پسر سید محمد باقر، از 1335 تا 1366 هـ . ق.
15. لطفعلی خان قوام السلطنه، 3 ماه از 1336 هـ . ق.
16. سلیمان خان عضدالملک، از 13336 تا 1337 هـ . ق.
17. قوام السلطنه (برای بار دوم)، از 1338 تا 1339 هـ . ق.
18. موثق الدوله، 1339 هـ . ق.
19. حاج شیخ محمد معروف به ابن الشیخ، از 1339 تا 1340 هـ . ق.
20. موثق الملک (برای بار سوم)، 1342 هـ . ق.
21. ظهیرالاسلام (برای بار سوم)، از 1342 تا 1344 هـ . ق.
22. سید حسن مدرس (برای بار دوم)، از 1344 تا 1347 هـ . ق.
23. صادق مستشارالدوله، از 1347 تا 1349 هـ . ق.
24. از بهمن سال 1349 هـ . ق. مطابق با سال 1309 هـ . ش، تا شهریور 1322 هـ . ش، دو وزیر فرهنگ وقت، نایب التولیه بوده اند. علی اصغر حکمت اولین آنان بود که در شهریور 1312 هـ . ش، تولیت مدرسه ی عالی را بر عهده گرفت و در پنجم شهریور 1322 هـ . ش ، محسن صدرالاشراف، وزیر دادگستری به نیابت تولیت مدرسه ی عالی منصوب شد.
25. ظهیرالاسلام (برای بار چهارم)، از 1325 تا 1329 هـ . ش.
26. سیدالعراقین، 1329 تا 1330 هـ . ش.
27. مسعود کیهان، از 1330 تا 1334 هـ . ش.
28. ظهیرالاسلام (برای بار پنجم)، از 1334 تا 1340 هـ . ش.
29. پس از پیروزی انقلاب اسلامی به حکم امام خمینی(ره) مدرسه   عالی سپهسالار به عنوان یک دانشگاه علوم اسلامی معتبر با نام مدرسه ی عالی شهید مطهری(ره) زیر نظر آیت الله امامی کاشانی به فعالیت خود ادامه داد و به همت ایشان تا به امروز این مسجد و مدرسه   عالی فعالیت خود را گسترش داده است. در این بنا امر بهره  گیری از علوم جدید در پیشبرد معارف اسلامی پایه گذاری شد و در این راه کوشش های استادانی نامدار چون محمدکاظم عصار ، بدیع الزمان فروزان فر و بسیاری از فرزانگان معاصر به یاد ماندنی است.
  این مدرسه  عالی در ابتدا به مدرسه ی ناصریّه  تهران موسوم بوده. اولین فعالیت های آموزشی مدرسه عالی در سال 1313 ق. و با حضور 50 طلبه، به همت میرزا ابوالفضل مجتهد کلانتر تهرانی آغاز شد.  اما چندی نگذشت جریان به توپ بستن مجلس(1323ق) که در آن صدماتی نیز به بنای مدرسه عالی وارد شد، آن را به صورت تعطیل درآورد. این وضعیت تا سال 1327ق ادامه یافت تا اینکه حاج صدرالدوله امور مدرسه ی عالی را به روال عادی بازگرداند. در سال 1304ش آیت الله شهید سید حسن مدرس برنامه ای جامع را در سطحی گسترده در مدرسه ی عالی به اجرا درآورد و پنج سال بعد(1309ش) که علی اصغر حکمت عهده دار امور مدرسه ی عالی گردید و دانشکده ی معقول ومنقول را در آن راه اندازی کرد. چندی بعد نیز مؤسسه ی وعظ و خطابه در مدرسه ی عالی شروع به کار کرد اما جریانات سال 1320ش امور مدرسه ی عالی را بار دیگر مختل کرد.
در سال 1322ش تولیت جدید مدرسه  عالی، محسن صدر(صدرالاشرف)، مدرسه  عالی را با نام دانشگاه روحانی مجدداً راه  اندازی کرد. با روی کار آمدن سیدالعراقین(1329ش) مدرسه ی عالی رونق بیشتری گرفت و به مدرسه  عالی سپهسالار تغییر نام یافت. در این دوره بسیاری از مباحث علمی و مذهبی رادیو با اتصال به دستگاه رادیویی تهران از طریق مدرسه ی عالی تولید و پخش می-شد.برخی از سخنرانی های وعّاظ معروف مانند راشد، صدر بلاغی و محمدتقی فلسفی در رادیو از این مجموعه است.
 نکته قابل ذکر و جالب در مورد مسجد و مدرسه ی عالی اینکه در سالهای قدیم، بازاری بود که کسبه ی دوره گرد، هنگام ماه مبارک رمضان در آن می گستردند و پس از افطار گروه گروه مردم برای خرید راهی صحن حیاط این مسجد می شدند و همچنین دوخت «پیراهن مراد» توسط زنان در  مسجد و مدرسه ی عالی، رایج بود که به قصد تقرب در ماه های محرم و صفر دوخته می-شد و صدای چرخ های خیاطی مستقر شده در این مسجد، برای اهالی این محل بسیار گوشنواز بود.
  مسجد و مدرسه ی عالی شهید مطهری(سپهسالار) امروزه به لحاظ حجمی و عملکردی در ارتباط با مجلس، بخشی از مجموعه ساختمانهای حکومتی ـ مردمی به شمار می رود؛ چنانکه این ارتباط درونی از ابتدا نیز در فلسفه ی شکل گیری ساختمان ها وجود داشته که بانی همگی آنها مرحوم میرزا حسین خان سپهسالار بوده است. اکثر مراسم مهم مذهبی، حکومتی و فرهنگی در این مسجد و مدرسه ی عالی برگزار می شود و به این اعتبار می توان آن را بنایی یادمانی دانست که در تحولات سیاسی یکصد سال اخیر مطرح و تأثیرگذار بوده است.
سوابق سیاسی آیت الله محمد امامی کاشانی از این قرار است:
نمایندگی مردم کاشان در اولین دوره ی مجلس شورای اسلامی
•    امام جمعه موقت تهران از 1359 تاکنون
•    ریاست دیوان عدالت اداری
•    عضو شورای نگهبان(به مدت 18 سال)
•    عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام( از ابتدای تاسیس تاکنون)
•    نمایندگی مردم تهران در مجلس خبرگان رهبری در سه دوره   متوالی