این مدرسه عالی در ابتدا به مدرسه ی ناصریّه تهران موسوم بوده. اولین فعالیت های آموزشی مدرسه عالی در سال 1313 ق. و با حضور 50 طلبه، به همت میرزا ابوالفضل مجتهد کلانتر تهرانی آغاز شد. اما چندی نگذشت جریان به توپ بستن مجلس(1323ق) که در آن صدماتی نیز به بنای مدرسه عالی وارد شد، آن را به صورت تعطیل درآورد.