مرگ مصطفی خمینی به طور غیرمنتظرانه و بسیار عجیب اتفاق افتاد. تا جایی که بسیاری آن را مرگی مشکوک دانستند. گذشته از آن پیش از شهادت ایشان، افرادی به او پیرامون توطئه شاه برای ترور شخصیت‌های اسلامی هشدار داده بودند