«چیستان قاجار» در دو بخش تنظیم شده که نگارنده در بخش نخست مساله هویت و نوشتار تاریخی را نقد و بررسی کرده است. وی در بخش دوم به پیرایش و نمایش بارزه‌های هویت در مکتوبات تاریخی عصر قاجار تحت یازده عنوانی که انتخاب کرده پرداخته است.