به نوشته آقابزرگ تهرانی، نائینی نزدیک ترین مشاور آخوند خراسانی در جریان جنبش مشروطه بود. با توجه به این روابط نزدیک و اعتماد ویژه و نیز بینش سیاسی وی، احتمال زیاد دارد که متن تلگراف ها و بیانیه های سیاسی مراجع بزرگ مشروطه خواه نجف را او انشا کرده باشد.
