بعد از پیروزی انقلاب اسلامی آیت‌الله‌ مشکینی‌ در مسئولیت‌های‌ گوناگونی‌ ایفای‌ نقش‌ کرد. ایشان در دوره دفاع مقدس با حضور در جبهه به رزمندگان روحیه می‌داد.