البته، به سریال «معمای شاه»،‌ و اصولاً صنعت فیلم و سریال در ایران،‌ انتقادهای جدی می‌توان وارد کرد که یکی از مهمترین آن‌ها ضعف در تدوین درام و داستان است.

امیر نعمتی لیمائی گفت: حمایت‌ها و پشتیبانی‌های مدرس از میرزا کوچک‌خان کاملا مخفیانه بود و حتی پس از شهادت میرزا نیز او هیچگاه حمایت خویش را علنی نکرد