ویژگی منحصر مرجعیت شیعه استقلال از حکومت‌ها می‌باشد و این ویژگی به اتکای مردم متدین، چنان قدرتی به مرجعیت داده است که در مواقع سرنوشت‌ساز حافظ دین و ملت در مقابل تعرض قدرت‌های خارجی و حکومت‌های داخلی باشد.