از همان ابتدای تأسیس سپاه، اختلاف دولت موقت با سپاه شروع شد. آن‌ها معتقد بودند که دو نیروی نظامی در کشور نمی‌توانند وجود داشته باشد، ولی امام (ره) فرمودند که سپاه باید باشد. لذا یکی دیگر از معضلاتی که سپاه در ابتدای تأسیس با آن روبه‌رو بود، همین اختلافاتی بود که دولت موقت با سپاه داشت
