قیام مسجد گوهرشاد اعتراضی شدید به حکومت دیکتاتوری رضاشاه بود، چرا که جامعه ملتهب مشهد بعد از انعکاس اخبار کشف حجاب در سایر نقاط با درایت و رهبری مراجع عظام اعتراض و ناراحتی خود را با قیام مسجد گوهرشاد به حکومت مرکزی نشان دادند.
وقتی رضاشاه در آبان 1304. ش به عنوان شاه ایران، سلطنت پهلوی را بنیاد نهاد به زعم خود دست به اصلاحاتی زد که برخلاف خواست و نیز سنت های بومی- دینی ایرانیان بود. یکی از این اصلاحات، اتحاد لباس یا متحدالشکل کردن لباس مردان بود؛ چنانچه داود قاسم پور می نویسد: این طرح ابتدا به صورت غیرقانونی و سپس در 1307.ش ظاهرا به صورت قانونی از تصویب مجلس شورای ملی گذشت و برای اجرا به نظمیه ها و فرمانداری های سراسر کشور ابلاغ شد. در آن زمان واکنش های متعددی نسبت به این قانون صورت گرفت که از آن جمله می توان به قیام علمای تبریز به رهبری آیات میرزا صادق آقا تبریزی و سید ابوالحسن انگچی اشاره کرد. ولی رضاشاه بی اعنتا به اعتراضات، به متحدالشکل کردن لباس مردان ادامه داد. در سال 1314.ش، طرح تغییر کلاه از پهلوی به شاپو نیز بر طرح اتحاد لباس افزوده شد و علاوه بر آن گام هایی در راستای کشف حجاب نیز هر چند به آهستگی آغاز شد. برگزاری جشن دختران دانش آموز در تهران و در نهایت مراسم جشن دختران در حضور نخست وزیر و وزیر فرهنگ وقت از جمله این اقدامات بود. علما و روحانیت و نیز مردم عادی از این اقدامات رضاشاه ناخرسند بودند ولی قوه قاهره رضاشاه باعث شد تا اعتراضی به صورت علنی و گسترده صورت نگیرد.
تقابل رضاشاه و آیت الهد قمی در این میان به نظر می رسید خراسان مستثنی از دیگر نقاط کشور باشد. در آن استان که مقدس ترین مکان کشور- مزار شریف حضرت ثامن الحجج امام رضا (عَلیه السَلام)- در آنجا قرار داشت. جو مذهبی نسبت به دیگر مناطق کشور قوی تر بود و از آن گذشته آیت الله العظمی سیدحسین قمی از مراجع تقلید وقت در آن شهر اقامت داشت. او در اعتراض به این اقدامات، جهت دیدار با رضاشاه به تهران رفت تا او را متقاعد به عدول از این تصمیمات- اجباری کردن کلاه شاپو و هجمه به پوشش زنان- نماید. رضاشاه نیز که در تصمیم خود مصمم بود و هیچگونه مقاومتی در مقابل آن را برنمی تابید دستور داد تا سید حسین قمی بلافاصله بعد از ورود به تهران در باغ سراج ملک شاه عبدالعظیم (شهرری) محصور گردد و رفت و آمد به آنجا ممنوع شود. این اقدام عوامل شاه باعث بروز شایعاتی در خراسان شد که از آن جمله مردم می گفتند: رضاشاه سید حسین قمی را کتک زده است یا او را کشان کشان به دربار برده اند و زنجیر بر گردنش انداخته اند. تا اینکه در نهایت شایع شد او را کشته اند. ناخرسندی مردم از اقدامات رضاشاه در کنار نگرانی از سرنوشت آیت اله قمی باعث شد تا خراسانیان به صورت علنی علیه رضاشاه قیام نمایند. در این میان حضور محمدتقی بهلول گنابادی از روحانیون تحت تعقیب در مشهد و دستگیری وی توسط عوامل رضاشاه و حبس وی در حرم امام رضا (ع) باعث شد تا مردم بیش از پیش تحریک شده و بزرگترین اعتراض مردمی علیه رضاشاه را رقم زنند.
مردم حمله کنید و شیخ را آزاد سازید! محمدتقی بهلول وقتی غروب از صحن خارج می شود ماموران شهربانی درصدد دستگیری وی برمی آیند. بهلول آن ها را دشنام داده به طرف صحن مراجعت نمود ولی ماموران جسورانه او را تعقیب کردند. در درب کشیک خانه بین ماموران و دربان ها بر سر این که بهلول را ماموران شهربانی نباید دستگیر کنند بحث درگرفت زیرا براساس سنت، هر کس به حرم پناهنده شود دربان ها وی را تحت نظر قرار داده پس از هماهنگی، فرد تحویل شهربانی می شود. بهلول هم طبق این قاعده توسط دربان ها دستگیر و به کشیک خانه برده شد. در این بین مسئولان کشیک خانه به جای این که وی را از انظار عموم پنهان دارند، در قسمت جلوی کشیک خانه و در معرض دید مردم محبوس کردند هر چند محمدباقر کشیک باشی این موضوع را تکذیب می کند ولی شواهد امر حکایت از آن دارد که وی در جایی محبوس شده بود که مردم وی را می دیدند و بهلول هم از پشت شیشه به مردم دست تکان می داد و آنان را تحریک می کرد. زنی گنابادی که شیخ بهلول را می شناخت به محض دیدن بهلول بنای داد و فریاد را گذاشته که علمای ما را گرفته اند، بشتابید. وی فوراً چادر خود را کشیده دست بر سر و روی خود می زد و موهایش را می کشید و خلاصه هیاهویی بپا کرد. چندین نفر دیگر از زنان دیگر نیز چنین کردند و مردم زیادی که برحسب عادت معمول، تابستان ها به حرم می آیند، متوجه قضیه شدند. بهلول می گوید: «وقتی توجه مردم را دیدم سر خود را به شیشه چسبانده دستم را جلوی چشمانم نهاده و گریه کردم. ناگهان بر هیجان مردم افزوده شد. ناگهان مردی با کلاه و کراوات صفوف دربان ها را شکافت و نزد من آمد. علت گریه ام را پرسید. گفتم آن ها (با اشاره به دژبان ها) نمی گذارند نماز وداع بخوانم. گفت: من از امروز با توام ولی وقتی تعجب من را از این که با سر و وضع دولتی بود، دید. گفت من نواب احتشام رضوی هستم و تا دو ماه پیش معمم بودم و تازه کلاه بر سر نهاده ام. نمی دانستم با این کلاه، چه کلاه هایی بر سر ما نهاده اند. وی سپس میان جمعیت رفت و فریاد زد، ای مردم بی غیرت، چهارهزار نفر هستید، چرا از چهار پلیس می ترسید، حمله کنید و شیخ را آزاد سازید. نابود باد آن که این کلاه را بر سر ما گذاشت. لعنت بر این کلاه این را گفت و کلاه خود را بر زمین زد و زیر پا مالید و فریاد زد: یاحسین. و بر حجره حمله کرد و مردم همراه به کشیک خانه حمله ور شدند و مرا آزاد کردند.»
تحصن مردم در صحن امام رضا (ع) مسئولان آستانه منبررفتن در صحن را بدون هماهنگی با آنان قدغن کرده بودند، لذا وقتی بهلول، روی دست های مردم بر بالای منبر قرار گرفت، مولوی از مسئولان آستانه که در صحنه حاضر بود پای منبر آمد و با گوشزد کردن این که منبررفتن ممنوع است، از بهلول خواست منبر نرود. در این اثنا، بین وی و بهلول که با دو دستش منبر را محکم گرفته بود، درگیری به وجود آمد و بهلول همراه با منبر به زمین افتاد. این صحنه حاضران را بیش از پیش هیجانی کرد و آنان بر سر مولوی ریختند و وی را به شدت مضروب کردند. بهلول دوباره به منبر رفت ولی در این لحظه صدای مرده باد شاه و زنده باد اسلام مردم در صحن طنین انداخته بود و فرصت سخنرانی نبود. از طرف دیگر بهلول هم یارای سخن گفتنن نداشت. سپس از مردم خواست تا به خانه های خود رفته فردا برگردند و تأکید کرد که فردا منبر خواهد رفت و حرف های اصلی را در آن منبر مطرح خواهد کرد. تجمع مردم بلافاصله به مسئولان آستانه اطلاع داده شد، ولی با توجه به این که اسدی نایب التولیه و نیز سرکشیک آستانه در مشهد نبودند، تصمیم گیری در این زمینه از طرف مسئولان آستانه به تأخیر افتاد. این امر باعث شد تا سرهنگ بیات رئیس نظمیه شرق- استان نهم- و پاکروان استاندار خراسان نامه ها و تلگراف هایی به مرکز ارسال کرده کارکنان آستانه را در این زمینه مقصر جلوه دهند. در حالی که هیچ یک از مسئولان آستانه از این قضیه مطلع نبودند و غیبتشان هنگام وقوع حادثه عادی بود. داود قاسم پور می نویسد: متحصنان وقتی که از حضور والی و رئیس لشکر در آستانه مطلع شدند به صحن نو رفته منتظر مذاکرات آنان شدند. این در حالی بود که مسئولان حکومتی از این پیشامد غیرمنتظره گیج شده بودند و با توجه به غیبت اسدی، فقط ناظر صحنه بودند و هیچ کاری از دستشان برنمی آمد و صحن نو هم مملو از جمعیت بود و هر لحظه بر تعداد آن ها افزوده می شد و نواب احتشام رضوی با سخنرانی های مهیج خود، مردم را تحریک می کرد. علاوه بر وی دیگر خطبای برجسته شهر از جمله شیخ حسین مجتهد زنجانی و حاج شیخ مهدی واعظ خراسانی هم با سخنرانی های خود بر هیجان مردم می افزودند. در اثر این سخنرانی ها متحصنین تصمیم گرفتند که از روز جمعه تا تعیین تکلیف، تعطیل عمومی اعلام کنندو جز دکاکین ارزاق عمومی دکانی باز نباشد و در این مدت متمولین از بینوایان پذیرایی کنند و تلگراف خانه صحن نو هم برای تلگراف به مرکز در اختیار ملت باشد! بعد از این تصمیمات اکثر متحصنین به منزل های خود رفتند تا فردا برای اجتماع و اعتراض بزرگ بازگردند و سخنان وعده شده بهلول را بشنوند.
عاشورای ثالث مسئولان حکومتی که از این پیشامد مضطرب شده بودند درصدد رفع این غائله برآمدند. استاندار پاکروان، فرمانده لشکر مطبوعی و رئیس نظمیه بیات همراه با قویم السلطنه و شوشتری از مسئولان آستانه که در غیاب اسدی، نمایندگان آستانه بودند تصمیم گرفتند تا برای متفرق کردن متحصنین در صحن ابتدا درهای صحن شیخ بهایی را ببندند و سپس محرکین از جمله بهلول را دستگیر ساخته در شهربانی توقیف نمایند و مردم متفرقه را که نقشی ندارند، آزاد نمایند. فردی هم موظف باشد تا هنگام مراجعت اسدی از فریمان، مواظب نواب احتشام باشد. درها توسط فرخ بسته شد و دیگر مقامات، آماده اجرای نقشه شدند. در این میان ایرج مطبوعی مردد بود که اگر اقدام به آوردن افراد نظامی کند مورد مواخذه مرکز قرار گیرد. چرا که متفرق کردن مردم و دستگیری بهلول با حضور نیروهای نظامی ممکن بود در حالی که استعمال قوای نظامی باید با اجازه مرکز باشد و چون وی چنین اجازه ای نداشت می ترسید مورد بازخواست مرکز قرار گیرد. حضور اسدی در خارج شهر دلیل دیگر ترس وی بود، چرا که به کارگیری قوای نظامی در آستانه باید با اجازه اسدی می بود. قویم السلطنه و فرخ او را از طرف اسدی مطمئن کردند و پاکروان و بیات هم قول دادند که در گزارش هایشان به مرکز، اقدام مطبوعی را لازم و واجب بدانند. بعد از این تضمین ها، مطبوعی دستور داد عده ای کافی نیروی نظامی فرستاده شود تا شبانه غائله را بدون خونریزی خاتمه دهند. اتفاقا اگر این نقشه عملی می شد، چه بسا خونریزی هم نمی شد و بهلول هم دستگیر می شد چون وقتی که بهلول آخر شب هیجدهم تیر از آن ها (متحصنین) خواسته بود تا به خانه هایشان بروند و فردا صبح برگردند. تنها سیصد تا چهارصد نفر در صحن نو مانده بودند و دستگیری این عده ممکن می شد ولی سربازان وقتی رسیدند که اذان صبح توسط نواب احتشام گفته شده و خیابان های اطراف صحن پر از جمعیت شده بود و درها همچنان بسته بود. در این میان، خطایی دیگر از مسئولان حکومتی حاضر در آستانه سرزد و آن این که آنان خواستند یکی از درهای صحن را باز کرده به این امید که افراد داخل صحن، خارج شوند ولی قضیه برعکس شد. مردم که در خیابان منتهی به صحن تجمع کرده بودند، به سمت درِ باز شده و به قصد ورود به صحن هجوم آوردند و چون ماموران ممانعت کردند، بین آنان و ماموران درگیری پیش آمد. با توجه به این که دستوری از مرکز مبنی بر تیراندازی نرسیده بود آنان با سلاح سرد از جمله سرنیزه به مهاجمان هجوم آوردند، ولی مهاجمان با سنگ هایی که اتفاقا جهت سنگفرش خیابان منتهی به حرم موجود بود، به ماموران حمله کرده آنان را زخمی کردند. از طرف متحصنین در صحن هم به مهاجمان قوت قلب داده می شد. از جمله نواب احتشام صدای یاحسین و یاعلی بلند کرده احساسات آنان را تحریک می کرد. این برخورد اندک اندک منجر به درگیری شدید شد و ماموران شروع به تیراندازی کردند و عده ای از مهاجمان مجروح و مصدوق شدند و در نتیجه چندین بار جزر و مد مردم و نظامیان عاقبت قشون به علت نداشتن دستور از مرکز و مسئولیت بعدی، صحنه را خالی کرد و میدان برای مهاجمان باز شد و یک ساعت بیشتر طول نکشید که بالغ بر بیست هزار نفر وارد صحن شده به بهلول و نواب احتشام و دیگر متحصنین پیوستند. پس از این اجتماع، مردم مرکز خود را تغییر داده از صحن به مسجد گوهرشاد منتقل شدند. بعد از عقب نشینی ماموران نظامی از اطراف صحن، متحصنین آن را به منزله پیروزی پنداشتند و بر تحرک خود افزودند. مردم به سطح شهر رفته تمام مغازه هایی را که باز بود می بستند و به مغازه های مشروب فروشی حمله می کردند. خطیبان و سخنوران شهر همگی در صحن مجتمع بودند و با بیانات خود مردم را تحریک به تداوم تحصن می کردند و شهر مشهد یکپارچه شور و هیجان شده بود، داود قاسم پور می نویسد: در مورد آمار تلفات این درگیری، اختلاف نظر وجود دارد. سرهنگ بیات رئیس نظمیه وقت تعداد مقتولان را چهارده نفر ذکر می کند. در گزارشی که به اسدی داده شده این آمار تا پنجاه کشته و مجروح ذکر شده و در سند دیگر، تعداد مقتولان این حادثه بیست و هشت نفر ذکر شده است. روحانیون برجسته مشهد وقتی جسارت نیروهای نظامی در حمله به صحن مطهر را دیدند، طی تلگرافی به شاه ماوقع را گزارش کردند. در این تلگراف قید شده بود که در اثر کثرت مقتولان در صحن مقدس و ورود گلوله ها بر ایوان مقصوره و بقعه منوره ازدحام ملت زیاد است و ما فعلاً در مسجد گوهرشاد هستیم. در این تلگراف علما خواستار آزادی آیت الله قمی، موقوف شدن بی حجابی و کلاه پهلوی شده بودند. امضاکنندگان این تلگراف عبارت بودند از: آیت الله سیدیونس اردبیلی. شیخ هاشم قزوینی، سید هاشم نجف آبادی، سید عبدالله شیرازی، سید علی اکبر خوئی. حاج میرزا حبیب ملکی، سید علی سیستانی، شیخ آقا بزرگ شاهرودی و شیخ مرتضی آشتیانی این تلگراف به مرکز مخابره نشد چرا که وقتی والی خراسان از وجود چنین تلگرافی مطلع شد از ارسال آن خودداری کرد و در عوض خود با ارسال تلگرافی به نظمیه مرکز، آنان را در جریان واقعه مشهد قرار داد. علاوه بر وی، دیگر مقامات حکومتی در خراسان هم تلگراف هایی به مرکز مخابره کردند که اغلب این تلگراف ها در تضاد با هم بود. مقامات مملکتی در مرکز بخصوص رضاشاه از اتفاقات مشهد بی خبر بودند و محمود جم وزیر داخله مختصر اطلاعی داشت و تنها کسی که کاملا در جریان اوضاع بود، سرپاس مختاری رئیس کل نظمیه وقت بود که در اثر تلگراف نظمیه مشهد در جریان قرار گرفته و دستورهایی در این زمینه به شهربانی مشهد صادر می کرد.
مذاکره مقامات دولتی با بهلول و احتشام رضوی محمدولی خان اسدی مذاکره با متحصنین را بهترین راه حل بحران ایجاد شده می دانست و در این راستا تلاش می کرد. وی معتقد بود که تداوم تحصن باعث شکسته شدن حرمت حرم و خونریزی بسیار خواهد شد. وی در این راه از همراهی آیت الله آقازاده فرزند آخوند خراسانی و شیخ مرتضی آشتیانی، برخوردار بود. مطبوعی هم حل مسالمت آمیز بحران را راه حل بهتری می دانست، لذا ظهر جمعه مطبوعی و اسدی به شیخ بهلول و احتشام پیام فرستادند که به تلگراف خانه بیایند تا مستقیما با شاه صحبت کنند و حتی تا در آستانه ماشین فرستادند ولی مردم مانع شده به ماموران حکومتی حمله کردند و از رفتن بهلول و احتشام به تلگراف خانه جلوگیری کردند. اسدی و مطبوعی جهت مذاکره متوسل به افرادی شدند که تاثیری در بهلول یا احتشام داشتند. یکی از این افراد فرخ، رئیس کابینه آستانه بود که دوستی صمیمانه ای با احتشام داشت. در اثر وساطت فرخ، احتشام حاضر به مذاکره شد با این شرط که اسدی جزو مذاکره کنندگان نباشد، به عبارتی فقط خواستار مذاکره با مطبوعی بود. وی پس از این قول به جمع متحصنین بازگشت و درصدد آرام کردن اوضاع برآمد. بهلول مذاکره نواب با دولتی ها را خیانتی می داند که انقلاب را فلج کرد. همچنین وی را متهم می کند در قبال قولی که مبنی بر واگذاری تولیت آستانه به احتشام داده شد. حاضر به همکاری با دولتی ها شده بود. داود قاسم پور می نویسد: امید مطبوعی و اسدی، به نواب احتشام واهی بود، چون کار از دست نواب در رفته بود. وی پس از بازگشت به جمع متحصنین، تلاش زیادی در جهت کنترل اوضاع کرد که کارگر نیفتاد لذا از طریق یکی از خدامی که همراه وی روانه شده بودند پیام فرستاد که «به خدا دیگر از دست من کاری برنمی آید» اسدی و مطبوعی ناگزیر متوسل به بهلول شده پیام فرستادند و از او خواستند تا برای مذاکره به عمارت تولیتی بیاید و بهلول قبول کرد. بهلول در این مذاکرات ورود آیت الله سید حسین قمی به مشهد را تنها راه خاتمه بحران دانست که با مخالفت مقامات دولتی روبرو شد در نتیجه مذاکرات به نتیجه نرسید.
حمله نظامیان به متحصنین در روز شنبه با ترتیباتی که گفته شد جنبش مسجدی ها و متحصنین بیشتر شد. آنان جسته گریخته از فرمان مرکز مبنی بر سرکوب هر چه سریع تر قیام مطلع شده بودند، بخصوص تدارک نظامیان و استقرارشان در خیابان های منتهی به حرم مشخص می کرد که دستوری رسیده است. آن روز تمام صحن و مسجد مملو از جمعیت شده بود. مردم در دسته های پنجاه نفری و صدنفری به منازل علما و بزرگان مراجعه کرده «مطلق وعاظ و روحانیون را از خانه هایشان بیرون آورده و به مسجد آوردند.» موقعی که علما را روی دست هایشان بلند کرده به مسجد می آوردند با صدای صلواتشان لرزه به صحن می انداختند. زنان در این میان، بر هیجان مردم می افزودند. آنان در حالی که مسجد پیرزن را چادر زده بودند بنای ناله و نوحه سرایی گذاشته و بر تأثر ناظران و حاضران می افزودند. مردم دسته دسته به محلات شهر می رفتند. دکان های باز را می بستند. خبرهایی هم از محلات مختلف شهر می رسید از جمله این که رعایای قراء و دهات یا به شهر حرکت کرده یا در حال تهیه حرکتند. در این میان نظامیان سردرگم بودند. یکی از نظامیان حاضر در صحنه در این زمینه می گوید: «عصر، بعد از این که فرمان مرکز مبنی بر سرکوبی متحصنین در صحن به ما ابلاغ شد به محل های خود اعزام شدیم ولی ساعتی بیش نگذشت که ناگهان خبر آوردند فوراً در کلانتری حاضر شوید. فوراً خود را به کلانتری رساندم دیدم سرهنگ قادری با حالت عجیب در فکر است و رنگ به رخساره فرمانده لشکر هم نمانده است. پس از حضور کلیه افسران، فرمانده لشکر اظهار داشت «حسب الامر جهان مطاع ملوکانه امشب بایستی مردم از صحنین خارج شده و تا صبح احدی در آن جا نماند.» ضمنا فرمان جهان مطاع صادر گردیده که اگر از دماغ یک نفر متحصنین خون جاری شود کلیه افسران آن لشکر اعدام خواهند شد. فرمانده لشکر اندکی بعد تلگرافی به این مضمون به مرکز مخابره کرد که در صورت مقاومت مردم، ممکن است تلفاتی وارد شود و صدور دستور و مسئولیت در این زمینه را به عهده مرکز نهاد.» ارسال این تلگراف به مرکز باعث شد تا نظمیه مملکتی راه حلی را ارائه نماید به این صورت که: «مامورین نظمیه مشهد با لباس آژان و سرباز غلفتا در موقعی که جمعیت تقلیل یافته به مسجد حمله و کلیه محرکین اعم از تجار، کسبه و علما را دستگیر و هر چه سریع تر از مشهد دور نمایند. در ضمن آن ها می توانند سلاح گرم زیر لباس خود پنهان نموده استفاده ای از آن ننمایند و در صورت نیاز فقط از سرنیزه استفاده نمایند. در این تلگراف قید شده بود که مامورین در انجام این ماموریت نباید هیچ ترس و باکی از کسی داشته باشند و باید لیاقت و فعالیت خود را در انجام وظایف محوله بروز دهند.» علی اصغر حکمت وزیر معارف و اوقاف وقت درباره صدور دستور حمله به متحصنین در مسجد گوهرشاد می نویسد: «شاه به محض رسیدن گزارش بست نشینی مردم در حرم امام رضا (ع) به مامورین نظامی مشهد امر صریح کردند که اگر تا فردا صبح آن جماعت جاهل و اغواشده را متفرق نکنند هر آینه به بالاترین مجازات نظامی گرفتار خواهند شد.» رسیدن اخبار موحش از خراسان به رضاشاه در صدور چنین دستوری نقش زیادی داشت. یکی از این اخبار، مقابله مردم با نظامیان و حمله به آنان در سطح شهر بود. لذا رضاشاه بلافاصله بعد از وصول این گزارش ها دستور سرکوبی مردم را صادر کرد. نصب مسلسل در خیابان تهران- منتهی به حرم- نشان از عزم نظامیان برای حمله به حرم داشت. مسجد از روحانیون جلیل القدر و مجتهدین خالی شده بود و بهلول مانده بود و احتشام با چندین واعظ که مردم را وعظ و نصیحت می کردند. بهلول که وخامت اوضاع را حدس می زد. دستمالی سیب برداشت و یکی را نصف کرده خودش خورد و نصف دیگر را به میان جمعیت انداخت و فریاد زد که این سیب ها را بخورید همچنان که تا لحظاتی دیگر گلوله ها را با هم خواهیم خورد. ضجه زنان و ناله و فریادهایشان چنان فضا را متاثر کرده بود که هیچ کس هیچ کاری از دستش برنمی آمد. حال و روز اسدی و دیگر مسئولیان آستانه و حتی دولتمردان بهتر از متحصنین و مردم عادی نبود. دستور از مرکز رسیده بود که به هر نحوی که باشد باید این غائله خاتمه پیدا کند.
تجاوز به مردم بی سلاح ابتدا مقرر شد هر فرماندهی از ناحیه ای حمله کند ولی چون بعضی از فرماندهان با شدت عمل مخالف بودند، قادری با قید این که «اگر ماما دو تا شود سر بچه کج بیرون می آید» فرماندهی عملیات را خواستار شد. مطبوعی هم که سردرگم و مضطرب بود، فرماندهی عملیات را به او سپرد و کلیه قوا تحت ریاست فرماندهی سرهنگ قادری قرار گرفت. چندین نفر از نظامیان با لباس مردم عادی به داخل مسجد رفته بودند تا هنگام حمله، در گشودن درها مساعدت کنید. از طرف دیگر بهلول دیگر متحصنین در حفاظت از درها، حساس بودند و تعدادی از افراد معتمد را در آن جا گماشته بودند تا در صورت حمله ماموران مقاومت کرده از ورود آنان به مسجد جلوگیری نمایند. به گفته محمدعلی علمی اردبیلی، لحظاتی بیشتر به اذان صبح نمانده بود که صدای اولین تیر شنیده شد. مسافری که آن شب در مهمانسرای رو به روی مسجد اقامت داشت، شش ساعت از صبح رفته را زمان اولین تیراندازی می داند و مؤذن حرم هم همین را تایید می کند. حاضران در مسجد، ابتدا کوبیده شدن کلنگی به در مسجد گوهرشاد را شنیدند و افرادی که کنار در بودند، واکنش نشان داده به مهاجمان یورش بردند در این اثنا، صدای تیری در فضا پیچیده و این تیراندازی آغاز حمله نظامیان بود. تیرانداز، یکی از افراد نظامی بود که بعد از شکسته شدن در صحن، وارد صحن شد ولی وقتی مورد حمله متحصنین قرار گرفت، برای نجات خود از دست مردم تیراندازی کرد. به محض شنیده شدن صدای تیر، سربازانی که با راهنمایی مسئولان آستانه از طریق راه هایی که فقط خدام حرم از وجود آن ها مطلع بودند، در پشت بام ها و صحنین مستقر و آماده صدور دستور بودند. همراه با سربازان دیگر که در بیرون صحن و حرم مطهر استقرار یافته بودند صدای تیراندازی را به منزله صدور دستور پنداشته به حرم حمله ور شدند. به محض حمله دولتی ها، محافظان درها علیرغم این که متوحش شده بودند ایستادگی کردند ولی در اثر حملات متوالی، عقب نشینی کردند. ابتدا نظامی ها در برابر مقاومت مردم از اسلحه سرد از جمله سرنیزه و شمشیرهای بلند استفاده می کردند و توانستند متحصنین را به عقب برانند ولی این عقب نشینی توام با مقاومت زیاد بود. با رسیدن مردم به اطراف منبر صاحب الزمان- که بهلول روی آن استقرار یافته بود- مردم یاعلی گویان به دولتی ها و ماموران حمله ور شدند و نظامیان را به طرف بیرون راندند. ماموران دولتی نیز که در تنگنا قرار گرفته بودند، شروع به استعمال سلاح گرم کردند و با مسلسل به افراد داخل صحن حمله ور شدند. در این هنگام بود که باران تیر، باریدن گرفته و مردم وحشتزده یکی یکی تیر می خوردند و به زمین می افتادند. صدای گلوله و مسلسل، فضا را پر کرده بود و داد و فریاد و ضجه زخمی ها و تیرخورده ها بلند شده بود. در این هنگام مردم دست از جان شسته درصدد گریز از این مقتل دهشتناک بودند. آنان تصور نمی کردند که روزی دولتی ها به حرم امام رضا (ع) حمله ور شوند ولی حالا می دیدند که با شدت هر چه بیشتر سرکوب می شدند و به خاک و خون افتادن همقطاران خود را می دیدند، لذا درصدد رهایی خود برمی آمدند. آیت الله سید عبدالله شیرازی دیگر روحانی حاضر در مسجد گوهرشاد در شب حادثه در این باره می گوید: «تاریک بود، تیر مثل باران می آمد. مردم به این طرف و آن طرف فرار می کردند و یا علی و یا الله می کردند و فریاد می زدند. یک ساعت و نیم، دو ساعت فقط سر و صدای این بود که این ها جای خودشان را تغییر می دهند. همین طور تیر خالی می کردند و مردم فرار می کردند و به دارالسیاده می رفتند و جای خود را عوض می کردند و نظامی ها هم پشت سر آن ها. من از دارالسیاده بیرون آمدم به حوضخانه رفتم. دیدم بعضی از مردم گلوله خورده اند و بعضی در حال فرارند. بعضی روی درخت ها رفته بودند. با روشن شدن هوا، صداها همه ساکت شد و دولت غلبه کرد.» وقتی سپیده سر زد، نه صدای گلوله بود و نه صدای یاعلی یاعلی قزاقان فاتح در پناه مسلسل های کور و نابینای خویش پا روی کشته شدگان بر زمین افتاده می گذاشتند و به دنبال زنده هایی بودند که در پناهگاهی از دسترس گلوله دور مانده بودند. مردم مستاصل، تسلیم شدن را آخرین چاره می دیدند. آنان دست هایشان را به حالت تسلیم بالا می بردند ولی ماموران توجهی نمی کردند و بعضی را همان دم می کشتند و یا اینکه جیب هایشان را گشته و محتویات آن را به یغما می بردند