با حکم شورای انقلاب، حضرت آیت الله خامنهای به شورای عالی دفاع منتقل و به عنوان نماینده شورای انقلاب در این وزارت خانه، به ایفای مسئولیت پرداختند.
در ماههای آغازین فعالبت دولت موقت، از سوی عناصر و جریانات مختلف سیاسی، انتقادات فراوانی نسبت به کارکرد غیر انقلابی این دولت ابراز میشد. این انتقادات نهایتا به این تصمیم منتهی شد که تنی چند از روحانیونِ شورای انقلاب، به برخی از وزارتخانههای کلیدی دولت اعزام و نسبت به حسن انجام فعالیتها نظارت و در آن مشارکت داشته باشند. در امتداد این تصمیم و با حکم شورای انقلاب، حضرت آیت الله خامنهای نیز به شورای عالی دفاع منتقل و به عنوان نماینده شورای انقلاب در این وزارت خانه، به ایفای مسئولیت پرداختند. پس از استعفای دولت موقت و در چنین روزی، شورای انقلاب مجددا طی حکمی ایشان را به عنوان «معاون وزیر و نماینده شورای انقلاب در وزارت دفاع» منصوب کرد. اشتغالات نظامی رهبر معظم انقلاب پس از آن نیز در مناصبی چون نماینده امام خمینی در سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و نماینده امام در شورای عالی دفاع تداوم یافت.
تصاویری که درپی می آید، نمایانگر فعالیتهای رهبر معظم انقلاب در این دوره زمانی است.
1358، آیت الله خامنه ای در کنار تنی چند از اعضای دولت موقت در بازدید از یکی از مراکز نظامی- در تصویر شهید چمران نیز دیده میشود
1358، آیت الله خامنه ای در کنار تنی چند از اعضای دولت موقت در بازدید از یکی از مراکز نظامی
1359، آیت الله خامنه ای در یکی از جلسات شورای عالی دفاع
1359، آیت الله خامنه ای با لباس نظامی در حال اقامه نماز جمعه تهران در دوران نمایندگی امام در شورای عالی دفاع