محمدرضا پهلوی در سال 1337 دست به تصفيه بزرگی در نيروي هوايی زد و كليه امرا را بازنشسته و يا به واحد ديگر ارتش انتقال داد، تنها سرتيپی كه باقی ماند خاتمی بود.
ارتشبد محمد خاتمی فرمانده نيروي هوايی ايران (1354-1337) فرزند محمود خاتمی و خواهرزاده سيدحسن امامی (امام جمعه تهران) در سال 1297ش در شهر رشت به دنيا آمد. پس از تحصيلات ابتدایی، دوره متوسطه را در كالج آمريكایی (دبيرستان البرز) گذراند. در سال 1318 وارد اولين دوره رسته هوایی در دانشكده افسری شد و با درجه ستوان دوم هوایی فارغالتحصيل گرديد. سپس در سال 1323 براي تكميل فن خلباني به كشور انگليس رفت. پس از بازگشت به ايران در سال 1325 خلبان مخصوص محمدرضا پهلوی و بعد به آجودانی وي منصوب گرديد. محمدرضا پهلوی در سال 1337 دست به تصفيه بزرگی در نيروي هوايی زد و كليه امرا را بازنشسته و يا به واحد ديگر ارتش انتقال داد، تنها سرتيپی كه باقی ماند خاتمی بود. او را فرمانده نيروی هوايی كرد اختيارات زيادي به وی تفويض نمود. او درجات نظامی را سريعاً طی نمود به افسران خارج از آييننامه و مقررات درجه ميداد و اكثر افسران و امرا از سرسپردگان وی بودند. همچنين اعتبارات سنگيني براي خريد هواپيما و تأسيس پايگاههای هوایی در اختيار گرفت و نيروي هوايی قدرتمندی تشكيل داد. محمد خاتمي در 21 شهريور سال 1354 ضمن يك پرواز تفريحی با كايت (بال پرنده) در سد دز سقوط كرد و جان سپرد، در همان ايام گفته می شد سقوط او از كايت خواسته شاه بوده و به طور آشكار و پنهان در اذهان عمومی ارتشيان مخصوصاً پرسنل نيروي هوايی زبانزد بود و همه شاه را قاتل ميدانستند، همچنين بعدها با انتشار كتاب يادداشتهای اسدالله علم (وزير دربار) معلوم می شود كه شاه نسبت به مرگ محمد خاتمی خود را چندان متأثر نشان نمی دهد و علم نيز خوشحالی خود را از اينكه اين واقعه باعث شكستگی شاه نشده است، ابراز می دارد.