درباره پدر مقام معظم رهبری کمتر سخن به میان آمده است. این در حالی است که او در زمره بزرگان و متفکران زمانه خود در مشهد بوده است؛ اما خود کمتر تمایل داشت مورد توجه قرار گیرد. برادر بزرگ مقام معظم رهبری درباره خصوصیات پدر خود از منظر علمی می گویند . . .

آیت الله سید جواد خامنه ای در کمال زهد و پرهیزگاری زیست و پس از عمری طولانی و پربار سرانجام در 93 سالگی در 15 تیر 1365 از دنیا رفت و در توحید خانه مرقد امام رضا (ع) به خاک سپرده شد.