این رفتار عجیب شاه قاجار به نوشته مورخین ناشی از خلق و خوی خاص او و عقده فروخورده روزگار اسارتش در شیراز بود. گویی رفتار محترمانه و نیکی و خوش رفتاری کریمخان با او و خانوادهاش هم در نرم شدن دلش اثری نداشت.
سرجان ملکم مینویسد: «استخوان کریم خان را از قبر بیرون آورده به طهران برد و... در آستانه سرای سلطنت دفن کرد تا به خیال خود هر روز استخوانهای دشمنان را پامال کرده باشد.»
«با مرگ کریم خان زند در سحرگاه سیزدهم صفر ۱۱۹۳ه.ق امرا و بزرگان زندیه در شیراز به نزاع و درگیری برخاستند و سرانجام وقتی زکی خان بر دیگر مدعیان پیروز شد و بر اوضاع تسلط یافت، جسد وکیل را بعد از سه روز که روی زمین مانده بود در یکی از حجرات عمارت کلاه فرنگی در باغ مجاور ارگ کریمخانی که بخشی از آن امروزه به نام باغ نظر یا موزه پارس شهرت دارد، به خاک سپردند.
منابع اولیه دوره زند به این مطلب اشاره دارند: «بعد از آن که از آن امور فراغتی حاصل شد، زکی خان علما و فقهای فاضل را جمع آورده... به آیین شریعت غرا به تغسیل و تکفین جسد مطهر خاقان مغفور پرداخته در اندرون باغ جدید سلطانی در صفحه جنوبی عمارت کلاه فرنگی مدفون ساختند.»
تاریخ گیتی گشا هم روایت مشابهی دارد: «جمهور امرا و اعیان سیاهپوش شدند و جنازه مغفرت اندازه را زیب دوش کرده و در عمارت وسط باغی که از بناهای آن حضرت در جنب ارگ بود مدفون نمودند.»
تنها یکی از منابع مقبره او را در مجاورت شاهچراغ نوشته است: «نعش او را به قانون و دستور پادشاهان برداشته تمامی بزرگان و علما و خلق شیراز در جنازه او حاضر شده، بعد از غسل و کفن و نماز در نزدیکی شاهچراغ او را دفن کردند.»
همچنین عینالسلطنه در حدود صد سال بعد صفهای را در عمارت باغ کلاه فرنگی شیراز دیده که مشهور بوده قبر اولیه کریمخان در آنجا قرار داشته است. اما آرامگاه کریمخان در شیراز که مورد احترام و توجه مردم بود، خیلی زودتر از آنچه باید، گرفتار طوفان بلایا شد و تخریب شد.
درست سیزده سال بعد آغامحمدخان قاجار چون به شیراز دست یافت، از حق دیرین و محبتهای قدیم وکیل در حق خویش چشم پوشید و در روز ورود به شهر در ۱۸ شوال۱۲۰۶ ه.ق دستور داد مقبره وکیل را تخریب کنند و باقیمانده جسد او را به تهران ببرند و در محل عبور روزانهاش دفن کنند. با این که این روایت بسیار مشهور در تواریخ رسمی دوره قاجار تعمداً مسکوت گذاشته شده است، اما در بسیاری از منابع دیگر مورد اشاره قرارگرفته است: «رحمان خان یوزباشی بیات را فرمودند سر و استخوان کریم خان در شیراز به قول حکیم انوری «همچو ریواج پروریده شده - وقت از خاک برکشیدن اوست» برو استخوانهایش را بیاور در کرباس محل عبور من دفن کن که هر وقت از روی آن میگذرم روح او به یادم بیاید.»
سرجان ملکم مینویسد: «استخوان کریمخان را از قبر بیرون آورده به طهران برد و... در آستانه سرای سلطنت دفن کرد تا به خیال خود هر روز استخوانهای دشمنان را پامال کرده باشد.»
این عمل در مواردی حتی در همان دوره قاجار هم مورد اشاره و کنایه قرار گرفته است: «در اینجا بعضی افعال ناشایسته و سزاوار از قبیل نبش لحد و نقل جسد پادشاه عادل... از آن پادشاه قهار به ظهور رسید.»
فارسنامه مینویسد: «... به دولت و اقبال وارد شیراز جنت طراز شد و در باغ وکیلی نزول اجلال نمود و در عمارت کلاه فرنگی بر سر قبر مغفرت پناه کریم خان وکیل نشست و سلام عام را گذرانید و چون برخاست میرزا محمدخان لاریجانی را مأمور به نبش قبر آن مغفرت توأمان داشت و جنازه وکیل را درآورده روانه طهران فرموده در میان کریاس خلوت کریمخانی دفن نمودند.»
این رفتار عجیب شاه قاجار به نوشته مورخین ناشی از خلق و خوی خاص او و عقده فروخورده روزگار اسارتش در شیراز بود. گویی رفتار محترمانه و نیکی و خوش رفتاری کریمخان با او و خانوادهاش هم در نرم شدن دلش اثری نداشت.
«آوردن استخوانهای کریم خان از شیراز به تهران و دفن آن در محلی که مستخدمین او در موقع سلام با کفش آنجا بایستند، نیز نتیجه افکار زمان اسارت و هوی وهوس انتقامجویانه اوست.»
مشهور است که استخوانهای وکیل تا پایان دوره قاجار در همان محل پلههای ورودی خلوت کریم خانی باقی بودند. بعضی روایات هم اشاره دارند که تنها سر او به تهران آورده و در آن محل دفن کردند. البته مؤلف فارسنامه ناصری مینویسد که در دوره فتحعلیشاه جسد وکیل را از آن محل خارج کرده و به نجف اشرف فرستادند. با این که روایات متفاوتی درباره محل دقیق دفن وجود دارد اما محرز و مشهور است که در محل خلوت کریم خانی بوده است. «در گوشه شمال غربی محوطه گلستان چسبیده به تالار سلام، بنایی سرپوشیده و ستوندار به صورت ایوان سه دهنهای وجود دارد که... جلوخان یا خلوت کریم خانی نامیده میشود؛ چنان که از نامش پیداست از دو نظر از محلهای قدیمی و تاریخی به شمار میرود. یکی به سبب اساس بنای آن که در زمان کریم خان نهاده شده و دیگربه سبب ستم و عمل ناجوانمردانهای که آغامحمدخان قاجار در این محمل با استخوانهای پوسیده کریمخان زند روا داشته بود.» با فرو افتادن قاجاریه و اوجگیری احساسات ضد قاجاری این مسأله هم مجدداً بعد از دقیقاً ۱۳۴ سال مورد توجه قرار گرفت. در یکی از جلسات مجلس در آذر ۱۳۰۴ یکی از نمایندگان پیشنهاد جابهجایی استخوانهای وکیل را مطرح کرد: «آقا شیخ محمدعلى طهرانى: ... البته همه آقایان مىدانند وقتى که سلطنت منتقل به قاجاریه شد یک نفر از بزرگترین سلاطین ایران کریم خان زند که خدمات او نسبت به ایران و اخلاق ایران و استقلال ایران در تمام تواریخ ایران بلکه تواریخ خارجه مشحون است نعش این رادمرد وطن پرست اخلاقى را از مقبره او حرکت دادند و استخوانهاى او را آوردند به طهران و آغامحمدخان امر کرد در زیر تخت مرمر دفن کنند که هر وقت میرود روى تخت پا به استخوانهاى او بگذارد.
حتى بنده در تاریخ سر جان ملکم دیدم که این اسائه ادب نسبت به بزرگترین پادشاهان ایران نادر شاه افشار هم اتفاق افتاده است... بنده تقاضا میکنم از روح پاک مجلس که روح پاک ایرانى است که از دولت حاضر بخواهند که این استخوانهاى پر از شهامت و شجاعت و وطنپرستى و اسلامیت را از این مکان بیرون بیاورند و به یک مکان مقدس که قابل براى احترام باشد دفن کنند...»
چند روز بعد در حضور رضا شاه این کار در محل خلوت کریم خانی کاخ گلستان انجام گرفت. امروزه تصاویری از این ماجرا در دسترس است.
«مقصود اعلیحضرت این بود که کله کریم خان را که آغامحمدخان زیر پله راهرو تخت مرمر دفن کرده بود، از زیر خاک بیرون بیاورند. باید توضیح داده شود که در شرق تخت مرمر محلی بود که به خلوت کریم خان معروف شده بود. اینجا حوضخانهای بود با دو حوض و آب قنات شاه از زیر دو حوض میجوشید و فوران داشت. در ضلع جنوبی این خلوت، راهرویی بود که به تخت مرمر متصل میشد. آنجا آغامحمدخان سرِ کریم خان را زیر پلههای این راهرو دفن کرده بود تا هر وقت از آنجا عبور میکند سر کریم خان زیر پایش باشد... دستور داده شد کارگران پله را با ملایمت جمع کردند. مقداری استخوان پوسیده از زیر خاک بیرون آوردند و در بشقاب و سینی گذاشتند. مهندس شریفزاده سینی را و تیمورتاش هم شمشیر کریم خان را در دست نگه داشت. خادم عکاس که آماده بود عکسی از این منظره باحضور اعلیحضرت برداشت.»
این واقعه در کتاب روزشمار تاریخ ایران در شرح مطالب روز پنجشنبه ۱۷دی ۱۳۰۴ این گونه آمده است.