وی پس از پیروزی انقلاب، مدتی حاکم شرع و قاضی دادگاه‌های انقلابی بود و نیز مدتی ریاست ستاد مبارزه با مواد مخدر را بر عهده داشت. رفتار قاطع آیت الله خلخالی در این مناصب محبوبیت فراوانی را در جامعه انقلابی ایران برای او رقم زد.