در سال 1356 بحرانی گریبان سلطنت پهلوی را گرفت که پی‌آمد‌های آن پایان عمر رژیم را حتمی کرد. و آن بحرانی بود که با شهادت آیت‌الله سید مصطفی خمینی آغاز شد. ایشان در آخرین ساعات روز 1356/7/30در منزل خود در شهر نجف اشرف به شیوه‌ای نامعلوم به شهادت رسید.