بنی‌صدر در دوم اردیبهشت ماه 1359 به اتفاق دیگر اعضای شورای انقلاب در دانشگاه تهران حاضر شد. در پیام رادیویی به عنوان رئیس جمهور و از اقدام مردم و دانشجویان مسلمان در تعطیل نمودن دفاتر گروه‌ها در دانشگاه‌ها، حمایت کرد.