آقا محمد خان به سال ۱۲۰۵ یا ۱۲۰۶ ق. سکته ای بر او عارض شد و در هر صورت به مساعی دو نفر از اطباء پس از سه روز صحت یافت. بر این اساس پس از بهبودی دستور به بازسازی حرم حسینی داد.
آقا محمدخان مؤسس سلسله قاجار پسر بزرگ و ارشد محمد حسن خان قاجار قوانلو در محرم سال 1155 ق. در گرگان زاده شد. وی غالباً مشاور کریم خان زند بود. پس از مرگ کریم خان زند که به سال 1193 ق. در شیراز از دنیا رفت اوضاع کشور به هرج و مرج گرائید و ملوک الطوایفی حکم فرما شد در خلال 17سال به همه این طوایف غلبه نمود و در سال 1210 ق. تاجگذاری نموده، دولت قاجاریه را تأسیس کرد. گفتهاند آغا محمد خان به سال 1205 یا 1206 ق. سکته ای بر او عارض شد و در هر صورت به مساعی دو نفر از اطباء پس از سه روز صحت یافت. بر این اساس پس از بهبودی به عبدالرزاق خان حاکم کاشان دستور داد مهندسین و معماران و زرگرها را جمع نموده قبه و گنبد امام حسین (ع) را از نو به طرز جالب بسازند و کاملاً طلاکاری و زراندود نمایند و حاکم به دستور شاه عمل نموده و حاجی سلیمان صباحی کاشانی در این مورد قصیده ای گفت
محمد شاه در سال 1211 ق. شب سه شنبه 21 ذی الحجه در سن 57 سالگی (6) در قلعه پناهآباد که فعلاً در کشور روسیه واقع است در حال خواب به دست دو نفر از نزدیکان خود کشته شد و جسد او را به کربلا حمل نمودند. اما بنا به گفته رضا قلی خان هدایت آقا محمد خان را ابتدا در شوش به خاک سپردند بعد از آنکه فتحعلی شاه به سلطنت رسید جسدش را از شوش به تهران حمل و در حضرت عبدالعظیم امانت گذاشتند. سپس آن را در 26 جمادی الاولی 1212 ق. به نجف منتقل و در مسجد پشت سر ضریح حضرت امیرالمؤمنین علی (ع) با فاصله هفت ذرع از مرقد امام دفن کردند.