یکی دیگر از ابعاد شخصیتی آیتالله قاضی طباطبایی، بعد علمی ایشان است. ازویژگیهای قابل توجه وی، دارا بودن مقام برجسته در زمینة علوم اسلامی توام باپیشقدمی در مبارزات نهضت اسلامی است. همه تلاشهای وی در حوزههای علمیهتبریز، قم و نجف آثار متعددی است که از ایشان در شاخههای مختلف اسلامی(رجال، کلام، فلسفه، تاریخ، تفسیر) بر جای مانده است.