با تمام تلاش رژیم پهلوی در محدود کردن آیتالله خامنهای، حاصل فعالیت ایشان در مشهد در دههی 40 و 50، تقویت اسلام سیاسی و ظهور جوانانی بود که پیرو خط امام بودند. به عبارتی فعالیت ایشان باعث شد تا در اواخر دههی 50، مشهد به یکی از کانونهای مبارزه علیه رژیم پهلوی تبدیل شود.