فعالیتهای تشکیلاتی حزب جمهوری اسلامی در نهایت به دلیل اختلافات شدید درون حزبی که از اواخر سال 60 و با حذف طیف لیبرالها از صحنه سیاسی کشور آغاز شده بود در سال 1366 متوقف شد
در آغاز انقلاب و با توجه به تجربههای تاریخی زمان مشروطه و حتی جلوتر از آن، این احساس در نیروهای مذهبی معتقد به نظام اسلامی تقویت شد که بدون ایجاد تشکل و سازماندهی موفقیت آنها امکانپذیر نخواهد بود. بهویژه آنکه در آن زمان دستهها و سازمانهای سیاسی غیرمذهبی مانند جبهه ملی، حزب توده، چریکهای فدایی خلق و گروههای التقاطی مثل مجاهدین خل، مسلمانان مبارز و نهضت آزادی در عرصه سیاسی کشور فعالیت میکردند و در صورت عدم انسجام نیروهای مذهبی معتقد به ولایت فقیه میتوانستند نبض سیاسی کشور را در اختیار بگیرند.
بنابراین افرادی همچون شهید آیتالله بهشتی، حضرت آیتالله خامنهای، آقای هاشمی رفسنجانی و دیگرانی که در راس این طیف مذهبی مبارز قرار داشتند ضرورت ایجاد یک تشکل فراگیر سیاسی مانند حزب جمهوری اسلامی را مطرح کردند.
موسسان حزب بر این باور بودند که مرحله پس از پیروزی انقلاب مرحله بسیار سخت و حساسی است که مبارزه با ضدانقلاب، حراست از انقلاب و استقرار نظام اسلامی را شامل میشود و این کار جز با تشکل و اتحاد نیروهای مومن و انقلابی شدنی نبود.
سرانجام با تایید امام و سعی و پیگیری سران نیروهای انقلابی مبارز، در 29 بهمن 1357، هفت روز پس از پیروزی انقلاب اسلامی، حزب جمهوری اسلامی اعلان موجودیت کرد و آیتالله بهشتی به سمت دبیرکلی آن برگزیده شد. از هنگام تاسیس تا انحلال، حزب جمهوری اسلامی به مدت نزدیک به 10 سال، در راس فعالیتهای سیاسی کشور و انقلاب برعهده داشت و در رقابت با گروههای سیاسی دیگر وظیفه هدایت و بسیج نیروهای انقلابی را برعهده داشت.
با این همه، فعالیتهای تشکیلاتی حزب جمهوری اسلامی در نهایت به دلیل اختلافات شدید درون حزبی که از اواخر سال 60 و با حذف طیف لیبرالها از صحنه سیاسی کشور آغاز شده بود در سال 1366 متوقف گردید. انحلال حزب ریشه در عوامل متعددی داشت که ریشه اصلی آن را در ترکیب ناهمگون اجتماعی حزب باید جستجو کرد. حزب در واقع تشکیل یافته از نیروهای پراکنده اسلامی و انقلابی بود که پیش از انقلاب فعالیتهای سیاسی و مبارزاتی داشتند و گاه هیچ گونه شناختی نسبت به یکدیگر نداشتند و صرفا به واسطه هیات موسس به هم گره خورده بودند. اینها هر یک در مسائل سیاسی، اقتصادی و فرهنگی دارای دیدگاههای مختلفی بودند که هیچ همخوانی با هم نداشتند و این تشتت فکری و ناهمگونی در خاستگاههای سیاسی و اعتقادی عملا حزب را به یک جبهه سیاسی مبدل ساخته بود.
این تعارضات از اواخر سال 1360 به دلایل گوناگون شدت یافت و باعث افول فعالیتهای حزب گردید. دو جناح موجود در حزب جمهوری اسلامی اختلافات عمده در مسایل اقتصادی، فرهنگی و اجتماعی داشتند. یک جناح که اعضای شاخص آن آقایان ابوالقاسم سرحدیزاده، مسیح مهاجری، علیرضا بهشتی، جواد اژهای و میرحسین موسوی بودند به اقتصاد دولتی و متمرکز اعتقاد داشتند و به خط امامی مشهور بودند و در سوی دیگر حزب افرادی نظیر آقایان عبدالله جاسبی، اسدالله بادامچیان و مرتضی نبوی عمدتا بازار سنتی را نمایندگی میکردند و به بخش خصوصی و تجارت آزاد معتقد بودند. این اختلافات به اندازهای بود که برخی اعضا اسرار حزب را به دیگران میگفتند و به دنبال مقاصد دیگری بودند.
با این همه، سه عامل اصلی را میتوان در تضعیف و انحلال حزب جمهوری اسلامی دخیل دانست:
نخست اینکه تا پیش از آن، عملکرد حزب در واقع واکنشی بود در برابر گروههای معارض و رقیب همچون لیبرالها و ملیگرایان. هدف اصلی از تاسیس حزب جمهوری اسلامی حفظ دستاوردهای انقلاب و مقابله با ضدانقلاب بود. حزب جمهوری در هدایت و پیشبرد نیروهای اصیل و مکتبی، توانایی زیادی از خود نشان داد که ظهور و بروز آن را به خوبی میتوان در انتخابات مجلس اول شورای اسلامی و دیگر مواضع و موقعیتهای حساس سیاسی دید. وجود گروههای رقیب تا اواخر سال 60 موجب میشد تا اختلافات داخلی حزب فرصت تظاهر پیدا نکند، اما با حذف این گروهها از صحنه سیاسی کشور طبیعتا فلسفه وجودی حزب نیز که مقابله با آنها بود از بین رفت. بهویژه که با رخ دادن جنگ تحمیلی، نوعی یگانگی و بسیج عمومی برای حفظ و حراست از انقلاب و مملکت پدید آمده بود که از شدت رقابتهای حزبی و سیاسی میکاست.
دوم اینکه نحوه مدیریت شهید بهشتی، مقبولیت و نفوذ بالای ایشان در میان اعضا و دیگر رهبران حزب عامل مهمی در کاهش تنشهای داخلی حزب بود. شهید بهشتی، راس ارکان حزب بود و با دتبیر، درایت و دانایی ویژه خود نه تنها در عرصههای سیاسی کشور به شدت تاثیرگذار بود در جریان تحولات و فعالیتهای حزب جمهوری اسلامی هم تاثیر نخست را داشت. شهادت ایشان شکاف بزرگی در حزب پدید آورد و زمینه شدت یافتن تضادهای درونی در داخل آن را فراهم کرد.
سوم اینکه کثرت اشتغالات رهبران حزب، آنها را از مسائل و نیازهای اساسی حزب و رسیدگی درست و کامل به امور باز میداشت. به این ترتیب حزب از درون دچار خلا تشکیلانی و بن بست تولید فکر مناسب با فعالیتهای آن شد و روز به روز به سوی سستی و ضعف حرکت کرد. بسیاری از اعضای باسابقه و تاثیرگذار حزب به دست گروهکهای معاند حذف فیزیکی شده بودند و گروه دیگری هم یا درگیر فعالیتهای شدید سیاسی -بهویژه در فضای جنگ تحمیلی- بودند و این امر، فعالیت حزبی را با مشکل روبرو میکرد
به این ترتیب، بزرگان حزب، هنگامی دیدند که حزب دیگر آن کارایی گذشته را ندارد بلکه زمینههای بروز اختلافات و از میان بردن انسجام مسئولان نظام را فراهم میکند و نیز فلسفه وجودی خود را از دست داده است با نگارش نامهای به امام خواستار موافقت ایشان با توقف فعالیتهای آن گردید. آیتالله خامنهای و حجتالاسلام و المسلمین هاشمی رفسنجانی در نامهای به امام ضمن اشاره به انگیزه تأسیس حزب جمهوری اسلامی در آغاز انقلاب و خدماتی که حزب به انقلاب اسلامی کرده بود، یادآور شدند در شرایط موجود، ضرورتی برای وجود حزب نیست و جامعه به وحدت و انسجام نیازمند است و ممکن است تحزب بهانهای برای ایجاد اختلاف و موجب خدشه در وحدت ملت گردد و پیشنهاد کردند حزب جمهوری اسلامی فعالیتهای خود را متوقف کند. امام نیز در پاسخ به نامه فوق، با این پیشنهاد موافقت نمود. در نامه امام آمده بود:
« ...موافقت میشود، لازم است، تذکر دهم که حضرات آقایان مؤسین محترم حزب مورد علاقه اینجانب میباشند، امیدوارم همگی در این موقع حساس با اتفاق و اتحاد در پیشبرد مقاصد عالیه اسلام و جمهوری اسلامی کوشا باشید...» به دنبال این در خواست در تاریخ 11/3/1366 و با کسب موافقت امام خمینی (رحمةاللهعلیه)، حزب جمهوری اسلامی همه فعالیتهای خود را متوقف کرد.