روز 31 تیر 1296 در پی ارائه اسامی و نشانی اعضای «کمیته مجازات» از سوی یکی از اعضای کمیته به نام بهادرالسلطنه، کلیه اعضای کمیته دستگیر شدند.
. اواخر سال 1295 هجری شمسی، ابراهیم منشیزاده و اسدالله ابوالفتحزاده که هر دو از هواداران نهضت مشروطه بودند، به منظور مقابله با مخالفان، تشکیلاتی را به نام ” کمیته مجازات“ پایهریزی کردند.
کمیته مجازات عنوان گروهی بود با مشی قهرآمیز که 10 سال پس از انقلاب مشروطیت شکل گرفت و میخواست از طریق اعمال خشونت به آرمانهای خود دست یابد.
این گروه گرچه عمری بیش از دو سال نداشت اما حکایتی مکرر داشت در سالهای بعد. بعد از به توپ بستن مجلس و تعطیلی آن، مشروطهخواهان در به در شده و همه دستاوردهایشان را بر باد رفته میدیدند.
سکوت مرگبار و خفقان سنگین پس از انحلال مجلس، برای آزادیخواهانی که به انقلاب مشروطیت دل بسته بودند سخت آزاردهنده بود.
قزاقها مجلس را گلولهباران کرده و نمایندگان را تار و مار کردند، تعدادی از مشروطهخواهان را دستگیر کردند که در باغشاه به دار آویخته شدند. تعدادی به سفارتخانهها پناهنده شده و به خارج از کشور رفتند. عدهای هم خانهنشین بودند. اما شرایط چنان که مستبدین میخواستند پیش نرفت. بار دیگر مقاومت شکل گرفت.
در تبریز تلاشهایی برای بازگرداندن حکومت قانون آغاز شد. به تدریج در اصفهان، رشت و تهران نیز تکاپوهایی شروع شد.
اعتراضات شکلها و روشهای مختلفی داشت. از آن میان برخی افراد نیز به روشهای تندتر و خشنتر رغبت داشتند هرچند خشونت از همان سال پس از مشروطه نیز پایهگذاری شده بود.
کشتن اتابک اعظم توسط عباس آقا به پشتوانه گروهی از مشروطهخواهان از آن جمله بود. با بازسازی دوباره استبداد محمدعلیشاهی زمینه گرایش خشونت و نظامی شدن فراهم شد. کسروی از واقعه ترور شیخ فضلالله نوری یاد میکند که در روز 19 دیماه 1287 اتفاق افتاد: «جمعهشب بود و شیخ از دیدن کسی برمیگشت که هنگام پیاده شدن از درشکه توسط شخصی که بعد معلوم شد کریم دواتگر است به وسیله ششلولی هدف قرار گرفت. گلولهها به همراهان شیخ اصابت کرد و شیخ مجروح شد ولی جان سالم به در برد. کریم که خود را گرفتار اطرافیان دید، زیر گلوی خود گلولهای شلیک کرد که از گونهاش بیرون پرید. مجروحان را به خانه شیخ بردند و به مداوایشان پرداختند. کریم نیز مانند بقیه مجروحان بهبود یافت و به جرم این اقدام به زندان افتاد. او در زندان بود که مشروطهخواهان بر محمدعلیشاه و دشمنان مشروطه پیروز شدند.» (تاریخ مشروطه، احمد کسروی، ص830)
محمدعلیشاه به روسیه گریخت و شیخ فضلالله نوری توسط فاتحان تهران به دار آویخته شد. کریم دواتگر که پیشتر قصد کشتن شیخ فضلالله را کرده بود از زندان آزاد شد و شاید خود را پیشتاز و پیشکسوت جریانی میدید که آن روزها جاری بود. آشکار بود که حس انتقام بر تحقق اهداف و آرمانها غلبه دارد؛ اما کریم به جای ترک خشونت و ترور، چند سال بعد به کاری سازمانیافته و تشکیلاتی برای کشتن مخالفان روی آورد.
ابتدا میرزا اسماعیل خان رئیس انبار غله در سیستان ترور شد و سپس عبدالحمید ثقفی (متینالسلطنه) مدیر روزنامه عصر جدید که حامی نامبرده بود در اول خرداد 1296 ترور شد.
احتمالاً پس از این ترور، ماژور احمد استوار معاون نظمیه به صورت ابهامآمیزی به قتل میرسد و شایع بود نصرتالدوله به کمک و ستد اهل رئیس کل نظمیه او را از میان برداشته است که در یکی از اسناد پیوست به این مسئله اشاره شده است.
سایر اسناد نیز مرتبط با ترور نامبردهاند و از متهمینی منجمله اکبر نخجوانی، عماد همایون، حاج اسماعیل ایرانی، احدخان مفتش تأمینات، و غلامحسین افضلی نام برده شده است.
مجازاتهای تعیین شده برای آنان، آزادی برخی افراد و تلاش شخصیتهایی چون امام جمعه یحیی خویی و محمد بن زینالعابدین برای آزادی غلامحسین افضلی از زندان از دیگر مسائل مطرح شده هستند.