پس از مرگ مظفرالدین شاه فرزندش محمدعلی میرزا قاجار به تخت سلطنت جلوس نمود. با اصرار محمدعلی شاه، اتابک اعظم به ایران فراخوانده شد و به مقام نخستوزیری منصوب گردید. حدود چهار ماه نخستوزیر و وزیر کشور بود تا در روز 21 رجب 1325ق در حالی که با سید عبدالله بهبهانی از مجلس خارج میشد در صحن بهارستان با ضرب گلوله عباس آقا صراف تبریزی به قتل رسید و ضارب هم پس از دستگیری اقدام به خودکشی کرد. جنازه اتابک به قم حمل و در مقبره اختصاصی خویش به خاک سپرده شد.