درگذشت مشکوک و رحلت آیتالله سیدمصطفی خمینی در نخستین روز آبان سال 1356 باعث شد که مراسم یادبود متعددی در قم و شهرهای بزرگ ایران برگزار شود. سخنرانان این مجالس از امام خمینی(ره) و فرزندشان تجلیل کردند. این اتفاق سراسری باعث شد نهضت امام وارد مرحله جدیدی شده و نقطه عطفی برای انقلاب اسلامی رقم بخورد. حکومت پهلوی هر چند از برگزاری این مراسمها وحشتزده بود، اما نمیتوانست با برگزاری آنها مقابله کند.
فاصله بین مراسمهای ختم و چهلم سید مصطفی خمینی فرصت مناسبی بود تا روحانیت در مورد نحوه برگزاری مجالس چهلم ایشان برنامهریزی کنند. با نزدیک شدن به چهلم حاج سیدمصطفی در حوزه علمیه قم شایع شد که به مناسبت این روز مراسم بسیار مفصلی در قم برگزار خواهد شد. البته به گزارش اسناد ساواک، در نتیجه مراقبتهای ویژه و شدید مأموران امنیتی، این مراسم در اصفهان برگزار نشد.