یکی از موارد مندرج در قانون اساسی، موضوع متساوی بودن حقوق افراد و گروه‌های مختلف بود. این موضوع، بحث و جنجال زیادی را در مجلس به پا کرد؛ زیرا کلیت این اصل با قوانین شرعی اسلام در تضاد بود. مخالفت با این اصل از سوی شیخ فضل‌الله نوری مطرح شد

بعد از تصویب قانون اساسی، گروهی از روحانیون خواستار مطابقت قوانین با احکام اسلامی شدند. با این حال در میان این روحانیون نیز اختلافاتی بر سر نحوه و میزان نظارت مجتهدین شرع بر قوانین وجود داشت. چنانچه برخی نظارت را در حد عدم دخالت جایز می‌دانستند؛ اما برخی از روحانیون این حد را فراتر از نظارت در نظر گرفته و تا مداخله مستقیم تجویز می‌کردند.