رصد خانه از اواسط قرن پانزدهم رو به ویرانی نهاد و در حفاری‌ها بخشی از پی‌ها و بخش مدفون شدهٔ زاویه یاب را کشف شد.رصدخانه در سال ۱۴۴۹ توسط متعصبین مذهبی تخریب گشت و در سال ۱۹۰۸ بود که توسط یک باستان شناس روسی ویاتکین از طریق وقفنامه‌ای که محل دقیق رصدخانه را ذکر نموده بود کشف شد.