عباس میرزا آماده پرداختن به کار هرات می‌شد. پس از تمشیت امور خراسان، به درخواست عباس میرزا فرمان حکومت خراسان برای فرزندش محمدمیرزا صادر شد. میرزا، موسی رشتی را به وزارت پیشکار او، و میرزا موسی خان برادر کوچک قائم مقام را به نیابت تولیت آستان قدس برگزید.

شکست ایران در پی جنگ‌های طولانی با روسیه، عباس میرزا را نسبت به ضعف سیاسی و نظامی کشور آگاه کرد. از این رو، وی از اولین کسانی بود که اندیشه ایجاد ارتشی مدرن و قوی را مطرح نمود. البته مشاوره قائم مقام نیز در این اندیشه بی‌تاثیر نبود

شیوه تفکر و زمامداری قائم‌مقام متفاوت از شاه و درباریان بود، او فرزند زمانه خود نبود، بلکه از نظر تفکر سیاسی، زمانه خود نیز جلوتر بود. در اندیشه او منافع ملی کشور در رأس هر اقدام و سیاستی قرار داشت، از این رو می‌توان گفت قائم‌مقام از این حیث منحصر و متفاوت از اطرافیان بود

در زمان صدارت قائم مقام فراهانی، انگلیسی ها برای انعقاد عهدنامه تجاری بر اساس و همانند معاهده ترکمنچای، اصرار فراوان نمودند و قائم مقام به هیچ وجه زیر بار این خواسته انگلیسی ها نرفت و با استدلال قوی خواسته های آن را لغو نمود.

دشمنان قائم‌مقام، گروه وسیعی از افراد داخلی و نیروهای خارجی بودند که به علت تهدید منافع خود توسط قائم‌مقام وجود او را خطرناک دانسته و خواهان حذف او بودند.

حکومت قاجاریه با سلطنت آغامحمدخان و ساختاری متمرکز پایه گذاری گردید. در این حکومت قدرت سیاسی به شاه و درباریان و نهادهایی که توسط این قدرتها تعیین و تشکیل می­شدند، محدود شده بود.