بعد از آن با آغاز جنگ تحمیلی، اختلاف بر سر نحوه مدیریت و فرماندهی امور جنگ نیز بالا گرفت و نگاه منفی بنی صدر به نقش سپاه و نیروهای مردمی در جنگ زمینه ساز بحرانی تر شدن اوضاع دفاع ملی وبرانگیختن اعتراض شدید نیروهای مردمی و فرماندهان نظامی و چهره های سیاسی خط امام گردید...