آیتالله کنی در شرایطی به فرماندهی کمیتهها انتخاب شد که در بسیاری از نقاط کشور با تحرک و آشوب گروهکها اوضاع داخلی متشنج بود و کمیتهها باید به اوضاع رسیدگی میکردند.
آیتالله مهدوی کنی در یکی از حساسترین برهههای تاریخی، رهبری کمیتههای انقلاب را بر عهده گرفت. زعامت آیتالله مهدوی کنی بر کمیتههای که دقیقا در فردای پیروزی انقلاب اسلامی صورت گرفت، در شرایطی بود که کشور با انبوه مشکلات مواجه بود:
«حکم انتصاب آیتالله مهدوی برای تصدی فرماندهی کمیتهها در ساعت دوازده همان شب پخش شد و آیتالله مهدوی یکی از مهمترین مراکز انقلاب را مدیریت نمود. عملکرد کمیتهها آن هم در اوایل پیروزی انقلاب اسلامی، مشکلات فراوانی داشت. در بسیاری از نقاط کشور با تحرک و آشوب گروهکها اوضاع داخلی متشنج بود و کمیتهها باید به اوضاع رسیدگی میکردند. بحران تبریز، بحران تركمن صحرا، بحران کردستان، اختلافات جدی مسئولین، در اصفهان، آشوب و غارت پادگانها در تهران و... باعث شد. تا شب و روز آیتالله مهدوی در ساماندهی اوضاع بگذرد. در برخی از کمیتهها هم افراد ناصالح و با اغراض شخصی نفوذ کرده بودند و به اختیار خود هر کاری انجام میدادند بعضاً باعث نارضایتی مردم میشدند و آیتالله مهدوی میبایست این افراد را نیز از کمیتهها تصفیه نماید و به جای آنها افراد صالح و دلسوز و باتقوا بگمارد.»
منبع: مهدی قیصری، یار امام، یاور امام، زندگی و مبارزات آیتالله محمدرضا مهدوی کنی، تهران، موسسه فرهنگی هنری و انتشارات مرکز اسناد انقلاب اسلامی، 1395، ص 137