هدف نخست کودتا حمله هوایی به منزل خمینی در تهران و سپس حمله به برج مراقبت فرودگاه مهرآباد ذکر میشود و سپس شکسته شدن دیوار صوتی توسط هواپیماهای در دستان کودتاگران که برتری نظامی آنها را به رخ مردم بکشد. همچنین قرار بود ساختمان مجلس و مراکز رادیو و تلویزیون تسخیر و بسیاری از مسئولان جمهوری اسلامی بازداشت شوند.
بقایی که در 21 تیرماه 1359 به اتفاق 65 نفر دیگر دستگیر شده بود، ده روز بعد با سپردن تعهد مبنی بر اینکه از ایران خارج نشود آزاد شد، اما گردش کار پرونده مدتی ادامه یافت و بالاخره منجر به برائت او از اتهامات منتسبه شد.